sayhello1025的博客

library(GEOquery)library(limma)gset <- getGEO('GSE76427', destdir=".", AnnotGPL = F, ## 注释文件 getGPL = F) a=gset[[1]]dat1=exprs(a)dim(dat1)metadata=pData(a)#转换ID#GPL3921 library(hthgu133a.db)ids=toTable(hthgu1

数据匹配不同数据根据固定列进行匹配data1 <- data.table::fread('orig_edge_list.csv',data.table = F)> data1 Source Target1 1212 C008362 56848 C008363 10558 C008364 6609 C008365 5476 C008366 427 C008367 7124 C008368 81537 C008

在这library('limma')symbol <- data.table::fread('./bulk data/02.tcga/gencode.v22.annotation.gene.probeMap',data.table = F)rownames(symbol) <- symbol[,1]tcga_fpkm <- data.table::fread('./bulk data/02.tcga/TCGA-BRCA.htseq_fpkm.tsv/TCGA-BRCA.htseq_

这里写自定义目录标题欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入欢迎使用Markdown编辑器你好！ 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用...

library(hgu133plus2.db)library(GEOquery)a=getGEO(‘GSE103091’,destdir = ‘.’)metadata=pData(a[[1]])[,c(2,11,12,13,14,15)]datTraits = data.frame(gsm=metadata[,1],age =trimws(sapply(as.character(meta...

m(list = ls()) ## 魔幻操作，一键清空~options(stringsAsFactors = F)#在调用as.data.frame的时，将stringsAsFactors设置为FALSE可以避免character类型自动转化为factor类型# 注意查看下载文件的大小，检查数据 f='GSE64634_eSet.Rdata'# https://www.ncbi.nlm....

linux中后台运行R代码需要准备好文件路径以及相应的输入文件 与在RStudio中一样 ，但是需要首行加入#! /usr/bin/env Rscript举个列子 写了一个贼坑的大循环#! /usr/bin/env Rscriptlibrary(survival)library(caret)library("glmnet")library(survminer)library("s...

首先下载gtf文件，这里我们引用的是Ensembl的文件enensembl gtf文件下载这里面我们下载完文件后我们如何查看这个文件信息呢，首先我们用UEStudio 打开后我们看一下文件的数据结构可以看到里面的我们想要的有gene_ID 和基因的名字 以及这个基因的biotype，我们明确想要提取的对象后导入我们的R中进行提取。library(refGenome)ens <-...