1.1 U-Net 先验知识补充
Padding
卷积操作存在两个问题:
-
图像越来越小
-
图像边界信息丢失,即有些图像角落和边界的信息发挥作用较少
因此需要padding -
padding的操作就是再图像块的周围加上格子,从而使得图像经过卷积过后大小不会变化,这种操作是使图像的边缘数据也能被利用到,这样才能更好地扩张整张图像的边缘特征
-
padding是在卷积之前补0
-
padding补0的策略是四周都补,如果padding=1,那么就在原来输入层的基础上,上下左右各补一行
-
padding的用途:保持边界信息,可以对有差异的图片进行补齐,使得图像输入大小一致
卷积的三种模式
- full:从卷积核和image刚开始相交就进行卷积
- same:当卷积核的中心和image的边角重合时,开始做卷积运算,此时的filter范围比full模式小了一圈,卷积过后输出的feature map尺寸与原图像的大小一致
- valid:卷积核全部在image中间的时候,进行卷积运算,filter的移动范围更小
1.2 U-Net算法架构
详见论文呢
1.3 U-Net的输入和输出
医学图像一般相当大,但分割时候不可能将原图大小输入网络,所以必须切成一张一张的小patch,在切成小patch的时候,Unet由于网络结构原因适合有overlap(镜像翻转)的切图。
1.4 损失函数-加权损失
加权损失。d1(x)表示图中某一背景像素点到离这个点最近的细胞边界的距离,d2(x)表示离这个像素点第二近的细胞距离。即在细胞边界附近的像素点给的权重会大一些,离细胞比较远的像素点的权重会小一些。
如果同类细胞贴的比较近,可能就会增大训练的难度,减少准确率,毕竟卷积会考虑该像素点周围的一些特征,而两个相同的类的细胞贴在一起,就容易误判,所以对这种两个相同类贴在一起的细胞边界,给予较大的权重,使得训练之后分割更准确
1.5 医学分割指标
Pixel error:评估图像分割问题最简单的方法,比较预测的label和实际的label,错误的点除以总数,就是像素误差
Rand error:兰德指数是两个聚类的相似性评价方法,改造之后用来衡量分割性能,给定一张图片S,有n个像素点,同时有两个分割X和Y(实际和预测)
a: 两个分割中同属于一个聚类的像素点数量
b:两个分割中都不属于一个聚类的像素点数量
RI是用来衡量相似度的,越高越好,和误差相反,兰德误差如下:
R
E
=
1
−
R
I
RE=1-RI
RE=1−RI
R
a
n
d
i
n
d
e
x
=
R
I
=
a
+
b
C
n
2
Rand index=RI=\frac{a+b}{C_n^2}
Randindex=RI=Cn2a+b
Warping error:主要来衡量分割目标的拓扑形状效果。给定候选标注T(预测值)和参考标注L(实际值)的warping error 可以人为是L对于T最好的汉明距离