itk中的毛刺去除算法

图像毛刺去除是图像处理中的一个重要内容。在图像特征提取的过程中,毛刺会严重影响图像的结构,属于噪声污染。


itk中提供了专门的毛刺去除算法类:itkBinaryPruningImageFilter。
作用:该过滤器能输入图像中移除小于一定长度的“刺”。
输入:二值图像。
该滤波器是一种顺序剪枝算法,计算时间依赖于图像的大小。

该算法用在二维图像,用法很简单:

  typedef itk::BinaryPruningImageFilter <ImageType, ImageType >
          ImageFilterType;
  ImageFilterType::Pointer pruneFilter = ImageFilterType::New();
  pruneFilter->SetInput(image);
  pruneFilter->SetIteration(iteration);
  pruneFilter->Update();
代码分析:
1..h中的私有变量:

unsigned int           m_Iteration; //迭代次数 1
2.准备数据:这里能看到又一种数据初始化方法,开源就是这样,八仙过海,各显神通~

template <class TInputImage,class TOutputImage>
void 
BinaryPruningImageFilter<TInputImage,TOutputImage>
::PrepareData(void) 
{  
  itkDebugMacro(<< "PrepareData Start");
  OutputImagePointer pruneImage = GetPruning();
//开辟内存空间
  InputImagePointer  inputImage  = 
    dynamic_cast<const TInputImage  *>( ProcessObject::GetInput(0) );

  pruneImage->SetBufferedRegion( pruneImage->GetRequestedRegion() );
  pruneImage->Allocate();

  typename OutputImageType::RegionType region  = pruneImage->GetRequestedRegion();

//迭代器
  ImageRegionConstIterator< TInputImage >  it( inputImage,  region );
  ImageRegionIterator< TOutputImage > ot( pruneImage,  region );

  it.GoToBegin();
  ot.GoToBegin();

  itkDebugMacro(<< "PrepareData: Copy input to output");
 
  while( !ot.IsAtEnd() )
      {
	  //数据一一对应
      ot.Set( static_cast< typename OutputImageType::PixelType >( it.Get() ) );
      ++it;
      ++ot;
      }
  itkDebugMacro(<< "PrepareData End");
}
3.起细化作用的后处理方法,是不是感觉和细化算法有什么瓜葛?用的基础结构都差不多。

template <class TInputImage,class TOutputImage>
void 
BinaryPruningImageFilter<TInputImage,TOutputImage>
::ComputePruneImage() 
{
  itkDebugMacro( << "ComputeThinImage Start");
  OutputImagePointer    pruneImage          =  GetPruning();

  typename OutputImageType::RegionType region  = pruneImage->GetRequestedRegion();
//NeighborhoodIterator 这个迭代器设计的帅啊
  typename NeighborhoodIteratorType::RadiusType radius;
  radius.Fill(1);//邻域半径设为1
  NeighborhoodIteratorType ot( radius, pruneImage, region );//参数1:半径;参数2:图像;参数3:区域
//二维8邻域
  typename NeighborhoodIteratorType::OffsetType offset1 = {{-1,-1}};
  typename NeighborhoodIteratorType::OffsetType offset2 = {{-1,0}};
  typename NeighborhoodIteratorType::OffsetType offset3 = {{-1,1 }};
  typename NeighborhoodIteratorType::OffsetType offset4 = {{0,1}};
  typename NeighborhoodIteratorType::OffsetType offset5 = {{1,1}};
  typename NeighborhoodIteratorType::OffsetType offset6 = {{1,0}};
  typename NeighborhoodIteratorType::OffsetType offset7 = {{1,-1}};
  typename NeighborhoodIteratorType::OffsetType offset8 = {{0,-1}};
  
  unsigned int count = 0;
  while(count < m_Iteration)//m_Iteration:迭代次数,默认3次
  {
    ot.GoToBegin();//迭代开始
    while( ! ot.IsAtEnd() )//不止不休
    {
      if (ot.GetCenterPixel())
       {
         PixelType genus;
         genus  = ot.GetPixel(offset1) + ot.GetPixel(offset2);
         genus += ot.GetPixel(offset3) + ot.GetPixel(offset4);
         genus += ot.GetPixel(offset5) + ot.GetPixel(offset6);
         genus += ot.GetPixel(offset7) + ot.GetPixel(offset8);
         if (genus < 2)//如果8邻域的灰度值小于2,则把该点抹掉
           {
             genus = 0;
             ot.SetCenterPixel( genus );
           }
       }

      ++ot;//下一个
	}
    ++count;
  }  
    itkDebugMacro( << "ComputeThinImage End");
}
4.#include "itkNeighborhoodIterator.h"
注意这里用到一个很帅的迭代器:itkNeighborhoodIterator,用法看上面代码中的注释,比起自己写的函数好用多了。
5.最后,看下算法设计的作者:
 * Rafael C. Gonzales and Richard E. Woods. 
 * Digital Image Processing. 
 * Addison Wesley, 491-494, (1993).
又见冈萨雷斯 and 伍兹~ 什么叫经典?他俩几乎把数字图像处理领域的基础方法都写完了!膜拜吧!

参考文献:
1.http://www.vtk.org/Wiki/ITK/Examples/Morphology/BinaryPruningImageFilter
2.http://blog.chinaunix.net/uid-25510439-id-3126204.html
3.http://blog.163.com/zhoumhan_0351/blog/static/3995422720084190493758/

### 关于眼底图像病灶分割处理的方法、算法及工具 #### 方法概述 医学图像分割是医学图像处理中的重要环节,尤其针对眼底图像的病灶检测和分割更是具有重要意义。这类任务旨在识别并分离出视网膜病变区域,如糖尿病性黄斑水肿或微动脉瘤等特定结构,从而支持早期诊断与治疗决策过程[^1]。 #### 常见的眼底图像病灶分割方法 - **基于形态学操作的技术** 形态学变换被广泛用于增强对比度以及去除噪声干扰项;通过开闭运算可以有效清理边界上的毛刺现象,并填充孔洞以改善目标对象连通性的表现形式。例如,在一项研究中提到利用数学形态学手段实现了对未散瞳状态下获取到的眼睛底部影像里存在渗出物位置的有效探测[Sopharak, 2008][^2]。 - **图割 (Graph Cut) 和区域生长 (Region Growth)** 这两种经典算法曾被用来尝试实现更精细级别的血管网络描绘工作,不过实验结果显示它们对于直径较小分支部分的表现并不理想,仅能获得较为粗糙的结果轮廓[^3]。 #### 新兴技术和改进方案 随着计算机视觉领域的发展进步,越来越多先进的机器学习模型开始进入该应用场景之中: - **卷积神经网络(CNNs):** 特别是在U-net架构下训练得到的目标检测器能够很好地适应不同尺度下的异常情况变化规律; - **全卷积网络(FCNs)/DeepLab:** 提供像素级分类功能的同时还具备强大的上下文理解力,有助于提高整体定位精度; - **弱监督/自监督预训练框架:** 减少了标注数据量需求,使得大规模样本集构建变得更加可行。 #### 开源软件包推荐 为了便于研究人员快速上手实践上述各类策略,这里列举了一些流行的开源项目资源可供参考选用: - `OpenCV`:提供了丰富的基础函数库来完成诸如滤波平滑化、边缘锐化等功能模块开发; - `SimpleITK`: 支持多种文件格式读写接口设计,方便导入导出DICOM序列资料; - `Medical Imaging Toolkit(MIAT)` : 集成了大量现成可用插件组件,简化了整个流程配置难度; - `PyTorch/TensorFlow`: 当前最主流的人工智能平台之一,拥有活跃社区贡献者群体维护更新着众多前沿研究成果代码样例。 ```python import torch from torchvision import models # 加载预训练好的ResNet50作为特征提取器 model = models.resnet50(pretrained=True) for param in model.parameters(): param.requires_grad_(False) classifier = nn.Sequential(OrderedDict([ ('fc1', nn.Linear(model.fc.in_features, 512)), ('relu', nn.ReLU()), ('dropout', nn.Dropout(p=0.5)), ('output', nn.Linear(512, num_classes)) ])) model.fc
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