somehappyness的博客

Traceback (most recent call last): File "/usr/local/bin/pvacseq", line 11, in <module> sys.exit(main()) File "/usr/local/lib/python3.5/dist-packages/pvacseq/pvacseq.py", line 84, in main...

OncoKB 地址： https://oncokb.org/Paper ： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5586540/pdf/nihms897314.pdf简介OncoKB （Oncology Knowledge Base），是由MSK（Memorial Sloan Kettering）癌症中心维护的全面的精准医疗肿瘤数据库。...

使用IGV查看bam文件的时候，发现IGV有时候并不能显示所有的reads（因为chr13:32907421，显示有ins，但是没有找到这个ins，怀疑IGV没有显示所有reads）所以想要查看比对这个位点的所有reads，然后再看这个位点ins信息。方法一：samtools view -h SampleName_T.realn.bam "chr13:32907420-32907421" ...

看到一个临床小panel的测序数据的质控结果，CG含量 37%，（一般的结果都是45-55%的范围）那是实验和测序造成的，还是本来就是这个这个数值呢。思路：根据bed文件提取基因组的的序列，然后再计算序列的CG含量。写脚本有点麻烦，下面这个方法稍微简单一点：提取序列：for region in $( awk '{print $1":"$2"-"$3}' my_two_gene.bed ) ...