PaddlePaddle预训练模型大合集

最新推荐文章于 2024-02-19 09:36:38 发布
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分类专栏： 自然语言处理 深度学习 python 文章标签： paddlepaddle 飞桨 预训练模型
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PaddlePaddle预训练模型大合集，还有官方使用说明书添加链接描述https://blog.youkuaiyun.com/paddlepaddle/article/details/93858863

典型相关分析_微生物多样研究—微生物深度分析概述
weixin_39661129的博客
11-27 529
一、微生物深度分析方法核心思想复杂微生物群落解构的核心思想：不预设任何假定，客观地观测整个微生物组所发生的一系列结构性变化特征，最终识别出与疾病或所关注的表型相关的关键微生物物种、基因和代谢产物。二、微生物深度分析方法—关联分析进行微生物群体关联分析，需要结合两大类传统的统计分析方法： 1）无监督学习（Unsupervised learning） 2）有监督学习（Supervised le...
核心微生物分析_科学网—微生物组核心OTU鉴定usearch otutab_core - 刘永鑫的博文...
weixin_39899776的博客
01-13 1763
otutab_core鉴定核心微生物组——大多数样品中出现的OTUs，这也是Usearch11新增的功能。本质上是统计每个OTUs在大量样品中出现的频率。比如在所有样本中都出现，即100%。特别大量样本时，如几千个，可能很少有OTU存在于所有样本，可选择95%，或90%的样本中出现的OTUs作为核心OTUs。Identifies a possible “core microbiome” of OT...
MetaCoMET----核心微生物组分析在线工具
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
06-12 3877
写在前面前两篇推文都是在介绍Venn图的绘制方法，其实在微生物群落研究中，Venn图的本质是识别样品中共有和特有的微生物，其中更重要的可能是共有的微生物，也可以说是研究样本中的核心微生物...
1.4 微生物对人类社会的影响
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
12-12 1835
微生物学家已经利用微生物大大提高了人类的健康和福祉，微生物不仅仅被视为疾病的病原体，其在食品、工农业、环境保护等各领域扮演重要角色。微生物作为疾病的病原体过去的100年是微生物学家和临...
核心微生物分析_微生物总结(全)
weixin_39536728的博客
12-22 706
2．细菌的基本结构和特殊结构分类基本结构特殊结构表层结构细胞壁，细胞膜夹膜部结构细胞质，核糖体，核质芽胞外部结构——菌毛，鞭毛3．革兰染色：呈紫色为阳性菌，红色为阴性菌方法：涂片→结晶紫染色→碘液脱色→酒精脱色→复红复染4．(1).革兰阳性菌的胞壁:肽聚糖(peptidoglycan):层数多,含量高,占细胞壁干重的50-80%且质地致密。磷壁酸(teichoicacid)(2).革兰阴性菌胞壁...
核心微生物分析_中国白酒发酵过程中的核心微生物群及其与环境因子的关系
weixin_39921504的博客
01-13 1805
多菌种参与的固态发酵被认为是一种古老、经济且对人体有益的食品发酵技术[。由于多种微生物共同作用并具有复杂的代谢活力，这种类型的发酵可以产生独特的食品风味和口感特征[。通过寻找核心微生物群有利于人工构建合成微生物群落(synthetic microbial communities)并获得易操作且可重复的发酵系统[。目前从系统水平上寻找核心微生物并构建模拟的微生物群落来研究群落的性能和稳定性是常用的方...
iGalti基因编辑小鼠的肠道菌群分析.pdf
最新发布
01-13
具体而言，基因编辑可能会改变肠道微生物的代谢产物和宿主之间的信号传导，从而影响宿主的代谢平衡、免疫状态和肠道屏障功能。比如，某些有益菌种的减少可能与肠道通透性的增加有关，进而影响到宿主对病原体的防御...
微生物群落多样性测序及功能分析.docx
10-05
如果是来自和寄主共生的环境如昆虫的肠道微生物，提取时可能包括了寄主本身的大量 DNA，对 DNA 的总量要求会提高。 微生物菌群多样性测序受 DNA 提取和扩增影响很大，不同的扩增区段和扩增引物甚至 PCR 循环数的...
r语言 转录本结构及丰度_肠道菌群：宏转录组测序分析流程解读
weixin_39989862的博客
11-10 2165
上回给大家讲述了16S测序分析 和 宏基因组测序分析，本期的宏转录组来啦~你知道吗？通过16S测序分析 和 宏基因组测序分析，我们只能够知道肠道菌群做好事或坏事的潜力，而并不知道它们此时此刻正在我们体内干神马，通过宏转录组测序分析有助于发现真相。image基因无论是启动还是关闭，菌内的原始DNA拷贝数始终保持恒定，而真正发挥作用的是RNA。菌群的代谢特征不是来自于恒定的基因序列，而是决定于基因转录...
Stewart_TEDDY_Microbiome_Analysis:幼儿肠道肠道菌群的时间发育-TEDDY研究
05-01
该存储库包含用于转换模型的代码，该代码显示了通过每个DMM集群的样本的进程，这些信息在Stewart等人的“幼儿肠道微生物组的时间发育-TEDDY研究”的图1和扩展数据图2中给出。 。 （包括引文）。 肠道微生物组从出生...
2.青藏高原冰川棘豆核心微生物组的界定及内生菌互作网络分析
02-01
2.青藏高原冰川棘豆核心微生物组的界定及内生菌互作网络分析
PNAS：多年多点5千样本鉴定玉米根际可遗传微生物
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
02-28 975
由Ruth E. Ley通讯，Edward S. Buckler和Jeffery L. Dangl参与，编辑则为本领域第一大牛Jeffery I. Gordon本文的结果已经相关文章讲解...
核心微生物分析_细菌16S微生物多样性研究实验方法及关键点
weixin_31849185的博客
12-08 941
1. 样品元基因组提取1.1 样品元基因组抽提核心思想：尽可能多的获得样本中各种微生物的基因组DNA。1.2 样本元基因组提取的重要性：最大程度获得样本中各种微生物的基因组DNA，为后续样本的分析和比较提供完整的微生物种类及丰度信息。否则，分析环节“形同虚设”，永远分析不出真实结果。1.3 对样品的一些思考：a）样本收集的难易程度；b）样本的珍贵程度；c）怎样用尽可能少的单个样本使用量来帮助客户完...
NBT：MaPS-seq测序方法揭示肠道微生物空间分布
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
08-15 2246
文章目录肠道微生物生物地理学的空间宏基因组特征热心肠日报摘要主要结果图1 MaPS-seq测序和质量控制图2：小鼠末端结肠微生物群落分布的空间结构图3：微生物群落在小鼠肠道空间分布调查图4 饮食干扰下的结肠微生物群落空间结构方法材料和试剂微流设备制造设计和制作带有标签的磁珠样品固定和处理样品分割并按照尺寸选择序列过滤和16S分析基于的MaPS-seq测序方法的测试MaPS-seq测序数据分析16S...
核心微生物分析_EI：农业土壤微生物核心菌群能够提升土壤生态功能
weixin_28958485的博客
01-05 811
1.摘要： 复杂生态网络中的类群可以根据它们在网络中的连通性水平，基于它们的在网络中的重要作用进行分类。理论上，一个生态网络内高度相连的类群(kinless hubs)比关联较少的类群(peripherals)能够支持更高水平的生态系统功能。然而，核心节点(kinless hubs)在调节土壤微生物群落功能潜力中的作用在很大程度上尚未得到探索与研究。本研究通过对具有重要生态功能与经...
Nature：基于宏基因组测序构建人类肠道微生物组参考基因集
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
11-16 9541
文章目录基于宏基因组测序构建人类肠道微生物组参考基因集文章影响作者简介热心肠日报摘要正文宏基因组测序肠道微生物组图1. 人类肠道微生物组的覆盖度人类肠道微生物组的基因集图2. 预测人体肠道微生物组中的ORF常见核心细菌图3. 57种高频微生物基因组在个体中的相对丰度的分布图4. IBD病人和健康个体细菌物种丰度的差异流行基因集编码的功能细菌功能对肠道的生命至关重要图5：含有枯草芽孢杆菌必需基因的簇...
肠道微生物研究的“法宝”
u011661076的博客
02-19 1253
摘要 人类微生物组由以细菌为主的微生物群的集体基因组组成，这些微生物生活在人体的各个部位，其中肠道包含更多的微生物群。由于缺乏用于分离非培养微生物的科学工具，肠道微生物组的最重要特性尚不清楚。随着分子测序工具和技术的迅速发展，肠道微生物组在人类微生物组的研究过程中取得了长足的进步。这些发现揭示了在重组和改革疾病病理与药物方面有着非凡未来的可能性。新的科学方法，如通过二代测序的宏基因组工具，为基于肠道微生物组的新型疗法铺平了道路。在这里，本文概述了肠道菌群的生活方式及其在人类健康中的作用，并详细阐述了肠道宏
核心微生物分析_“中科微菌”？科学家为啥“最想要”这种微生物？
weixin_39629631的博客
01-05 394
现代生活中，每天都会产出大量的生活污水和工业化污水，污水处理厂是如何处理这些污水的呢？答案涉及到一种叫做“活性污泥工艺”的领域，世界范围内百分之九十的城市污水护理系统都是采用活性污泥工艺来处理污水的。活性污泥中存在大量的微细胞生物，而这些微细胞生物依附于污水中的有机营养物生存，对污水处理起到了莫大的作用。 世界上有一个名单，叫做全球科学家最想要的28个活性污泥核心微生物类群。不久前，中科院微生物研...
MicroPhenoDB量化关联宏基因组与病原微生物、核心基因和人类疾病表型
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
01-21 1703
近日，GPB在线发表了中山大学李伟忠教授团队题为“MicroPhenoDB Associates Metagenomic Data with Pathogenic Microbes, M...
肠道微生物组与宿主基因关联分析框架
基因表达的变化可以反映细胞的状态和功能，因此，通过分析基因表达数据，可以了解细胞在特定环境下的反应以及与外部因素（如微生物组）的互动。 5. 数据整合分析框架：在生物学研究中，整合不同类型的数据是常见的...
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