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RSS订阅原创 报错 bash: ./program_name: permission denied
在 Linux 终端上运行代码时，可能会遇到“bash:./program_name:permission denied”，简而言之，就是权限被拒绝错误。本教程解释了 Permission denied 错误，出现此类错误的原因，以及如何修复 Linux 中的 shell script 权限被拒绝错误。 教程出处.Linux中的Shell脚本权限被拒绝错误是什么？当尝试运行的 shell 脚本没有执行权限时，会出现 shell 脚本权限被拒绝错误。 Linux 通过在你的 Linux 终端上显示 ba
2022-01-18 10:39:10
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原创 Pyradiomics提示错误：arrays used as indices must be of integer (or boolean) type
最近用pyradiomics提影像特征时，出现了如下报错：IndexError: arrays used as indices must be of integer (or boolean) type找了一通，发现可以用以下方法进行解决：首先找出报错位置，是不是glcm/gldm/glrlm/glszm文件中的一个，如果是的话，去pyradiomics包内对应的radiomics文件夹下（如果不记得，可以用pip show pyradiomics命令来查找具体位置）找到这几个文件后，打开，在对应
2021-08-16 16:32:48
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原创 多分类 focal loss 以及 dice loss 的pytorch以及keras/tf实现
多分类 focal loss 以及 dice loss 的pytorch以及keras实现pytorch 下的多分类 focal loss 以及 dice loss实现dice lossfocal losskeras/tf 下的多分类 focal loss 以及 dice loss实现dice lossfocal losspytorch 下的多分类 focal loss 以及 dice loss实现dice lossclass DiceLoss(nn.Module): def __init__
2021-05-18 17:28:40
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原创 pytorch中的使用dataset, dataloader读取超大h5py数据文件
pytorch中的使用dataset, dataloader读取超大h5py数据文件问题描述解决方案问题描述这里解决方案
2021-05-18 16:53:55
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原创 torchsummary, TypeError: can‘t multiply sequence by non-int of type ‘list‘
torchsummary, TypeError: can't multiply sequence by non-int of type 'list'解决方案1解决方案2心路历程原因分析解决方案1点击方案1参考这篇博文。解决方案2点击方案2参考这篇博文心路历程说实话，虽然提供方案1的博主写的逻辑很清晰，但我当时并未看懂…而且，仔细研究之后觉得只有方法三是适合我的，但是我不能随便更改我的网络输出的啊，因为这个网络是中间网络，它的输出后续网络还要使用的，更改输出过于麻烦，不太可行…于是我找到了第二
2021-05-18 15:42:05
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原创 CT_lymph_node 淋巴结数据集介绍
数据集来源该淋巴结公开数据集由TCIA提供，由纵隔和腹部的计算机断层扫描（CT）图像组成，由美国国立卫生研究院NIH临床中心的放射线医师标记了淋巴结位置。 影像生物标志物和计算机辅助诊断实验室的放射科医生在90例患者的CT图像中标记了总共388个纵隔淋巴结，在86例患者中标记了595个腹部淋巴结。该集合针对医学图像计算，以开发和评估计算机辅助检测方法。 淋巴结的自动检测可能是重要的临床诊断工具，但是由于CT中周围结构的对比度低以及它们的大小，姿势，形状和稀疏分布的位置，因此非常具有挑战性。 该数据集可用
2020-09-09 10:46:32
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原创 每周一篇 文献阅读—paper13
Fast Visual Object Tracking with Rotated Bounding Boxes译文摘要引言相关工作基于Siamese网络的跟踪算法旋转的bounding box本文方法旋转角度估计尺寸细化改进（Ref）实验环境设置评估方法总体结果比较Ref的不同因子消融研究定性结果结论译文摘要在本文中，我们演示了一种新的算法，该算法使用椭圆拟合来估计边界框的旋转角度和大小，并...
2020-07-24 16:27:26
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原创 如何用tensorflow中的object detection API来训练自己的数据集上的目标检测器
这仍然是一个学习记录博~欢迎讨论安装tensorflow object detection API首先当然是要先安装tensorflow object detection API啦，网上有很多教程可以参考，比如：Ubuntu 16.04下安装TensorFlow Object Detection API(对象检测API)P.S. 安装时需要注意的就是tensorflow-gpu的版本问题，你的tensorflow和tensorflow-gpu以及tensorflow API的版本都要一致，如果tens
2020-05-13 17:16:05
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原创 python csv文件的读、写、以及合并
python中csv文件的读、写、以及合并写csv方法1：利用csv包，一行一行写入，来自：Python 将数据写入CSV文件# 导入CSV安装包import csv# 1. 创建文件对象f = open('xxx.csv','w',encoding='utf-8')# 2. 基于文件对象构建 csv写入对象csv_writer = csv.writer(f)# 3. 构建列表头csv_writer.writerow(["姓名","年龄","性别"])# 4. 写入csv文
2020-05-12 11:11:35
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原创 医学图像分割——Unet
这是一个学习记录博~可能有错，欢迎讨论P.S. 本文所用的unet源码来自Unet源码。目标实现胃部超声图像的病灶分割医学数据以及预处理简介医学图像的数据格式十分复杂，数据形式有什么CT图像，MRI图像（目前还没接触过~），超声图像等（详细信息可以参考：医学图像了解。），而数据格式上有诸如dicom(.dcm，.IMA，常用的python处理库有：SimpleITK, pydicom库)，Nifit(.nii或.nii.gz，常用的python处理库有：SimpleITK, nibabel库)，N
2020-05-12 09:39:51
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原创 R语言回归中的Hosmer-Lemeshow以及calibration curve校正曲线
详细的Hosmer-Lemeshow test使用方法的介绍请参考：看这里calibration curve是评价模型的一个重要指标，不信的话请看文章1，文章2，总之很重要的！！！最近需要画校正曲线，但网上的相关资料实在是太少了，花了不少功夫来研究，下面就来介绍以下如何使用Hosmer-Lemeshow test来绘制calibration curve，（欢迎讨论）:首先，按照方法介绍中的样...
2020-04-22 13:31:53
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原创 每周一篇 文献阅读—pape12 （无监督域适应方法和目标检测）
Domain Adaptive Faster R-CNN for Object Detection in the Wild概述主要方法Image-level AdaptionInstance-level AdaptionJoint Adaption (consistency regularization)文章链接：https://arxiv.org/pdf/1803.03243.pdf文章参考...
2020-01-20 14:58:10
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原创 每周一篇 文献阅读—pape11 （多对抗快速rcnn的无限制目标检测）
摘要常规的对象检测方法基本上假定训练和测试数据是从受限的目标域中收集的，且标记成本很高。为了缓解域依赖性和繁琐的标记问题，本文提出了通过利用从辅助源域训练的具有足够标记的域知识来在不受限制的环境中检测对象的方法。具体而言，我们提出了一种用于无限制对象检测的多对抗性FasterRCNN（MAF）框架，该框架固有地解决了域差异最小化问题，以实现特征表示中的域自适应。本文的优点包括三个方面：1）考虑到...
2020-01-20 14:57:14
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原创 每周一篇 文献阅读—pape10 （前列腺B超图像的分割）
Accurate and robust deep learning-based segmentation of the prostate clinical target volume in ultrasound images主要贡献文章链接：Accurate and robust deep learning-based segmentation of the prostate clinica...
2019-12-16 16:16:14
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原创 每周一篇 文献阅读—pape9 （用于单图像去雾的特征融合注意网络FFA-Net）
FFA-Net: Feature Fusion Attention Network for Single Image Dehazing主要方法介绍文章链接：https://arxiv.org/pdf/1911.07559.pdf主要方法介绍
2019-11-29 15:27:42
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转载 Python -- matplotlib(直方图)
本博客主要介绍了如何绘制一个直方图，文章来源：https://www.sohu.com/a/195391558_654419（由于原版的格式看着实在太乱，就重新整理了一下。）绘图之前，我们先来讲解一下matplotlib包中hist函数的参数含义及使用方法，hist函数的参数解读：plt.hist(x, bins= 10, range= None, normed= False, weight...
2019-11-28 11:39:16
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原创 jupyter中matplotlib中用中文添加title、xlabel、ylabel、legend等出现方框乱码
jupyter上绘图中文乱码的解决方法：在python脚本中增加配置支持中文的代码之前试了网上的很多方法都对jupyer没用，终于试到一个有用的！！！解决方法：from pylab import mpl#mpl.rcParams['font.sans-serif'] = ['SimHei']mpl.rcParams['font.sans-serif'] = ['Microsoft Ya...
2019-11-28 10:53:07
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原创 每周一篇 文献阅读—pape8 （实时语义分割MSFNet）
Real-Time Semantic Segmentation via Multiply Spatial Fusion Network主要方法介绍实验结果文章链接：https://arxiv.org/pdf/1712.00213.pdf主要方法介绍文章主要贡献：提出了一个多特征融合模块(MFM)，该模块使用设计好的空间感知池化SAP来扩大感受野，并且在保持较小的计算成本的同时恢复丢失的空...
2019-11-25 13:40:45
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原创 每周一篇 文献阅读—paper7 （航空图像的目标检测）
Clustered Object Detection in Aerial Images译文主要方法介绍文章链接：https://arxiv.org/pdf/1904.08008.pdf译文文章译文参考：https://www.sohu.com/a/344534763_651893?spm=smpc.author.fd-d.2.1569933566105xEzTnmd主要方法介绍问题：目...
2019-11-18 17:59:40
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原创 每周一篇 文献阅读—paper6 （语义分割）
ACE: Adapting to Changing Environments for Semantic Segmentation文章译文主要方法介绍文章链接：https://arxiv.org/pdf/1904.06268v1.pdf文章译文译文可以参考：http://www.sohu.com/a/343366184_651893文章还是每周都在看的，只是没空更新一整个文章的翻译了，以后只...
2019-11-18 17:21:12
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翻译 每周一篇 文献阅读—paper 5
A sparse annotation strategy based on attention-guided active learning for 3D medical image segmentation 译文摘要文章链接译文摘要三维图像分割是医学图像处理中最重要和最普遍的问题之一。它为准确的疾病诊断，异常检测和分类提供详细的定量分析。目前，深度学习算法被广泛应用于医学图像分割，大多数...
2019-08-22 15:52:00
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转载 ValueError: Negative dimension size caused by subtracting 3 from 1
ValueError: Negative dimension size caused by subtracting 3 from 1出现这个错误的原因是图片通道的问题。也就是”channels_last”和”channels_first”数据格式的问题。input_shape=(3,150, 150)是theano的写法，而tensorflow需要写出：(150,150,3)。也可以设置不...
2019-08-22 13:53:31
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翻译 每周一篇 文献阅读—paper 4
Reg R-CNN: Lesion Detection and Grading under Noisy Labels译文摘要引言方法Regression vs. Classification TrainingReg R-CNN & BaselineEvaluation实验Reg R-CNN：噪声标签下的病变检测和分级文章链接译文摘要对于同时检测和分类对象的任务，医学成像社区通常采用...
2019-08-15 17:48:30
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翻译 每周一篇 文献阅读—paper3
Fast Online Object Tracking and Segmentation: A Unifying Approach译文摘要引言相关工作方法全卷积Siamese网络SiamMask实现细节实验文章链接：https://arxiv.org/pdf/1812.05050.pdf译文摘要在本文中，我们将介绍如何使用一种简单的方法进行实时的视觉对象跟踪和半监督视频对象分割。我们的方法...
2019-08-14 18:02:18
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翻译 每周一篇 文献阅读—paper2
肺结节检测，假阳性减少和分割代表了胸部CT图像计算机分析中最常见的三项任务。已经提出了针对每个任务的方法，其中基于深度学习的方法最近非常受青睐。然而，训练深度学习模型以分别解决每个任务可能是次优资源密集型并且没有特征共享的益处。在这里，我们提出了一种新的端到端3D深度卷积神经网络DCNN，称为NoduleNet，以多任务方式联合解决结节检测，误报减少和结节分割。为了避免不同任务之间的摩擦并鼓励功能多样化，我们结合了两个主要的设计技巧1用于结节检测和误报减少的解耦特征图，以及2个用于提高结节分割精度的分割细化
2019-08-01 17:51:29
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翻译 每周一篇 文献阅读—paper1
CU-Net:Cascaded U-Net with Loss Weighted Sampling for Brain Tumor Segmentation一种用于脑肿瘤分割的新型级联U-net欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyP...
2019-07-24 16:16:24
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