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RSS订阅原创 [Gromacs]Cluster 聚类解析：构象聚类方法、参数指南
本文基于GROMACS 2024文档，系统解析gmx cluster工具的聚类机制。该工具通过定义结构间距离（如RMSD或原子对距离），结合五种算法——单链接、Jarvis-Patrick、Monte Carlo、对角化及Gromos——实现构象分组。单链接易产生链式效应，而Jarvis-Patrick通过共享邻居约束提升簇质量；Monte Carlo用于平滑构象路径可视化；对角化则基于特征分解进行低维投影，揭示构象主变化。合理选择方法与参数可有效识别轨迹中的主要构象态，助力分子动力学分析。
2026-09-22 21:37:31
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原创 [PHP]轻量主题函数WordPress 集成 KaTeX 数学公式渲染
本文介绍在WordPress中本地部署KaTeX实现数学公式高效渲染的完整方案。相比MathJax，KaTeX同步渲染、体积小、无闪烁，适合数学博客。推荐本地部署以确保稳定性与速度。通过functions.php加载样式与脚本，利用正则提取$$...$$和$...$公式，保护代码块避免干扰，并在页面底部动态渲染。方案支持精确控制，兼顾性能与兼容性，是优化数学内容展示的理想选择。
2026-09-11 19:00:25
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原创 [Math]复合函数极限存在定理：单调连续函数反函数连续性定理推论
<think>我们首先需要理解用户请求。用户给出了一个很长的技术性文章，要求“根据以下内容，生成≤150字的文章摘要”。这本身是中文的指令。需要压缩为不超过150字的摘要。注意文章内容是关于数学分析中，严格单调连续函数的反函数连续性在数列极限中的应用，主要讨论在闭区间[-π/2,π/2]上，sin x_n极限存在可推出x_n极限存在，而cos x_n则不能，给出反例。摘要需要概括核心内容和结论。 需要不超过150字，要精炼。先构思摘要内容：文章通过严格单调连续函数必有连续反函数的定理，得到推论：若f严格单调
2026-09-08 22:05:47
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原创 [OpenSource]LabPress 正式开源：面向科研实验室的轻量内容管理系统
LabPress 这个项目旨在回馈科研社区，协助实验室免于建站事务之扰，专注于科学研究本身。若您正寻求一款轻量、灵活且学术友好的网站解决方案，欢迎下载试用并提供反馈。博客文章地址：https://blog.huimy.top/48/610.html。
2026-09-06 12:25:56
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原创 [Gromacs]核心性能梯度测试：GROMACS 多线程性能调优实验
<think>一篇关于GROMACS分子动力学模拟线程数测试的技术博客文章，核心是实验发现和结论。 需要抓住几个关键点：实验背景（线程数影响性能的疑问）、实验环境（Threadripper 5945WX 12核24线程 + RTX 4090）、测试范围（10-24线程）、核心结论（性能波动<3%，22线程最优但12线程几乎持平，24线程无额外提升）、原因分析（GPU瓶颈、超线程局限、通信开销），以及最终建议（预留约25%线程空间）。 字数限制150
2026-09-05 23:07:57
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原创 [Math]同余子列定理：数列子列收敛定理的推论
<think>我们只需要根据内容写一个≤150字的摘要。内容是关于数列极限中同余子列方法的介绍和应用。摘要要简洁概括主要要点。注意字数限制。我们将提取核心：同余子列判定定理，将数列按模m划分成有限个子列，若这些子列收敛于同一极限则原数列收敛；应用于判断收敛、递推数列、周期干扰，并提及并行计算。字数要控制。</think>本文介绍数列极限中同余子列方法：按模m将数列划分为有限个同余子列，若它们收敛于同一极限则原数列收敛。通过典型例题展示其在判断敛散性、处理递推及周期干扰中的应用，并提及该方法在并行计算中的潜在
2026-09-05 22:01:58
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原创 [Gromacs]双链蛋白动力学轨迹数据分析相关问题：残基缺失和轨迹、RMSD剧烈跳跃扰动
中。同理，ri 1-74 反而选择的是 A 链的前 74 个残基而非预期的 B 链。这直接导致了后续所有的分组分析都基于错误的残基集合，最终出现结构断裂和原子数异常的现象。 正确的分组策略 正确的做法是先通过 gmx check 或 gmx make_ndx 检查实际的残基索引范围，然后基于链标识符而非残基编号创建分组。或者更直接地，利用 chainid 参数创建链分组： gmx make_ndx -f md.tpr -o index_AB.ndx 这样创建的索引组 Chain_A 和 Chain_B 完全
2026-08-03 20:09:24
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原创 [MMPBSA]深入解读 gmx_MMPBSA 计算结果：从焓、熵到残基分解的结构化解析
文章摘要 gmx_MMPBSA计算结合自由能后，gmx_MMPBSA_ana会输出结构化的热力学结果，包括焓变(ΔH)、熵贡献(-TΔS)、结合自由能(ΔG)及残基能量分解。本文通过示例输入文件，解析了GB/PB模型的计算原理：GB模型通过近似公式高效计算极性溶剂化能，而PB模型则严格求解Poisson-Boltzmann方程但计算量较大。输入文件配置了力场参数、溶剂模型、能量分解等关键选项，展示了如何同时进行GB/PB计算并启用相互作用熵与残基分解功能，为分子相互作用研究提供全面的热力学分析框架。
2026-05-25 17:04:26
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原创 [Rosetta]在Ubuntu 22.04上用Docker安装Rosetta
在 Ubuntu 22.04 上安装 Docker 并配置权限。拉取 Rosetta 官方 Docker 镜像。挂载本地目录启动容器，实现文件互通。确认了 Rosetta 可执行文件的正确路径并验证版本。运行relax协议完成首个结构优化任务。Docker 化的 Rosetta 让你无需关心复杂的编译依赖，将精力专注于科学问题本身。现在，你可以自由探索 Rosetta 强大的功能库，开启你的计算结构生物学研究之旅！版权声明：本文为原创教程，基于作者实际部署经验整理。
2026-04-17 20:39:30
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原创 [DSSP]libdssp 健壮优化：异常错误处理与防御性的优化
摘要： 本文分析了libdssp库在蛋白质二级结构计算中的异常处理和线程安全问题。当传入非法参数（如min_poly_proline_stretch_length=4）时，CalculatePPHelices函数会抛出异常，而构造函数中的线程管理缺陷导致std::terminate()被触发。通过两个关键优化方案解决该问题：1）在dssp构造函数中增加异常捕获和线程安全处理机制；2）为CalculatePPHelices函数添加外层异常保护。这些修改显著提升了库的鲁棒性，确保程序在参数错误时能优雅处理异常而
2026-04-16 16:40:12
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原创 [GROMACS]Martini 粗粒化力场：粗粒生物大分子模拟原理
摘要 Martini粗粒化力场通过简化分子结构实现了计算效率与化学精度的平衡。文章系统介绍了Martini力场的发展历程，重点对比了Martini 2和Martini 3的关键差异。Martini 2采用18种珠子类型和简单的相互作用规则，虽广泛应用但存在分配行为失准、过粘性等问题。Martini 3通过彻底重构，将珠子类型扩展至29种，引入22级相互作用水平，采用平均直径交叉规则，显著改善了化学空间覆盖和热力学性质预测。特别在蛋白质建模方面，Martini 3解决了空腔干燥和柔性不足问题，使模拟结果更接近
2026-04-06 16:50:27
586
原创 [GROMACS]模拟数据分析前轨迹文件生成-轨迹预处理
本文介绍了GROMACS动力学模拟中轨迹预处理的三种核心方法及其适用场景：1）PBC跳跃消除（-pbc nojump）获得连续轨迹，适用于MSD、RDF等需要绝对坐标的分析；2）整体运动消除（-fit rot+trans）通过结构叠合固定蛋白质，适用于RMSD、RMSF等构象分析；3）可视化优化（-center）使分子居中便于展示。文章详细解析了各方法的命令参数、实现原理和注意事项，并强调应保留原始轨迹，针对不同分析需求生成专用预处理文件。预处理顺序应为先消除跳跃再叠合结构，确保数据分析的准确性。
2026-04-05 23:56:26
636
原创 [Conda]环境激活钩子作用与应用
本文介绍了如何利用Conda的激活钩子功能解决Linux环境下X11转发时的库路径问题。通过创建activate.d和deactivate.d目录下的脚本，可以在特定Conda环境激活时自动添加libxcb-cursor.so.0库路径到LD_LIBRARY_PATH变量，并在环境退出时清理该路径，避免全局污染。这种方法相比修改.bashrc更安全可靠，确保了环境隔离性。文章详细演示了脚本创建过程，包括激活脚本和可选的清理脚本编写，为管理Conda环境变量提供了规范化的解决方案。
2026-04-05 17:03:54
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原创 [GROMACS]氢键分析工具的版本迭代：“-life”等参数的消失
新版gmx hbond的-pf这会在输出文件中为每一帧创建一个独立的section，列出该帧存在的所有氢键对。然后，可以编写Python脚本（使用MDAnalysis或MDTraj）解析这些信息，构建氢键存在矩阵，计算自相关函数，从而得到氢键寿命。这种方法虽然需要编程，但给予了研究者更大的自由度——可以自定义寿命定义（连续性寿命vs间歇性寿命）、选择不同的拟合模型、灵活处理数据。
2026-03-07 10:13:36
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原创 [C语言]数组循环位移三种算法--实现与原理
我们可以对比一下这三种算法的优劣，在实际应用中选择合适的算法，三次反转法是最推荐实际应用的算法。算法名称时间复杂度空间复杂度思路简述优点缺点暴力法Op⋅nOp⋅n，最坏On2O(n^2)On2O1O(1)O1重复执行p1p+1p1次单步左移：保存首个元素，其余元素前移，再将保存元素放末尾思路最直观，易于理解和实现效率低，大量重复移动，适合小规模数据临时数组法OnO(n)OnOpO(p)Op或OnO(n)On用临时数组保存前。
2026-02-28 01:13:17
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原创 Linux安装多个版本的动力学模拟Gromacs工具
由于gromacs动力学模拟工具无法向上兼容，当遇到版本问题时，我们需要在Linux环境下面安装多个版本的gromacs进行动力学模拟。首先我的Linux系统上已经安装了25版本的gromacs，我继续安装24版本的gromacs，其实就是所谓安装了两个不同的工具，本质是一样的。我们首先进行安装其他版本的gromacs，建议在conda环境下创建虚拟环境，搭建gromacs的构建环境。确保环境不会发生冲突。
2026-02-08 22:00:46
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原创 WGCNA分析-生物信息学机器学习研究方法
WGCNA（加权基因共表达网络分析）是一种用于识别协同表达基因模块的分析方法，通过构建基因相关性网络来研究基因与表型的关联。其核心原理包括：1）计算基因表达相关性矩阵；2）构建无尺度网络（服从幂律分布），而非随机网络；3）采用软阈值（相关系数加权）而非硬阈值，通过幂次运算放大强相关基因对。关键步骤是选择合适的软阈值（Power值），需结合无尺度拓扑拟合度（R²趋近1）和平均连接度（不过低）两个指标综合判断。该方法能有效识别网络中起枢纽作用的核心基因。
2026-01-16 11:06:27
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原创 [C++高性能计算]-CPU加速运算-CUDA程序基础例程
GPU加速计算的基本原理与应用场景，重点分析了CUDA框架在科学计算中的优势。文章首先通过带宽和计算速度对比CPU与GPU的性能差异，指出GPU在大规模数据计算中的显著优势。随后详细讲解了CUDA编程的核心方法，包括核函数构建、内存操作(cudaMalloc/cudaMemcpy)以及错误处理机制，并提供了一个完整的加法核函数实现示例。通过具体代码演示了从GPU内存申请、核函数调用到结果回传的完整流程，为科学计算领域的GPU加速应用提供了实用指导。
2026-01-16 10:46:57
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原创 [C++高性能计算]-牛顿冷却定律模拟物理冷却过程
本文介绍了基于牛顿冷却定律的物体温度模拟实现。通过欧拉法离散化微分方程，使用C++实现了三个物体在环境温度20°C下的冷却过程，冷却系数为0.5。采用lambda函数封装冷却计算逻辑，利用std::transform进行迭代计算，展示了三次迭代后的温度变化结果（42→31→25.5，24→22→21，50→35→27.5）。该实现为后续大规模物体模拟（超过1亿个）的CUDA并行计算优化奠定了基础，完整代码展示了温度模拟的核心计算流程。
2025-12-17 13:32:05
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原创 C语言-结构体-学生成绩录入-scanf_s（）字符串输入缓存区参数问题
在学习结构体时候，在给其赋值时突然报错，详细看是scanf_s()报错了，我们来看一下是什么原因，下面是原始报错代码int sorce1;int sorce2;int sorce3;}Student;int n = 0;i < n;i++) {
2025-12-10 22:48:07
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原创 VScode中C语言的环境搭建（详细）
VScode 安装下载–VScode环境的准备–Msys2的安装下载–Msys2的内gcc等环境的下载–环境的链接。
2024-08-17 17:22:52
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原创 还不会邮箱模板回复？博客实现评论回复邮箱提醒[WordPress]
网上有很多种邮箱提醒的实例，这里使用用户点击选框允许接收邮箱提醒的一种。并且回复内容为网页模板内容。当然你可以不选择网页内容采用普通文字但过于简陋。
2023-08-03 09:34:51
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原创 Python类和类的实例化和构造器
类：用来描述具有相同的属性和方法的对象的集合。它定义了该集合中每个对象所共有的属性和方法。对象是类的实例。方法：在类中的函数类的构造init(): 构造函数，用来构造一个类实例变量：在类中，属性是用类来表示的，实例变量就是一个类中实例化后的变量实例化：创建类的对象
2023-08-02 17:08:49
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原创 出现504怎么办？由于服务器更新导致的博客报504错误[详细记录]
这次采坑实属是由于以前的疏忽和草率导致的。1在网页出现504首先先去看看有没有更换dns解析地址2其次看看有没有网页中ip地址需要更换3.在写代码是，若本地地址，最好直接127.0.0.1避免后续维护到处更改ip地址！一个热爱且文学式程序猿的博客里面有更多精彩内容HUIMY博客http本文链接httphttpshttpshttpshttpshttps。...
2022-07-28 15:44:39
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原创 如何在Entware的linux环境中运行Python脚本
在一个功耗小的Entwareliunx机器上运行python脚本，一直都有这个想法，用py脚本挂在entwome上定期爬取或执行此任务获取服条器状态，进行服务器监控，定期备份下载之类的功能。
2022-07-26 23:13:52
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原创 [第二章 基因和染色体的关系]生物知识概括–高一生物
### 第二章 基因和染色体的关系#### 第1节 减数分裂和受精作用一、减数分裂的概念减数分裂：进行有性生殖的生物形成生殖细胞过程中所特有的细胞分裂方式。在减数分裂过程中，染色体只复制一次，而细胞连续分裂两次，新产生的生殖细胞中的染色体数目比体细胞减少一半。【注】体细胞主要通过有丝分裂产生，有丝分裂过程中，染色体复制一次，细胞分裂一次，新产生的细胞中的染色体数目与体细胞相同。二、减数分裂的过程...
2022-06-08 08:45:24
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原创 [第一章 遗传因子的发现]生物知识概括--高一生物
第一章遗传因子的发现一、相对性状性状：生物体所表现出来的的形态特征、生理生化特征或行为方式等。相对性状：同一种生物的同一种性状的不同表现类型。1、显性性状与隐性性状显性性状：具有相对性状的两个亲本杂交，F1表现出来的性状。隐性性状：具有相对性状的两个亲本杂交，F1没有表现出来的性状。【附】性状分离：在杂种后代中出现不同于亲本性状的现象。2、显性基因与隐性基因显性基因：控制显性性状的基因。隐性基因：控制隐性性状的基因。
2022-05-15 18:23:47
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原创 编程理念-程序基本编写IPO方法
每一套程序都有一个统一的构架模式，即数据输入，数据处理，数据输出，这三种模式便称之IPO(input,process,output) 第例如每种软软件，操作系统，都要输入数据（键鼠），处理（数字处理，信息转化）输出(显示器，投影)输入一般及时程序的开始，程序需要处理的数据来源(1)文件输入：将文件作为程序输入来源。在获得文件控制权后，需要根据文 被件格式解析内部具体数据。例如，统计Excel文件数据的数量，需要首先获得 Excel文件的控制权，打开文件后根据Excel中数据存储方式获得所需处理的数
2022-03-27 08:30:00
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原创 二分查找算法原理与图示【算法图解】
引言为了得更好更优越的远行性能与减少操所需要的时间，才廷生出一种，优越的查找算法-----二分查找。二分查找即一种算法，接受输入有序元素列表和所找元素，若所找无素包含在有序列表中，即返回位置，反之则返回null例如你在一家网站平台登录，在输入用名时，要在服务器查找相应信息、如果这家网站用户量10万，需在10万中查找，可根据用户名首字母排序，从26字母中间查找开始，相比从头开始，要省去一半的查找量，有一组有序数列包含100个 元素，二分查找与简单查找我想查找1~100个数字中任意一个元素数字所在位
2022-03-25 21:25:33
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原创 PHP与MySql数据库交互方法
动态网站的搭建必然需要与数据库的交互，在搭建博客的时候，我需要用到PHP与mysql的交互来实现提交表单的功能。这里以一个实例加讲解来记录一下！配置MySQL数据库在连接数据库之前，现在数据库上面增加一个用户用来连接，当然，在测试情况下你也可以选择使用root用户直接连接，在实际应用中，不推荐使用root直接连接，可能会造成难以估量的安全问题。
2022-03-14 13:08:05
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原创 html页面如何不同设备自适应缩放比例
在网页的中增加以上这句话，可以让网页的宽度自动适应手机屏幕的宽度其中：width=device-width ：表示宽度是设备屏幕的宽度height=device-height ：表示宽度是设备屏幕的宽度initial-scale=1.0：表示初始的缩放比例(初始规模为1.0倍，即原始大小)minimum-scale=0.5：表示最小的缩放比例maximum-scale=2.0：表示最大的缩放比例user-scalable=yes或者1：表示用户是否可以调整缩放比例(no或者0：表示不可调整缩.
2022-03-14 12:12:39
6426
原创 log4j2漏洞分析，解决方案
于2021年12月10日，工业和信息化部网络安全威胁和漏洞信息共享平台收到有关网络安全专业机构报告，apache Log4j组件存在严重安全漏洞。全球大约70%的企业和网站将会受到此漏洞的影响，受到攻击，且此漏洞触发频繁、攻击难度低，因此log4j被媒体称为核弹级别漏洞
2021-12-18 14:32:34
947
原创 Voice meter 下载与安装
Voice meter是一款国外的强大混音软件，还可以用于虚拟声卡搭建机架使用（详细机架搭配voice meeter请看博主详细帖子 地址:0000000000000）下载地址可去官网下载：www.vb-audio.com由于是国外网站加载可能会有点慢进入官网后，我们选择audio apps然后会出现以下界面其中有几个版本供我们选择1.voice meeter这个为基础版，这个偏向于平时用来听听音乐，语音聊天之类的小伙伴，如若专业则需要更高版本2.voice meter banana这个为中级版，
2021-11-27 10:40:15
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原创 MySQL数据库导入报错 Unknown collation: utf8mb4_unicode_520_ci 的解决办法
导入mysql出现xxxx错误这个错误一般是数据库版本不同，导致编码不同出现问题假如高版本的5.6导入低版本的5.1时候就会存在兼容问题因为utf-8mb4需要在5.5以上版本，5.1就不兼容首先有两个解决办法其一就是在导出时候注意兼容性问题其二就是修改.sql文件内的内容最近在网站搬至阿里云服务器时，在数据库导入的时候，突然提示Unknown collation: utf8mb4_unicode_520_ci 的错误，顿时一阵懵，心想数据库完了，不就啥也完了！！在网上搜寻了不少资料后，发现是m
2021-09-02 12:36:04
2117
原创 如何解决phpmyadmin提示在服务上检测到错误
如图，最近服务器上的PHPmyadmin在导出数据库时突然提示在服务上检测到错误，请查看此窗口底部。首先说一下原因，这个可能是PHP版本与phpmyadmin不兼容，或者不同所导致的，解决方法有两个其一首先是更换PHP版本，根据PHPmyadmin官方显示版本兼容phpmyadmin 4.0 支持 PHP 5.2——5.4，phpmyadmin 4.9 支持 PHP 5.5——7.0，phpmyadmin 5.0 支持 PHP 7.1 及以上版本。查看自己的PHPmyadmin的版本与P.
2021-09-02 11:54:17
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原创 初升高衔接数学，绝对值问题.
首先进行一下初中知识回忆，对高中的知识理解有帮助初中知识回忆绝对值的代数意义：正数的绝对值是它本身，0的绝对值是0，即|a|=a（a>0）|a|=0（a=0）|a|=-a（a<0）绝对值的几何意义：即一个数的绝对值到数轴上表示它到原点的距离，两点间差：|a-b|即表示a到b在数轴上的距离.绝对值的性质性质：（1）|al≥0 |al≥a |al≥-a（2）若|al=|bl 则b=a或 b=-a.（3）.若a>b>0时.则|a|>|bl.
2021-08-27 21:54:37
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原创 安卓系统或安卓机顶盒如何安装entware来搭建liunx系统环境
家里一直闲置着一些宽带送的机顶盒，是安卓4.2.2版本的系统，好多软件无法适配，所有打算给盒子刷上entware当做小型家用服务器使用，装上entware后，基本上算是给安卓系统搭建了一个liunx系统何为EntwareEntware 是一个适用于嵌入式系统的软件包库，使用 opkg 包管理系统进行管理，现在在官方的源上已经有超过2000个软件包了，可以说是非常的丰富，其实和liunx差不多安装条件安装Entware前首先需要一些liunx基础，了解一些liunx命令，运维起来还需要一些开发语言的知
2021-08-27 21:44:41
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原创 PHP开发学习笔记[1.PHP的认识与语法]--基础篇
PHP开发学习笔记[1.PHP的认识与语法]–基础篇 最近整理资料时，突然发现前年的PHP开发学习笔记，因此与各位分享交流，都是些我略陈固陋的见解，若有不足或错误之处还请指正！ 这是一些偏向基础的知识，如需深入学习还请查阅相关书籍，例如Luke Weling和Laura Thomson所著的《PHP and MySQL web Development》(PHP和MySQL web开发)等等书籍1.认识PHP 1.认识PHP>wikipedia介绍:
2021-08-19 13:23:04
280
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2022-01-26
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