16s_rRNA分析软件

最新推荐文章于 2025-01-02 14:02:05 发布

rogerzhanglijie

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分类专栏：生物信息

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QIIME （Quantitative Insights Into Microbial Ecology）是一个专门针对于微生物群落的分析管道，可以进行OTU,以及多样性分析，等等。拥有处理16s rRNA所需要的软件并呈现相应的处理结果。所谓分析管道必是集成软件，QIIME也不例外。因此安装起来比较麻烦。而且根据网站（http://qiime.org/）上给出主流的安装说明，需要将分析软件一个一个进行安装，非常不便。

git clone git://github.com/qiime/qiime-deploy.git
git clone git://github.com/qiime/qiime-deploy-conf.git
cd qiime-deploy/
python qiime-deploy.py $HOME/qiime_software/ -f $HOME/qiime-deploy-conf/qiime-1.8.0/qiime.conf --force-remove-failed-dirs
source $HOME/.bashrc