5、线性时间算法在RNA结构预测中的应用

线性时间算法在RNA结构预测中的应用

1. 网络服务器使用介绍

1.1 LinearFold网络服务器

LinearFold网络服务器在预测RNA结构时，LinearFold - V倾向于比LinearFold - C预测更多的碱基对。页面上还会提供诸如束宽（beam size）、运行时间以及结构的自由能变化（LinearFold - C为模型得分）等额外信息。对于偏好“forna”显示方式的用户，页面提供了相应按钮来进行渲染，同时也能获取精确的预测结果（点括号格式）。

此外，该服务器还支持计算多样的次优结构。要启用此功能，需在输入框中勾选“Zuker suboptimal structures”，并指定与最小自由能（MFE）结构的最大能量差距（默认情况下，LinearFold - V为5 kcal/mol，LinearFold - C为5个模型得分）。为确保次优结构的差异性，还实现了“Window”功能。用户可以从结果页面以点括号表示法的纯文本形式下载次优结构。

若存在特定约束条件，用户可勾选“Constraints”框，并在输入框中的RNA序列后添加一行自定义约束。约束条件有四种类型：“?”表示匹配情况未知；“.”表示未配对；“(”表示与3′核苷酸配对；“)”表示与5′核苷酸配对。左右括号需保持平衡，且不能指定假结配对。在结果部分，受约束的碱基对会在圆形图中以虚线弧显示。

1.2 LinearPartition网络服务器

LinearPartition的输入页面与LinearFold相似。以O. sativa SRP RNA为例，其结果页面的两个上部圆形图中，碱基对用蓝色弧表示，弧的颜色深浅代表相应碱基配对概