图像配准
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主要介绍 Elastix 图像配准的原理、源码、参数文件、可视化配准工具以及项目实战（包括2D图像配准、3D图像配准、点集配准、组织切片配准）
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胖墩会武术
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光学显微镜的分辨率极限（理论 - 公式 - 计算）
1、（相机）分辨率的影响因素：像元尺寸 + 信噪比2、（显微镜）分辨率的影响因素：相机分辨率 + 光学分辨率2.1、（极限的）光学分辨率 —— 瑞利判据的分辨率极限2.2、（实际的）光学分辨率 —— 木桶 - 短板效应原创 2025-02-06 20:23:47 · 2076 阅读 · 0 评论 -
光学分辨率转换公式
显微镜在拍摄图像时，需要设置光学分辨率参数，其决定了图像精度。但由于内存限制和需求不同，下机后常遇到需要转换分辨率的情况。如：图像配准通常使用各向同性图像，但下机图像通常是各向异性。原创 2024-10-24 23:27:39 · 1149 阅读 · 0 评论 -
【细胞分割 + 图谱配准】论文综述
分享几篇顶会/顶刊论文，解析方法和效果。原创 2024-06-17 20:56:58 · 653 阅读 · 0 评论 -
艾伦脑图谱（Allen Brain Atlas）
艾伦脑图谱（Allen Brain Map）：由艾伦脑科学研究所（Allen Institute for Brain Science）开发的大脑图谱，目前已生成多个 艾伦大脑参考地图集（Allen Brain Reference Atlases）。原创 2024-06-17 20:53:43 · 3104 阅读 · 0 评论 -
【TensorFlow项目实战】组织切片配准（切割角度校正） —— （自研）解决了 DeepSlice 配准精度较低的问题
组织切片：即具有一定厚度的组织学（在完整3D脑图像中，具有部分且连续的帧图像），通过逐步切割得到多个切片（如：每隔6um切割一个切片）。但由于切割角度很难与正交轴完全对齐，因此切割过程中往往包含不完美之处。原创 2025-01-14 18:50:25 · 1796 阅读 · 0 评论 -
（7）图像配准工具：ITK + SimpleITK + SimpleElastix + Elastix + ITKElastix + PyElastix + ANTsPy
常见的图像配准工具包括SimpleITK、SimpleElastix、Elastix、ITKElastix和PyElastix。这些工具提供了强大的图像配准功能，支持医学、生物学等领域的图像处理和分析，为研究和临床应用提供了重要支持。原创 2024-02-04 10:12:42 · 2213 阅读 · 0 评论 -
（6）Elastix图像配准：可视化配准工具
介绍了基于Elastix和ITK的多种图像配准工具，包括可视化界面和手动逐点变形等方法，帮助用户根据需求选择合适的配准方案。原创 2024-01-30 14:28:07 · 1855 阅读 · 0 评论 -
（5）Elastix图像配准：点集配准（局部区域的精度微调）
图像配准：基于固定图像和移动图像的相关特征进行度量与变换。因此，通过手动指定局部的点坐标位置，将（初次）配准较差的图像实现（二次）局部区域的精度微调。原创 2024-01-27 18:39:58 · 1071 阅读 · 2 评论 -
（4）Elastix图像配准：3D图像
利用Elastix实现对3D图像的配准，深入研究如何应用Elastix工具实现对三维图像的准确注册，以满足复杂数据集的配准需求。原创 2024-01-25 13:52:12 · 1333 阅读 · 0 评论 -
（3）Elastix图像配准：2D图像
利用Elastix实现对2D图像的配准，探索如何利用该工具对二维图像进行精准注册，提升图像配准的实用性和效果。原创 2024-01-27 10:53:31 · 724 阅读 · 0 评论 -
（2）Elastix图像配准：参数文件（配准精度的关键）
（1）理解参数文件的每一个参数，才能实现图像的精确配准。（2）Elastix参数文件：由多个组件组成，每个组件包括多个参数。包括：移动图像、固定图像、金字塔、图像采样器、重采样器、插值器、重采样插值器、度量、优化器、变换、配准结果。原创 2024-01-25 09:15:43 · 1484 阅读 · 0 评论 -
（1）Elastix图像配准：算法原理 + 环境配置 + 项目实战
Elastix：是一个基于ITK库开发用于医学图像配准的开源工具。它支持多种配准算法，包括刚性、相似性、仿射和非线性配准，适用于不同类型的图像配准任务。Elastix使用参数文件来配置配准算法和参数设置，用户可以根据需求自定义参数文件。它提供了命令行接口，也可以与Python等语言集成。原创 2023-09-29 07:25:33 · 4098 阅读 · 16 评论