(学习笔记)plink做逻辑回归

这篇博客介绍了如何利用PLINK工具进行基因关联研究。首先,通过wget下载并解压数据集,然后使用plink检查ped和map文件,接着将文本格式的ped文件转换为二进制bed文件。最后,运用plink的logistic选项执行逻辑回归分析,并查看关联结果。这是一个关于生物信息学和基因组学研究的基础教程。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

参考:

https://zhuanlan.zhihu.com/p/72490817?from_voters_page=true

 

一、准备数据集

wget http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/dist/example.zip
unzip example.zip
cd example/

检查ped文件和map文件的存在

plink --file wgas1

生成二进制的ped文件(fam bed bai)

plink --file wgas1 --make-bed --out wgas1

 

二、逻辑回归

plink --bfile  wgas1 --logistic
head plink.assoc.logistic

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