TCGAbiolinks 下载临床数据

最新推荐文章于 2024-08-23 16:45:28 发布

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本文通过使用R包TCGAbiolinks演示了如何从TCGA数据库下载癌症临床数据，并对BRCA乳腺癌项目进行初步的数据准备和分析。涉及的步骤包括获取项目ID、数据查询、下载及临床信息整理。

自己安装这个R包TCGAbiolinks点进去安装，下面直接代码

library(TCGAbiolinks)
library(dplyr)
library(DT)
library(SummarizedExperiment)
library("clusterProfiler")
getGDCprojects()$project_id  #获取TCGA中最新的不同癌种的项目号
TCGAbiolinks:::getProjectSummary("TCGA-BRCA")  
query <- GDCquery(project = 'TCGA-BRCA',data.category = 'Clinical',file.type = 'xml')
GDCdownload(query)
clinical <- GDCprepare_clinic(query,clinical.info = 'patient')
write.table(clinical,file="1.txt",sep="\t",quote=F,row.names = T)