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RSS订阅原创 【数据处理】一个小demo实现smiles2text（2）
这篇试试在没有cid的情况下通过smiles直接获取annotation。这里max_rows设为10，获取10条数据的试一试。如果数据集里已经有cid就很方便，直接按这个来。试了一下不太行，有大佬实现了烦请踢踢我[抱拳]中断后要能接着之前的继续获取。但这里仍然有个问题🤔。
2025-11-18 09:29:15
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原创 【数据处理】一个小demo实现smiles2text
我已经有了一堆ingredient name,ingredient cid,smiles等数据需要获取graph对应的描述信息（annotation）目标：找到已有smiles的注释(annotation)进行关联可以基于进行关联，也可以基于smiles进行关联，道理差不多（下一篇试这个）
2025-11-16 09:44:13
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原创 【文献阅读笔记】LLM and GNN are Complementary:Distilling LLM for Multimodal Graph Learning
本文提出GALLON框架，通过多模态知识蒸馏整合大语言模型（LLM）和图神经网络（GNN）的优势，以提升分子表示学习能力。针对LLM缺乏领域知识的问题，采用小型语言模型编码LLM输出；针对回归任务蒸馏困难，设计映射函数对齐师生模型嵌入。实验表明，GALLON能有效融合分子图结构、SMILES文本和视觉信息，在保持轻量级的同时超越单一模态模型。该工作为分子多模态学习提供了新思路，解决了传统方法模态割裂和模型复杂度高的问题。
2025-09-11 16:52:33
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原创 【论文阅读笔记】Exploring Hierarchical Molecular Graph Representation in Multimodal LLMs
本文提出M³LLM框架，首次系统研究分子图层级表示（原子/官能团/分子级）在多模态大模型中的作用。通过设计层级图编码器和两阶段训练策略（特征对齐预训练+LoRA微调），探究了不同特征融合策略对下游任务的影响。实验发现：1）不同任务需要不同层级特征（如反应预测需图级全局信息，分子描述需官能团语义）；2）当前静态特征融合方式存在局限；3）LLM更依赖SELFIES文本模态而非图结构特征。研究为开发动态特征投影器提供了重要依据，指出需建立图特征与文本模态的深层对齐。
2025-09-10 11:23:53
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原创 【文献阅读笔记】Bridging Molecular Graphs and Large Language Models
构建分子-文本配对数据集对齐策略：将图token与LLMtoken相关联收集了分子的 IUPAC 名称，加到语言模型的提示词里。
2025-09-09 10:41:38
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空空如也
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