PANCDR在Windows上的论文复现

首先配置环境，根据自己的CUDA版本下载pytorch，本人是CUDA12.5，那么运行命令：

conda install pytorch torchvision torchaudio pytorch-cuda=12.4 -c pytorch -c nvidia

接下来继续安装对应的包：

pip install hickle==3.4.5 --index-url https://pypi.org/simple

pip install pandas==1.0.1 --index-url https://pypi.org/simple

pip install scikit-learn --index-url https://pypi.org/simple

pip install umap-learn --index-url https://pypi.org/simple

pip install matplotlib --index-url https://pypi.org/simple

 

安装完可以用pip list检查一下是否安装成功。

包全都安装完成后尝试运行run_PANCDR.py，发现报错：

ModuleNotFoundError: No module named 'fcntl'

经查询发现这是UNIX特有的Python模块，而我使用的是Windows，上网查询解决方案

发现有可以运行在Windows上的文件，优快云链接如下：
Windows下python，fcntl库_windows fcntl-优快云博客

接着运行发现报错：
ModuleNotFoundError: No module named 'importlib.metadata'

在"你的虚拟环境地址\lib\site-packages\umap\__init__.py"文件中，修改importlib.metadata为importlib_metadata，即：

接着报错：

FileNotFoundError: [Errno 2] File ../data/TCGA/Pretrain_TCGA_expr_702_01A.csv does not exist: '../data/TCGA/Pretrain_TCGA_expr_702_01A.csv'

沿着路径找回去发现竟然是一个文件夹要解压缩（给我气笑了），在PANCDR-main下的data下的TCGA文件夹，将Pretrain_TCGA_expr_702_01A中的Pretrain_TCGA_expr_702_01A.csv解压缩出来。

接下来遇到个更奇怪的问题：
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\ASUS\Desktop\biology information\cell\PANCDR-main\PANCDR-main\src\run_PANCDR.py", line 47, in <module>
    TX_drug_feat_data_test = torch.FloatTensor(TX_drug_feat_data_test).to(device)
  File "E:\anaconda\envs\PANCDR\lib\site-packages\torch\cuda\__init__.py", line 214, in _lazy_init
    torch._C._cuda_init()
RuntimeError: No CUDA GPUs are available

可以发现，报错说我的CUDA设备不可用，奇怪的地方在于，在命令行中我是可用的：

发现是我太穷导致的（哭）

在run_PANCDR.py中，第9行：os.environ["CUDA_VISIBLE_DEVICES"] = "8"

竟然要使用编号为8的GPU，我何德何能，赶紧改成0。

再次尝试运行，终于不报错啦！