qysh123的专栏

pygraphviz/graphviz_wrap.c:3020:10: fatal error: graphviz/cgraph.h: 没有那个文件或目录。结果报错：requires pygraphviz http://pygraphviz.github.io/

这个…… 没想到用networkx还能踩到坑：No module named 'pygraphviz'然后试图安装：pip install pygraphviz结果报：ygraphviz/graphviz_wrap.c:2711:10: fatal error: graphviz/cgraph.h: 没有那个文件或目录 #include "graphviz/cgraph.h" ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~也是醉了，搜了一下，发现应该这

其实这个很简单，但是我也是看了其他网友的博客才知道：https://blog.youkuaiyun.com/qq_33251995/article/details/83214971，https://blog.youkuaiyun.com/wangkun1340378/article/details/82380160，我们往往可以输入：virtualenv -p /usr/bin/python2 --no-site-packages %虚拟环境名称%来构建基于Python2的虚拟环境。由于现在经常要直接使用别人的实

这个博客仅仅是为了防止忘记。networkx之前其实一直是没有专门information centrality之类的函数名的，关于这个Centrality指标可以查看这里：http://www.analytictech.com/ucinet/help/76wq.e.htm，不过注意到目前可能是为了防止歧义，NetworkX提供了两个不同的函数来同时实现information centrality的...

由于科研需要，简单研究了一下自我中心网络中指标的计算方法，这里做一个简单的总结。关于Ego Network的概念，可以参考周涛老师的博客：http://blog.sciencenet.cn/blog-3075-1072943.html我需要在实验中对比10年前这篇ICSE文章中使用的指标：Zimmermann, Thomas, and Nachiappan Nagappan. "Predi...

我之前介绍过很多NetworkX的使用方法，实际上Pajek也是一个非常常用的复杂网络分析及可视化软件。将NetworkX中的网络转成Pajek可以读取的网络，实际上只需要一条语句：nx.write_pajek(G,'Pajek.net')然后就可以用Pajek打开这个文件，具体而言，启动Pajek界面后，选择“Network”下的第一个图标，然后打开。这里再简单总结一下这个软件的

这个日志也是参考了几位网友的经验（例如这篇日志：http://blog.youkuaiyun.com/waleking/article/details/7578517）。他们推荐使用Mac Ports这样的软件来管理和安装所有的安装包。按照这里的教程：http://www.macports.org/install.php，需要首先安装Xcode，如果下载网速不好的话，使用浏览器下载可能需要数个小时。这里建

复杂网络研究中的一个重要部分就是社团发现（Community Detection）算法的研究，密歇根大学物理学系教授Mark Newman就主要在社团发现方面做出了很多贡献。今天简单总结一下几个开源复杂网络分析软件中的社团发现算法：首先是NetworkX，这个软件非常好用，功能强大，文档清晰。我也写过多篇日志介绍。遗憾的是NetworkX的社团发现算法很简单，按照这里的介绍，其主要实现

这是我在数据分析过程中遇到的实际问题，简单记录一下。这里以DiGraph为例，其他类型的网络（图）的处理方法是一样的。按照这里：http://networkx.github.io/documentation/development/reference/classes.digraph.html 的官方文档介绍，对于DiGraph，每一个图、节点和边，都可以赋一个或多个以字典形式存在的key/va

在这个系列上一篇日志中，我总结了一下基于Python和pygexf生成Gephi输入文件（Gexf）格式的方法。但是这种方法还稍微有些麻烦，为了不误导大家，再总结一下更为简单的方法。NetworkX在这个页面中：http://networkx.github.io/documentation/latest/ 提供了很详细的Tutorial和Reference，在后面一个文档的第365页，介绍

Gephi（http://gephi.org/）是一个常用的复杂网络分析和可视化工具，可以生成些比较漂亮的网络图。这里总结一下Python中生成符合Gephi输入文件格式的方法。Gexf（http://www.gexf.net/format/）是一个Gephi相关开发者定义的开放文件格式。其实我们也可以直接调用Gephi的API，但是由于很多网络分析是基于Python和NetworkX实现的，所以