【2】NIFTI图像格式

【1】格式介绍

.nii文件是NIFTI格式的文件，出现的原因是原来一种图像格式是ANALYZE 7.5 format，但是这个图像格式缺少一些信息，比如没有方向信息，病人的左右方位等，如果需要包括额外的信息，就需要一个额外的文件，比如ANALYZE7.5就需要一对<.hdr, .img>文件来保存图像的完整信息。因此，解决这个问题Data Format Working Group (DFWG) 将图像格式完整的定义为NIFTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）格式。标准NIFTI图像的扩展名是.nii，也包含了头文件及图像资料。由于NIFTI格式和Analyze格式的关系，因此NIFTI格式也可使用独立的图像文件（.img）和头文件（.hdr）。单独的.nii格式文件的优势就是可以使用标准的压缩软件（如gzip）进行压缩，而且一些分析软件包（比如FSL）可以直接读取和写入压缩的.nii文件（扩展名为.nii.gz）。

【2】读取显示

#!/usr/bin/env python
# -*- encoding: utf-8 -*-
'''
@File    :   test10.py
@Time    :   2021/04/30 17:56:59
@Author  :   Jian Song 
@Contact :   1248975661@qq.com
@Desc    :   None
'''

# here put the import lib

import SimpleITK as itk 
from matplotlib import pyplot as plt 

'''

 SimpleIKT 读取数据
需要注意，SimpleIKT读取出来的图片的维度顺序与NiBabel 不同
https://blog.youkuaiyun.com/Emily_Buffy/article/details/104879558?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-baidujs_title-1&spm=1001.2101.3001.4242
'''
def show_nii(img):
    num=1
    for i in range(0,img.shape[0],10):
        plt.imshow(img[i,:,:],cmap='gray')
        plt.subplot(4,6,num)
        num+=1
        
itk_img=itk.ReadImage('F:\\mediacldata\\Pancreasimages\\Pancreas-CT\\data\\PANCREAS_0001.nii.gz')
img=itk.GetArrayFromImage(itk_img)
print(img.shape) #(144, 192, 160) 
show_nii(img)
plt.show()

【3】参考文献
python ,matlab 读取NIFTI(.nii)格式图像、FSL安装

如何读取NIFTI格式图像（.nii文件）

.nii详细介绍：https://brainder.org/2012/09/23/the-nifti-file-format/?blogsub=confirming#subscribe-blog