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原创 MedNeXt复现

GitHub地址：https://github.com/MIC-DKFZ/MedNeXt提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考。

2025-02-20 16:50:02 1125 8

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qq_26113781

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浮生若影399: 真的更新了吗？
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qq_26113781: 看上去是自动划分数据集那部分代码运行出了问题，检查一下你自己的splits_final.pkl文件？
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Cjx2931712301: 博主请问，在输入mednextv1_plan_and_preprocess -t YOUR_TASK -pl3d ExperimentPlanner3D_v21_customTargetSpacing_1x1x1后，报错Traceback (most recent call last): File "/home/dell/.conda/envs/MedNeXt/bin/mednextv1_plan_and_preprocess", line 33, in <module> sys.exit(load_entry_point('mednextv1', 'console_scripts', 'mednextv1_plan_and_preprocess')()) File "/media/Data/cjx/MedNeXt/nnunet_mednext/experiment_planning/nnUNet_plan_and_preprocess.py", line 107, in main crop(task_name, False, tf) File "/media/Data/cjx/MedNeXt/nnunet_mednext/experiment_planning/utils.py", line 131, in crop lists, _ = create_lists_from_splitted_dataset(splitted_4d_output_dir_task) File "/media/Data/cjx/MedNeXt/nnunet_mednext/experiment_planning/utils.py", line 88, in create_lists_from_splitted_dataset training_files = d['training'] KeyError: 'training' 是怎么回事啊
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qq_26113781: patient098_frame09.nii.gz这个文件有问题吧，剔除这个病人的数据，看看其他的有没有相同的报错
MedNeXt复现
sjr6435: 运行mednextv1_plan_and_preprocess时出现各种问题，一个是 NiftiImageIO (000002278344A680): D:\desktop\paper\mednext\datasets\nnUNet_raw_data\Task027_ACDC\labelsTr\patient098_frame09.nii.gz has unexpected scales in sform File "d:\desktop\paper\mednext\nnunet_mednext\experiment_planning\nnUNet_plan_and_preprocess.py", line 159, in main exp_planner.plan_experiment() File "d:\desktop\paper\mednext\nnunet_mednext\experiment_planning\experiment_planner_baseline_3DUNet.py", line 266, in plan_experiment median_shape = np.median(np.vstack(new_shapes), 0) File "<__array_function__ internals>", line 200, in vstack File "D:\anaconda3\envs\mednext\lib\site-packages\numpy\core\shape_base.py", line 296, in vstack return _nx.concatenate(arrs, 0, dtype=dtype, casting=casting) File "<__array_function__ internals>", line 200, in concatenate ValueError: need at least one array to concatenate 不知道咋整

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