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RSS订阅原创 Aviary分箱cluster参数速查表
摘要：该工具用于对宏基因组组装基因组（MAGs）进行聚类和去冗余处理。主要参数包括输入目录（必填）、输出目录（默认当前目录）、ANI阈值（去冗余97%，预聚类95%）、质量过滤指标（完整度、污染度）、计算资源设置（线程8-16，内存250GB）等。支持多种预处理方法（dashing/finch）和数据库（GTDB等），可配置集群运行参数。工具基于Snakemake工作流实现，默认执行complete_cluster流程，提供环境构建、空跑检查等功能。
2025-09-06 12:08:01
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原创 Aviary分箱recover模块速查表
该速查表整理了recover模块的主要命令参数，分为输入序列、质控过滤、组装策略、分箱参数等功能类别。包含输入文件类型、质控阈值、组装方法选择、分箱参数设置等关键选项，并标注了默认值和可选范围。特别针对长读过滤、比对覆盖度、分箱工具选择等核心参数进行了详细说明，同时提供了跳过特定步骤的开关选项。此表可作为recover模块的快速参考指南，帮助用户高效配置分析流程。
2025-08-28 19:12:40
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原创 Aviary分箱【1】
Aviary是一款集成多种工具的宏基因组分箱软件，主要功能包括基因组组装、分箱和后处理。其recover功能支持混合组装，可处理长短读段数据，提供丰富的参数选项：输入数据类型(-1/-2/i/l等)、组装选项(如k-mer设置)、质量控制、contig过滤策略、分箱工具选择(默认含Rosella/MetaBAT等)，以及后处理评估(如CheckM2/GTDB)。用户可灵活配置计算资源(CPU/内存/GPU)和工作流控制(dry-run/清理中间文件等)。安装可通过GitHub获取，支持数据库下载功能。
2025-08-27 17:09:52
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原创 【病毒组tips】解决DeepVirFinder卡死/长时间长_2
在使用DeepvirFinder过程中，租赁的不同服务器上可能由于缓存空间/结构设计的不合理（主要还是设计的比较小）可能导致Deepvirfinder在/dev/shm中生成的执行文件累积过多，导致任务卡死。这就需要设计一个小的shell脚本每隔一段时间删除那些没有用的文件（当然，其他很多方式都可以达到目的，自己只会shell没办法）。另存为成一个sh文件，直接把他托管给screen就好了，这样的话就会每隔50分钟删除一下/dev/shm执行文件。
2025-01-08 10:33:47
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原创 【病毒组tips】在服务器上下载IMG/VR数据库
PS：服务器似乎不支持断点再续，和多线程下载，若网络问题重新下载需要删除源文件，建议白天下载，晚上下载速度较慢。4.可以对比一下MD5信息。
2025-01-08 10:29:08
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原创 【病毒组tips】解决DeepVirFinder卡死/运行时间长_1
解决在使用DeepVirFinder过程中所有进程cpu占用都是0但是进程仍然存在，也没有结果继续输出：主要原因是拼接后的序列过长（超过2 M）剩下事情就是将过滤出来比较大的contig拆成两个部分去跑，切记每个contig的长度要小于2M。
2025-01-08 10:27:56
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空空如也
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