OJ系列-UVa1368(DNA Consensus String)java版

签到,今天是连续OJ系列的第13天

题目

输入m个长度均为n的DNA序列， 求一个DNA序列， 到所有序列的总Hamming距离尽量小。 两个等长字符串的Hamming距离等于字符不同的位置个数， 例如， ACGT和GCGA的Hamming距离为2（ 左数第1, 4个字符不同） 。
输入整数m和n（ 4≤m≤50, 4≤n≤1000） ， 以及m个长度为n的DNA序列（ 只包含字母A， C， G， T） ， 输出到m个序列的Hamming距离和最小的DNA序列和对应的距离。 如有多解， 要求为字典序最小的解。 例如， 对于下面5个DNA序列，
TATGATAC
TAAGCTAC
AAAGATCC
TGAGATAC
TAAGATGT
最优解为TAAGATAC。

样例输入

3
5 8
TATGATAC
TAAGCTAC
AAAGATCC
TGAGATAC
TAAGATGT
4 10
ACGTACGTAC
CCGTACGTAG
GCGTACGTAT
TCGTACGTAA
6 10
ATGTTACCAT
AAGTTACGAT
AACAAAGCAA
AAGTTACCTT
AAGTTACCAA
TACTTACCAA

可以看出先输入一个数T,然后输入T组样例

样例输出

TAAGATAC
7
ACGTACGTAA
6
AAGTTACCAA
12

代码

import java.util.Scanner;

public class Uva1368 {

	/**
	 * @param args
	 */
	public static void main(String[] args) {
		// TODO Auto-generated method stub
		Scanner scanner =new Scanner(System.in);
		int m;
		int n;
		int T;
		T=scanner.nextInt();
		while(T-->0){
		m=scanner.nextInt();
		n=scanner.nextInt();
		String []str=new String[m];
		char [][]ch=new char[m][n];
		
		for(int i=0;i<m;i++){
			str[i]=scanner.next();
			ch[i]=str[i].toCharArray();//转换成字符数组
		}
		int sum=0;
		for(int i=0;i<n;i++){//一列一列的找
			int []ACGT=new int[4];//用于存储'A','C','G','T'出现的次数
			int max=0;
			for(int j=0;j<m;j++){
				if(ch[j][i]=='A'){
					ACGT[0]=ACGT[0]+1;
				}if(ch[j][i]=='C'){
					ACGT[1]=ACGT[1]+1;
				}if(ch[j][i]=='G'){
					ACGT[2]=ACGT[2]+1;
				}if(ch[j][i]=='T'){
					ACGT[3]=ACGT[3]+1;
				}
			}
			max=Math.max(Math.max(ACGT[0], ACGT[1]), Math.max(ACGT[2], ACGT[3]));//得到出现次数最多的数,如果有次数相同,也得到该数
			sum+=m-max;//得到Hamming值
			boolean flag=true;//不重复找,浪费时间
			for(int k=0;k<4;k++){
				if(ACGT[k]==max&&flag){//找到该数对应的下标,因为是从小到大查找的,即使max是相同的数得到的,也符合字典序
					if(k==0){
						System.out.print('A');
						flag=false;
						continue;
					}if(k==1){
						System.out.print('C');
						flag=false;
						continue;
					}if(k==2){
						System.out.print('G');
						flag=false;
						continue;
					}if(k==3){
						System.out.print('T');
						flag=false;
						continue;
					}
				}
			}
			
		}
		System.out.println();
		System.out.println(sum);
	}
	}
}

这个题是我直接一次就AC了的,首先思想很重要,怎样得到一个序列使得全部的DNA序列的总Hamming距离最小,如果一个一个的试,肯定会超时,既然要最小那么就要每一位的Hamming最小,即就是欲得到的字符应该是所有的DNA序列的当前位的字符出现次数的字符,这样的Hamming就会最小,一个字符串都是这种方法得到的话,就会得到总Hamming距离最小.好了,得到了方法,就好处理了.如果是有相同次数的字符的话,也可以处理,具体的实现我写进代码了,我觉得还是挺巧妙的.