病毒序列模式匹配——KMP算法-优快云博客

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本文深入探讨了KMP算法在病毒序列模式匹配中的应用，详细解释了算法原理及其实现过程，通过实例展示了如何利用C++进行编程实现，为生物信息学领域的序列比对提供了一种高效解决方案。

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#include<iostream>
#include<string>
#include<cstring> 
#include <cstdio>
#define MAXLEN 256 
using namespace std;
void GetNextval(char* p,int next[]);
int KmpSearch(char* s, char* p,int next[]);
int main()
{
	int n;
	cin>>n;
	while(n--)
	{
	    char S[MAXLEN];
		char t[MAXLEN];
		cin>>S>>t;
		char s[MAXLEN];
		strcpy(s,S);
		strcat(s,S);
	int next[MAXLEN]={0};
	int la=strlen(t);
	
	GetNextval(t,next);
	
	int index=KmpSearch(s, t,next);
	if(index!=-1)
	{
		cout<<"Yes";
	}
	else
	{
		cout<<"No";
	}
	if(n!=0)
	cout<<endl; 
  }
}
//优化过后的next 数组求法
void GetNextval(char* p,int next[])
{
	int pLen = strlen(p);
	next[0] = -1;
	int k = -1;
	int j = 0;
	while (j < pLen - 1)
	{
		//p[k]表示前缀，p[j]表示后缀  
		if (k == -1 || p[j] == p[k])
		{
			++j;
			++k;
			//较之前next数组求法，改动在下面4行
			if (p[j] != p[k])
				next[j] = k;   //之前只有这一行
			else
				//因为不能出现p[j] = p[ next[j ]]，所以当出现时需要继续递归，k = next[k] = next[next[k]]
				next[j] = next[k];
		}
		else
		{
			k = next[k];
		}	
	}
}
int KmpSearch(char* s, char* p,int next[])
{
	int i = 0;
	int j = 0;
	int sLen = strlen(s);
	int pLen = strlen(p);
	while (i < sLen && j < pLen)
	{
		//①如果j = -1，或者当前字符匹配成功（即S[i] == P[j]），都令i++，j++    
		if (j == -1 || s[i] == p[j])
		{
			i++;
			j++;
		}
		else
		{
			//②如果j != -1，且当前字符匹配失败（即S[i] != P[j]），则令 i 不变，j = next[j]    
			//next[j]即为j所对应的next值      
			j = next[j];
		}
	}
	if (j == pLen)

		return i - j;
	else
		return -1;
}