R数据分析:生存数据的预测模型建立方法与评价

文章介绍了生存分析预测模型的评价方法,包括C-index的一致性指数、Brier分数和平均绝对误差。C-index衡量模型排序能力,Brier分数关注特定时间点的生存概率预测准确性,平均绝对误差主要针对非删失数据。这些指标用于评估模型在预测患者生存概率时的表现,对于临床决策具有重要意义。

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之前写了生存分析列线图的做法,列线图作为一个预测模型可视化工具,我们使用它的过程其实就是一个给新数据做预测的过程,其内在本身的模型就是我们基于现有数据训练的一个预测模型,今天也算是接着上一篇文章继续写生存分析的预测模型的效果评价。

生存数据预测模型和我们之前写的连续变量结局和分类结局的预测模型不同的地方就在于我们得考虑生存数据的删失和时间因素,通过这么一个预测模型,我们期望的目标是帮助临床医生去回答特定病人在某个时间的生存概率。从这个角度讲我们对模型评估和评价的标准就有一个锚定了。

Thus, survival prediction models differ from traditional prediction models for continuous or binary outcomes by appropriately accommodating censoring that is present in time-to-event data.to answer questions such as “What is the probability that this patient will be alive in 5 years, given their baseline covariate information?” This predicted probability can then be used by clinicians to make important decisions regarding patient care

比如说我收集了某个癌症病人的很大的有代表性的数据集,我通过我的数据学习出来了一个预测模型,再来一个新的癌症病人,模型可以告诉我,这个病人能活多久。

如果这个新数据本身有标签,我们通过对比实际标签(具体时间的生存概率)和模型预测结果(预测的具体时间的生存概率),就可以来评价模型优劣。逻辑和常规(分类结局和连续结局)的预测模型还是一样的。

先回顾生存分析

依然是先回顾下生存分析中的常见的术语:

我们的结局变量两个水平,一个是发生事件,另外一个是删失;同时这个结局还依赖于一个时间变量。

刚刚写了,我们做生存数据的预测,回答的是we are predicting the probability that an event happens at a particular time .----某个时刻发生事件的概率。所以这个时候常规的评价模型的指标都不好使了。

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