下载骨科数据集OAI

看之前其他人的经验没能成功下载,折腾了几天,终于开始下载OAI数据集了。这是通过咨询官方help deck解决的。

没有账号的话先注册后登录。

点击上面的OAI图标:

 

点击Images:

 

点 OAI Image Dashboard

左边下拉框先选择All Data Packages,然后再右侧的Actions中勾选共享数据Shared Package中的“Add to My Data Packages”,之后在“My Data Packages”中就有加到自己的数据包中的数据ID,这个ID将用于后续的下载。(添加后建议间隔十秒后刷新页面,出来的快点)

 

 

  •  注意,官方提供的,也就是上图中的黄框选项“Download Manager”实测没用,问了官方说是有bug还没修复。我们用他们给的另一种方法下载。
  1. 在有python的机器上安装nda-tools。(https://github.com/NDAR/nda-tools
  2. 用该工具配合上述加入包中的id进行下载。(package-id即为上文提到的包id)
pip install nda-tools
downloadcmd -dp <package-id>
  •  我在控制台中执行下载命令出现了报错:

  • 咨询后是密钥环的原因,在下载之前执行以下命令就OK了。
export PYTHON_KEYRING_BACKEND=keyring.backends.null.Keyring

### 骨科医学图像分割数据集 对于骨科医学图像分割的任务,多个公开可用的数据集能够支持机器学习和人工智能训练的需求。这些数据集提供了不同类型的骨骼影像资料,有助于开发更精确的诊断工具。 #### 常见的骨科医学图像分割数据集 1. **BoneXpert Dataset** 这一数据集专注于儿童手部X光片中的骨骼年龄评估。尽管主要目标不是分割,但该数据集中包含了详细的标注信息,可用于研究目的下的分割任务[^1]。 2. **RSNA Bone Age Challenge Data Set** RSNA提供的这一竞赛数据集不仅涵盖了大量高质量的手腕X射线图像及其对应的骨骼成熟度标签,还附带了部分手动勾勒的轮廓标记,非常适合用来探索自动化的骨骼结构识别方法。 3. **Osteoarthritis Initiative (OAI)** OAI是一个大型纵向研究计划的一部分,旨在收集有关膝关节炎进展的信息。此数据库内含丰富的MRI扫描文件以及专业的临床评价记录,特别是针对软骨损伤程度进行了细致描绘,这使得它成为理想的膝盖部位骨病分析资源库之一。 4. **Medical Segmentation Decathlon (MSD) Task07 - Pancreas** 虽然名称提到的是胰腺,但实际上该项目也涉及到了脊柱区域的相关病变检测工作,因此同样适用于某些特定类型的骨科应用场合。此外,整个Decathlon系列都强调跨机构间协作共享精神,在这里可以获得标准化处理后的多源异构型医疗成像素材集合。 5. **DeepLesion Dataset from NIH Clinical Center** 来自美国国立卫生研究院(NIH)临床中心发布的DeepLesion数据集则更为广泛地覆盖了全身各处可能出现异常情况的位置,其中自然也包括了大量的骨折、肿瘤等影响到骨头健康的病例实例。每张CT切片均配有专家级医师审定过的边界框位置指示,便于开展深入的学习实验活动。 为了更好地利用上述任何一个或几个组合起来构建有效的深度神经网络架构来进行精准预测,建议采用迁移学习策略并借助专门面向医学生物信号处理优化设计好的框架如MONAI来加速原型验证过程[^2]。 ```python import monai from monai.transforms import LoadImage, EnsureChannelFirst, ScaleIntensityRange, Resized # 定义加载器和其他必要的预处理变换操作 loader = LoadImage(image_only=True) preprocess = Compose([ loader, EnsureChannelFirst(), ScaleIntensityRange(a_min=-1000, a_max=1900, b_min=0.0, b_max=1.0), Resized(spatial_size=(128, 128)) ]) ```
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