
MIMIC数据库查询
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MIMIC IV数据库的查询
医学AppMatrix
(医学)预测模型的开发、APP构建和部署
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从MIMIC学习组织自己的数据
相对于SEER数据库(我们得到的是几乎可以直接进行分析的数据),MIMIC 数据库在数据采集后虽然经过了一定的处理,但是保留了数据库原始的样貌,所以我们除了对MIMIC数据进行分析外,还可以从MIMIC数据库中学习怎样设计数据库,怎样组织数据,用在我们构建自己的数据库的过程中。原创 2023-05-08 11:03:38 · 1285 阅读 · 0 评论 -
MIMIC数据库官方SQL查询标注和初步分析--sofa评分(2-19)
在这里插入代码片原创 2022-01-27 13:08:27 · 3356 阅读 · 8 评论 -
MIMIC-iv官方SQL概念语句标注——mimic_derived模块部分信息
1.mmic-iv与mimic-iii的区别之一就是前者分了3个模块, mimic_icu,mimic_hosp和mimic_core, 而在学习过程中我们还可以观察到另外一个模块mimic_derived, 而且这个模块仅存在与谷歌云的mimic数据库中, 本地建立的数据库总虽然有这个模块,但是没有内容。由于mimic_derived 参与了很多内容的查询, 熟悉这个模块的内容还是很有必要的。今天通过手工查看mimic_derived的内容,记录在这里。这是一个例子,中间涉及到mimic_derived原创 2022-01-29 16:13:32 · 6789 阅读 · 16 评论 -
MIMIC-iv数据库官方SQL查询语句标注和初步探索性分析(一)--多种疾病的收录的人数
说明:charlson 评分,查询了多种慢性疾病, 非常有借鉴意义.SQL代码后有对查询到的结果进行的初步分析(python) .-- THIS SCRIPT IS AUTOMATICALLY GENERATED. DO NOT EDIT IT DIRECTLY.--DROP TABLE IF EXISTS charlson; CREATE TABLE charlson AS -- -----------------------------------------------------------原创 2022-01-25 16:00:30 · 2493 阅读 · 0 评论 -
MIMIC-iv官方SQL查询标注(简单基础篇)
说明:MIMIC的SQL查询确实够复杂,阻碍了很多想利用数据库做研究的人,也让人对已经做出来的研究的确实性产生怀疑, 几天是几个官方SQL简单基础的查询,循序渐进看能不能更好的掌握。1.-- begin query that extracts the data--本查询的目的是查询两个酶的表达SELECT MAX(subject_id) AS subject_id--MAX是从多条记录中取一条,最新的 , MAX(hadm_id) AS hadm_id , MAX(charttime原创 2022-01-28 14:39:25 · 3597 阅读 · 1 评论 -
MIMIC-ivSQL查询策略-总结篇
也看了不少的官方提供的mimic-iv的SQL的写法,总结一下,写在这里。尽管数据库提供了很多的表格, 真正用到的就那么几个:mimic_core.admissions;mimic_icu.chartevents;mimic_hosp.labevents;mimic_hosp.diagnosis_icd;待续用到的SQL语句的种类也不是很多,建立临时表格, with筛选 :where… in构建列:case when … then …(可多个) else…end表格连接 join原创 2022-01-30 11:45:08 · 4507 阅读 · 1 评论 -
MICMIC-IV 个人查询策略(+官方查询语句注释)
MICMIC-IV 查询策略适合的人群:了解基本的SQL语言目的:通过学习mimic数据库的数据格式也能够建立并使用自己的数据库概念:静态数据,静态数据表格(包含静态数据的表格), 哪些表格;动态数据,动态数据表格,哪些表格,是否有表格即包含静态数据又包含动态数据,没有的.整体策略:首先分为静态数据和动态数据静态数据的提取:静态数据, 不受时间因素的影响,多是分类变量,比如,年龄,性别等,按照文献的策略提取… … 并存入到patient表格; 一般查询,加减函数(比如出院时间减原创 2022-01-20 12:44:52 · 4520 阅读 · 2 评论 -
MIMIC-IV数据库中患者院内死亡的单因素生存分析
目的由易到难,对mimic-iv的查询进行实际操作,体现先前文章中提到的mimic-iv数据查询的规律。数据分析计划死亡,是重症患者最重要的结局指标,在MIMIC数据库中收录了院内死亡的数据,以及进出ICU的时间(和进出医院的时间),所以我们可以获得是否死亡,以及从入ICU(或入院)到死亡发生之间的时间,有了这两个指标,我们可以通过Cox单因素(参数和非参数)模型来观察ICU(和医院)内死亡的趋势,以及某个变量(比如,性别和种族等)对死亡趋势的影响,以为后续的分析奠定基础。数据的获取我们需要数个变原创 2022-05-26 16:59:46 · 2681 阅读 · 0 评论 -
MIMIC_IV数据库 with 临时表的使用
MIMIC数据库查询中,使用WITH 构建一个查询的上下文环境(context)是SQL查询的一种策略,其实不用with也可以完成, 但是WITH的使用使得代码更简洁,可读性更强。在具体撰写SQL代码过程中, 必然会遇到两个问题,1.什么情况下用WITH;2.使用WITH的两种方式(策略)。MIMIC官方SQL代码中为我们提供了以上两个问题的答案,这里尝试进行总结。1.什么情况下用WITH?当SQL查询涉及多个表格, 且其中一个(或多个)表格中需要一定的操作(单位转换、异常值排除等),那就对这个(或这些原创 2022-04-12 20:15:20 · 1693 阅读 · 0 评论