生成PSSM矩阵

lengedd

于 2021-09-16 21:27:36 发布

阅读量291

点赞数

分类专栏：生物信息文章标签：线性代数

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/qq_39212193/article/details/120337871

版权

生物信息专栏收录该内容

12 篇文章

订阅专栏

该博客介绍了如何利用CD-HIT对fasta序列进行去冗余处理，生成cd90_trim_remove_gap系列文件。接着，使用makeblastdb创建数据库，并通过PSIBLAST进行多轮比对，输出ASCII格式的PSSM矩阵。整个流程对于生物信息学中的序列分析和蛋白质结构研究具有重要意义。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

cdhit90_muscle_trim_round2-remove-gap.fa为cdhit之后的fasta,也可以直接使用下载的fasta序列，无需cdhit,生成cd90_trim_remove_gap一系列文件

unbuntu@unbuntu-virtual-machine:~/1funclib/1gsk$ makeblastdb -in cdhit90_muscle_trim_round2-remove-gap.fa -dbtype prot -out cd90_trim_remove_gap

生成PSSM矩阵

unbuntu@unbuntu-virtual-machine:~/1funclib/1gsk$ psiblast -query 1gsk.fasta -db cd90_trim_remove_gap -out out_trim -num_iterations 3 -out_ascii_pssm cd90_trim_remove_gap_pssm