TCGAbiolinks 下载临床数据

本文通过使用R包TCGAbiolinks演示了如何从TCGA数据库下载癌症临床数据,并对BRCA乳腺癌项目进行初步的数据准备和分析。涉及的步骤包括获取项目ID、数据查询、下载及临床信息整理。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

自己安装这个R包TCGAbiolinks点进去安装,下面直接代码

library(TCGAbiolinks)
library(dplyr)
library(DT)
library(SummarizedExperiment)
library("clusterProfiler")
getGDCprojects()$project_id  #获取TCGA中最新的不同癌种的项目号
TCGAbiolinks:::getProjectSummary("TCGA-BRCA")  
query <- GDCquery(project = 'TCGA-BRCA',data.category = 'Clinical',file.type = 'xml')
GDCdownload(query)
clinical <- GDCprepare_clinic(query,clinical.info = 'patient')
write.table(clinical,file="1.txt",sep="\t",quote=F,row.names = T)   
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值