基于Singularity 安装 AmpliconSuite-pipeline

基于Singularity 安装 AmpliconSuite-pipeline

按照AmpliconSuite-pipeline官网的Singularity安装方法遇到不少问题，好在都一一解决了，写个文档记录一下我基于Singularity 安装 AmpliconSuite-pipeline的过程。

step1 获取 Singularity镜像

镜像地址：Singularity Container Services | Artifacts: jluebeck/ampliconsuite-pipeline/ampliconsuite-pipeline/ (sylabs.io)

singularity build ampliconsuite-pipeline.sif library://jluebeck/ampliconsuite-pipeline/ampliconsuite-pipeline:1.0.0

镜像下载速度比较慢，平均200kb，建议在晚上网络稳定的时候下载，总共用时6-7h。

step2 获取 执行镜像的脚本并且配置AA_DATA_REPO的路径

git clone https://github.com/AmpliconSuite/AmpliconSuite-pipeline/archive/refs/tags/v1.0.0.tar.gz
cd AmpliconSuite-pipeline
# Can use ./install.sh -h to see help before installing
source ./install.sh --finalize_only

#执行source ./install.sh --finalize_only命令后会检查samtools，bwa，还有R等软件是否安装，并且在$HOME目录下创建mosek，data_repo等文件夹

检查一下AA_DATA_REPO的环境变量有没有配好,执行$AA_DATA_REPO,输出不为空就是正确的。

如果没有配好，执行下述命令：

cd $HOME/data_repo
echo export AA_DATA_REPO=$PWD >> ~/.bashrc
touch coverage.stats && chmod a+r coverage.stats
source ~/.bashrc

step3 获取mosek.lic证书

获取证书文件 mosek.lic (https://www.mosek.com/products/academic-licenses/). 用学校或者科研单位的邮箱地址进行注册就可以免费获得证书。

将文件放置在 $HOME/mosek/文件夹下 (i.e, the mosek/ folder that now exists in your home directory).

也可以放在你自己的文件夹，但是要设置相应的环境变量 ：If you are not able to place the license in the default location, you can set a custom location by exporting the bash variable MOSEKLM_LICENSE_FILE=/custom/path/.

step4 下载参考基因组数据:

datasets.genepattern.org/?prefix=data/module_support_files/AmpliconArchitect/

我选择的GRCh38_indexed.tar.gz

下载命令：

cd $AA_DATA_REPO
wget https://datasets.genepattern.org/data/module_support_files/AmpliconArchitect/GRCh38_indexed.tar.gz
tar zxf GRCh38_indexed.tar.gz
rm GRCh38_indexed.tar.gz

step5：配置AA_SRC路径

Github source code:

Note: In the rest of this document, we will refer to the path of the parent directory AmpliconArchitect/src as $AA_SRC

git clone https://github.com/jluebeck/AmpliconArchitect.git
cd AmpliconArchitect
echo export AA_SRC=$PWD/src >> ~/.bashrc

step6: 对bam文件进行去重复序列和排序

如果你的输入文件是bam文件，需要进行去重复序列和排序的操作

参考命令如下：

nohup time java -jar picard.jar MarkDuplicates REMOVE_DUPLICATES=true I=../alignment/bam/P368T.sorted.bam O=../alignment/bam/P368T.sorted.rmdup.bam M=../alignment/bam/P368T.rmdup_metrics.txt > ../alignment/log/P368T.rmdup.log 2>&1 &

samtools index -@ 20 P368T.sorted.markdup.bam

step7 : 执行命令

python AmpliconSuite-pipeline-1.0.0/singularity/run_paa_singularity.py --sif /home/chentao/project/ecDNA/ -o /home/chentao/project/ecDNA/output/ -s P368 -t 8 --bam /home/chentao/project/mutation_calling/alignment/bam/P368T.sorted.rmdup.bam --run_AA --run_AC

注意：–sif 的路径只需要精确到ampliconsuite-pipeline.sif的目录即可，镜像的名称一定要是ampliconsuite-pipeline.sif。

这是作者在run_paa_singularity.py 设置镜像路径的代码：

执行结果：

日志：

output：