nnUNet V2代码——数据预处理（一）

前文请看nnUNetv2_plan_and_preprocess命令

阅读nnUNet\nnunetv2\utilities\plans_handling\plans_handler.py文件

文件包含ConfigurationManager类和PlansManager类。

数据预处理共两篇：

nnUNet V2代码——数据预处理（一）

nnUNet V2代码——数据预处理（二）

ConfigurationManager类

1. __init__函数

参数

• configuration_dict：字典类型，内容是之前生成的nnUNetPlans.json文件

过程

定义类内变量self.configuration；接下来判断architecture键值是否在configuration_dict中。

如果不在，nnUNet作者提示“检测到旧的 nnU-Net 计划格式。正在尝试重建网络架构参数。如果失败，请重新运行 nnUNetv2_plan_experiment 为您的数据集。如果您使用的是自定义架构，请将 nnU-Net 降级到您实现该架构的版本，或者更新您的实现和计划。”（机翻的）。

过程是将V1版本的nnUNetPlans.json转换为V2版本。代码不再粘贴

2. 其余函数

参数

• 无

过程

按照configuration_dict存储的相应数据、函数名称、函数参数返回对应的值，过程是查询。代码里可能会有一两个函数比较陌生，没关系，它服务于查询，知道这点就足够了。结构较为清晰，不再粘贴代码。

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PlansManager类

本类的作用nnUNet作者在__init__函数里说明了，机翻如下：

我们为什么需要这个？

1. 解决配置中的继承问题
2. 暴露那些从字符串中获取标签管理器或 IO 类等烦人的事情
3. 清晰地暴露计划中的事物，而不是将它们隐藏在字典中
4. 缓存这些内容

这个类不会阻止你随意使用。如果你愿意，你仍然可以直接使用计划 (PlansHandler.plans[‘key’])

1. __init__函数

参数

• plans_file_or_dict：例如nnUNetPlan.json

过程

将之前生成的nnUNetPlan.json存入类变量self.plans，用于后续查询

2. __repr__函数

参数

• 无

过程

返回self.plans的字符串形式，方便打印

3. _internal_resolve_configuration_inheritance函数

参数

• configuration_name：配置名称，例如2d

过程

首先检查configuration_name是否存在于self.plans[‘configurations’]中，如果不存在则抛出ValueError。

接下来根据configuration_name获取对应配置（在self.plans[‘configurations’]查询里获取），因为接下来可能会修改获取的配置，为了不改变原有文件（nnUNetPlans.json），要copy一份配置，存入configuration变量。

依照给定的配置类型获取配置后，需要判断是否有inherits_from字段，该字段是3D级联使用的，详见这篇文章的3D级联内容。

有inherits_from字段，说明当前配置继承自其他配置，本函数会递归解析父配置，父配置会覆盖当前配置。返回最终更新后的configuration。

4. get_configuration函数

参数

• configuration_name：配置名称，例如2d

过程

根据configuration_name调用self._internal_resolve_configuration_inheritance函数获取正确的配置，根据此配置实例化ConfigurationManager对象并返回它。

另外，本函数使用了装饰器lru_cache，该装饰器缓存最多10个配置结果，提高性能。

5. 其他函数

参数

• 无

过程

按照self.plans存储的相应数据、函数名称、函数参数返回对应的值，过程是查询。代码里可能会有一两个函数比较陌生，没关系，它服务于查询，知道这点就足够了。结构较为清晰，不再粘贴代码。