数据下载方式

NCBI数据下载与转换

原创于 2021-03-19 12:21:06 发布 · 412 阅读

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本文介绍如何从NCBI下载sra格式的数据，并将其转换为fastq格式。使用prefetch命令下载所需数据，并通过fastq-dump进行格式转换，包括单端和双端测序数据的处理。

从NCBI下载数据

prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt
fastq-dump -o $HOME/data_download --gzip ~/ncbi/pubilic/sra/*.sra

## 将生成.fastq格式的文件
fastq-dump --split-3 *.sra
## 使用split-3,是为了提取双端测序文件,否则会出错