Function | analy |
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total_score | 总加权分数,分数越低,给定蛋白质的结构可能越稳定 |
fa_atr | 表示不同残基中原子之间的 Lennard-Jones 吸引力潜力的加权分数。这种分解有助于确定哪些能量项比其他能量项贡献更多,即蛋白质中发生了什么样的相互作用。Rosetta 预测残基间范德华力具有最大的稳定作用 ( -423.638) |
fa_sol | 溶剂化作用,具有最高的不稳定作用 ( 241.309) |
fa_rep | 不同残基原子之间的Lennard-Jones排斥,较大的fa_rep加权分数(即远大于 的稳定效果fa_atr)表明结构中存在冲突。当我们对未精制结构进行fa_rep评分时238.436,加权分数为,而在精制结构中则为49.117。约 200 REU 的减少表明改进减轻了原始 PDB 中存在的轻微冲突。 |
Function | analy |
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fa_atr | Lennard-Jones 在不同残基原子之间的吸引力 |
fa_rep | 不同残基原子间的 Lennard-Jones 排斥 |
fa_sol | Lazaridis-Karplus 溶剂化能,各向同性的溶解自由能, 假设一个原子周围的水分子是均匀分布状态,用于评估非极性原子 |
fa_intra_sol_xover4 | 残留内 Lazaridis-Karplus 溶剂化能 |
lk_ball_wtd | 不对称溶剂化能 |
fa_intra_rep | Lennard-Jones在同一残基中的原子之间排斥 |
fa_elec | 具有距离相关电介质的库仑静电势 |
pro_close | 脯氨酸闭环能和前一残基的 psi 角能量 |
hbond_sr_bb | Backbone-backbone hbonds 在主序列中关闭 |
hbond_lr_bb | Backbone-backbone hbonds 在一级序列中远离 |
hbond_bb_sc | 侧链主链氢键能 |
hbond_sc | 侧链-侧链氢键能 |
dslf_fa13 | 二硫化物几何势能 |
rama_prepro | Ramachandran 首选项(带有前脯氨酸位置和其他位置的单独查找表) |
omega | omega二面体在骨架上。标准偏差为~6 度的平面性谐波约束。 |
p_aa_pp | 氨基酸的概率,给定 phi 和 psi 的扭转值 |
fa_dun | 来自 Dunbrack 统计的侧链旋转异构体的内能 |
yhh_planarity | 使酪氨酸羟基保持在芳环平面内的特殊扭转电位 |
ref | 每个氨基酸的参考能量。平衡氨基酸项的内能。在设计中发挥作用。 |
METHOD_WEIGHTS | 不是能量项本身,而是参考能量项使用的每个氨基酸的参数。 |