Rosalind第28题——ros_bio28_PROB

他城她糖i

于 2021-08-12 17:18:23 发布

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分类专栏： ROSALIND答案文章标签：生物信息学

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本文介绍了如何使用Python计算DNA序列中碱基概率的对数和，通过给定的概率分布，实现序列分析。通过逐个碱基的概率调整，计算累积的对数概率，结果以三位小数格式展示。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

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import math

#读取文件
with open('../examples/ros_bio28_PROB.txt') as f:
    file = f.readlines()

dna = file[0].rstrip()
probability = file[1]
probability = probability.split(' ')

#根据提供的各个概率计算序列相加的对数
all_lo = []
for i in probability:
    i = float(i)
    gpro = i/2
    apro = (1-i)/2
    loga = 0
    for j in dna:
        if j == 'A' or j == 'T':
            loga += math.log(apro, 10)
        else:
            loga += math.log(gpro, 10)
    all_lo.append(loga)

#格式化为三位小数
result = ''
for line in all_lo:
    line = format(line, '.3f')
    result += line + ' '
print(result)