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RSS订阅原创 Bismark与BSMAP（笔记）
BSMAP将每个甲基化位点的甲基化状态用一个二进制位表示，1表示甲基化，0表示未甲基化，从而将甲基化信息压缩到BAM文件中。总之，BAM格式文件是甲基化测序数据比对和甲基化位点鉴定的重要输出结果，它们可以被用于后续的甲基化位点分析和差异分析等研究。比对结果：每个序列与参考基因组的比对结果，包括比对上的参考序列名称、起始位置、终止位置、比对方向、比对质量等信息。甲基化信息：每个Cytosine位点的甲基化信息，包括其在参考基因组上的位置、甲基化状态、甲基化水平等信息。
2023-04-19 17:29:06
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原创 R语言绘制累计积分密度图（笔记）
axis.text=element_text(colour="#36648B"),axis.ticks.length=unit(.4,"lines"),axis.ticks=element_line(#坐标轴刻度线的设置。values = c("red", "green"), #manual: 直接指定分组使用的颜色。sum_excel_data<-read_excel("路径.xls",col_names=TRUE)#x、y轴标题颜色、大小、字体、位置。#x、y轴标题颜色、大小、字体、位置。
2023-03-30 21:22:11
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原创 putty基础知识【screen】（笔记）
此时会退出并挂起虚拟终端（保存会话，后台运行该虚拟终端），此时会话状态变成Detacted。最简单的对比理解就是:attached模式在前台运行,detached模式在后台运行。Linux下批量修改文件及文件夹所有者及权限chmod 770 路径。给screen命名 screen -S name。强制关闭一个screen窗口+screen命名。在Attached状态下，按。
2023-03-30 21:12:35
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原创 putty修改普通用户密码（笔记）
1、普通用户自己修改密码（前提知道自己旧密码，可以登陆上putty）sudo passwd 用户名。2、管理员修改普通用户密码。
2023-03-30 20:32:19
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原创 类别不平衡问题1——1（笔记）
偏差指模型的预测结果和实际结果之间的平均差距，可以理解为模型本身的你和能力，如果模型拟合不足，无法捕捉到数据的实际特征，导致预测结果与实际结果的偏差较大，我们称之为偏差较高的欠拟合模型。方差是指模型在不同数据集上预测结果的差异，可以理解为模型的泛化能力。如果模型过拟合，会对训练集过于敏感，对未知数据的预测能力较差，我们称之为方差较高的过拟合模型。一组数据的变异程度。在统计学中，方差是衡量一组数据离散程度的指标，它衡量的是每个数据值与数据集平均值的距离的平方的平均值。模型在新的、未知的数据上预测能力。
2023-03-30 10:46:24
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原创 特征选择（笔记）
温度控制决定了算法在搜索过程中接受劣解的概率，随着搜索的进行，温度逐渐降低，接受劣解的概率也逐渐降低。接受概率的计算是根据当前温度和系统的能量差来计算的，能量差越大，接受概率越高。原理：比较两个变量的联合分布和各自分布之间的差异，如果差异显著，则认为它们之间存在非线性关系。包裹式特征选择是在模型训练过程中进行的，它将特征选择看作是一个搜索问题，通过不断的选择和排除特征来优化模型的性能。：将问题的解表示为染色体的形式，通过模拟自然选择、交叉和变异等过程，不断优化染色体的适应度，最终得到最优解。
2023-03-30 10:15:57
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原创 K折交叉验证和留一交叉验证（笔记）
剩余的k-1个子集作为训练集，重复k次取平均值。k折交叉验证能够使用更多的数据进行训练，但是时间是留一交叉验证的k倍。，其余作为训练，重复n次取平均值。留一交叉验证能够使用最多的数据进行训练，但是计算时间是k折交叉验证的n倍。K折交叉验证和留一交叉验证都是常用的交叉验证方法，用于评估和选择一个机器学习模型的性能。K折交叉验证：将训练集分成k个子集，每次使用一个。每个样本都作为测试集一次。通常，k折交叉验证适用于。
2023-03-30 09:34:44
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原创 Arcmap软件中将地图上的省/市/区/县的名称显示出来
首先打开Arcmap软件，最上方的菜单栏找到customize——Toolbars——Draw，调出Draw面板点击 A 右方的下三角，选择“Label”，鼠标悬浮在地图上将会出现该地区的名称，然后当你鼠标落地它出现的是中文名称。首先双击打开提前导进去.shp格式的邯郸市地图图层属性面板，选择Symbology——左侧Shwo——Categories——Unique values，左侧值字段选择“名字”，然后点击Add all values点击确定。下图展示的就是最终效果。
2023-03-29 20:16:24
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原创 机器学习、深度学习、强化学习、规则学习（笔记）
智能体可以使用不同的算法和技术来实现不同的任务。反向传播算法的优点是可以训练具有多个层次的神经网络，并且可以处理大量的非结构化数据，例如图像、语音和文本。它可以表示为从当前状态开始，智能体采取某个动作后，在未来的所有时间步中所能获得的期望奖励的总和。价值函数可以帮助智能体评估当前状态和动作的好坏，策略函数可以指导智能体选择最佳的动作。智能体可以使用不同的算法和技术来学习最优价值函数和策略函数，以实现最优决策。强化学习的主要思想：通过与环境的交互来学习最优策略，通过奖励和惩罚来调整策略，从而实现最优决策。
2023-03-29 19:35:54
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原创 地理分布分析图+Arcmap（学习链接）
http://datav.aliyun.com/portal/school/atlas/area_selector 获取地理信息，如邯郸.json文件 https://jingyan.baidu.com/article/f79b7cb3af2476d044023ede.html某个字段符号化（将邯郸市各个区县显示出来Arcmap软件）https://lbs.amap.com/demo/javascript-api/example/3d/map3d 高德地图热力图。
2023-03-29 18:01:25
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原创 如何使用arcmap绘制核密度图（笔记）
选择Geoprocessing——ArcToolbox（进行双击），接下来找到Spatial Analyst——Density——Kernel Density（双击），第一行Input Point or polyline features选择你导入的带有经纬度数据（.shp格式），选择下方的Environments(双击)，找到processing Extent(选择你所选区域地图)，再找到Raster Analysis——Mask(选择你所选区域地图),点击OK。导进去就出现你所需的地图形状。
2023-03-29 17:49:28
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原创 使用Python绘制邯郸地区散点图
from pyecharts.charts import Geofrom pyecharts import optionsfrom pyecharts.globals import GeoTypefrom pyecharts.globals import CurrentConfig, NotebookTypefrom pyecharts import options as optsfrom pyecharts.globals import GeoTypeimport pandas as p
2023-03-29 16:50:53
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原创 使用Python编程实现将.json格式转成.shp格式（笔记）
plt.rcParams['font.sans-serif'] = 'Microsoft YaHei' # 设置字体为微软雅黑。plt.rcParams['font.sans-serif'] = 'Microsoft YaHei' # 设置字体为微软雅黑。data = gpd.read_file(r'路径\文件名.json')prd_city = ['邯山区','丛台区','复兴区']data.to_file('SHP/文件名.shp',prd.to_file('SHP/文件名.shp',
2023-03-29 14:13:06
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原创 使用Python编程根据地址输出地址+经纬度（笔记）
##############读入地址 ------转成数组格式-------------根据高德API接口输出经纬度。jsonData=json_data['geocodes'][0]['location']#获取经纬度。df = pd.read_excel(r'路径\文件名.xlsx', usecols=[0],# 也可以直接写成 address = ['地点1','地点2','地点3'] 的形式。# 也可以直接写成 address = ['地点1','地点2','地点3'] 的形式。
2023-03-29 14:01:52
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原创 使用Python编写代码，实现经纬度转成详细地址
jingdu = str(114.523376)#(data['经纬度'][1400].split(",")[0])# weidu = str(36.585729)#(data['经纬度'][1400].split(",")[1])data = pd.read_excel(r'文件路径/文件名.xlsx', usecols=[0],jingdu = (data['经纬度'][i].split(",")[0])weidu = (data['经纬度'][i].split(",")[1])
2023-03-29 11:18:38
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原创 统计学常用图形以及直方图和条形图的区别（笔记)
直方图的横轴表示数据的取值范围，纵轴表示数据的频率或者频数。条形图适用于比较不同类别或者组的数据，横轴表示数据值，纵轴表示类别或者组/条形图的条形宽和间距通常是相等的，条形的高度表示数据的大小或者比例，例如：不同产品的销售额、不同地区的人口数量等。2、箱线图：用于表示数据的分布情况和异常值，将数据分成四分位数，箱体表示数据的中间50%范围，上下须表示数据的最大值和最小值，异常值用点表示。8、等高线图：用于表示数据在三维空间中的分布情况，将数据在三维空间中用等高线表示，等高线的高度表示数据的大小或者密度。
2023-03-29 10:45:45
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