DBCO-PEG-Benzaldehyde | DBCO-PEG-聚乙二醇-苯甲醛 | 二苯基环辛炔-聚乙二醇苯甲醛

DBCO(二苯并环辛炔)是一种用于无铜点击化学的试剂,专对含叠氮化物的分子反应。DBCO-PEG-苯甲醛是其一种形式,分子量可定制,适用于各种有机溶剂。该物质需在-20°C下避光避湿储存,注意干燥处理。相关产品包括各种DBCO衍生物,如DBCO-苯甲醛、DBCO-PEG7-二茂铁等,广泛应用于化学合成和生物标记等领域。

描述:DBCO (二苯并环辛炔)是一种常用的无铜点击化学试剂,对含叠氮化物(-N3)的分子具有特异的反应性。   

英文名:DBCO-PEG-Benzaldehyde

 中文名:DBCO-PEG-聚乙二醇-苯甲醛

    二苯基环辛炔-聚乙二醇苯甲醛

分子量:1k,2k,3.4k,5k,10k,20k(可按需定制)

质量控制:95%+

存储条件:-20°C,避光,避湿

外 观:粘稠液体或者固体粉末,取决于分子量

注意事项 取用一定要干燥,避免频繁的溶解和冻干

溶解性:溶于大部分有机溶剂,如:DCM、DMF、DMSO、THF等等。在水中有很好的溶解性

 

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DBCO-DO3A  

以上来自小编zyl2022.7.18

2. 理论建模与方法 2.1 君臣佐使数学化模型 必须解释的两大问题 问题1:为什么α君=3.0不是2.5或4.0? 问题2:函数为何采用加权平均而非简单加和? 2.1.1 权重函数构建与系数设定依据 君臣佐使原则是中药复方配伍的核心理论基础,但传统应用主要依赖经验判断。本研究首次提出量化权重函数,将这一原则转化为可计算的数学表达式: 其中Ci表示各成分浓度,αi为君臣佐使权重系数。系数的设定基于双重验证: 古籍方剂分析:通过对《伤寒论》等经典中100首方剂的统计分析,发现君药平均剂量占比为58.7±12.3%,与α君=3.0的权重比例(3.0/(3.0+2.0+1.0)=50%)高度吻合,且符合“君药为主”的传统原则。 现代药效学验证:以延胡索乙素(君药)与黄芩苷(佐使药)的镇痛协同效应为例,实验测得EC50比值为2.8:1,接近α君/α佐使=3.0/1.0的设定。分子对接模拟进一步表明,君药成分与核心靶点(如TRPV1)的结合能显著低于臣佐药(平均-8.2 vs -5.6 kcal/mol),印证其主导地位。 表1 权重系数设定依据及功能验证 系数 古籍依据 实验验证 功能影响 α君=3.0 《伤寒论》君药平均占比58.7% 延胡索乙素EC50=0.28μM 主导药效活性(>70%) α臣=2.0 臣药辅助增效记载率89% 川芎嗪协同指数Δ=0.71 增强君药靶向性 α佐使=1.0 佐使药占比<25% 黄芩苷logP=2.1(促渗透) 提升生物利用度 该函数通过微分约束确保君药在配方中的主导性,解决了传统纳米乳中臣佐药过量导致的载药失衡问题(如川芎嗪载量>4.1 mg/mL时细胞毒性增加38%) 2.2 深度生成模型架构 2.2.1 GNN预测模块:多模态特征融合 本模块采用图神经网络(Graph Neural Network, GNN)架构,实现中药分子特征与载体参数的协同建模。模型包含以下核心组件: 输入层: 分子图表示:以图结构 $\mathcal{G} = (\mathcal{V}, \mathcal{E})$ 表示中药化学成分,其中节点 $v_i \in \mathcal{V}$ 编码原子属性(原子类型、电荷、杂化状态),边 $e_{ij} \in \mathcal{E}$ 编码化学键信息(键类型、键长、空间构型) 载体参数:包含亲水亲油平衡值(HLB, Griffin法计算)、粒径分布(50-100 nm)及Zeta电位(绝对值>30 mV),经全连接层压缩为64维特征向量。 图卷积运算: 采用消息传递机制更新节点特征: 其中 $\sigma$ 为ReLU激活函数,$\mathcal{N}(i)$ 为邻居节点集合,$W^{(l)}$ 为第 $l$ 层可训练权重矩阵。堆叠3层图卷积(每层128单元)后,通过全局平均池化获得分子图嵌入 $\mathbf{g} \in \mathbb{R}^{128}$。 其中\in \R128第i个原子的特征向量,g是分子图的嵌入表示(graph embedding),它是通过GNN处理分子图后得到的特征向量。 多模态融合与输出: 分子图嵌入 $\mathbf{g}$ 与载体参数嵌入 $\mathbf{c}$ 拼接为融合特征 $\mathbf{f} = [\mathbf{g}; \mathbf{c}] \in \mathbb{R}^{192}$。 经全连接层(64单元)输出标量载药量预测值 $\hat{y}_{\text{loading}}$,损失函数采用平均绝对误差(MAE): 君臣分类头:经softmax层输出3维概率分布 $\hat{\mathbf{p}} = [p_{\text{君}}, p_{\text{臣}}, p_{\text{佐使}}]$,采用加权交叉熵损失: 其中 $\alpha = [3.0, 2.0, 1.0]$ 强化君药分类准确性 2.2.2 GAN生成模块 本模块构建条件生成对抗网络(Conditional GAN),创新性集成中医配伍规则约束。 生成器(Transformer-Decoder): 条件向量:证型标志物(如"气滞血瘀"→[TNF-α↓, VEGF↓])与君臣权重 $\alpha_{\text{JCZS}} = [3.0, 2.0, 1.0]$ 拼接为条件向量 $\mathbf{c}_{\text{cond}} \in \mathbb{R}^{13}$。 分子生成:噪声向量 $\mathbf{z} \sim \mathcal{N}(0, 1)$ 与 $\mathbf{c}_{\text{cond}}$ 输入8层Transformer解码器,自回归生成SMILES序列: 输出经Softmax层得到字符概率分布,经Beam Search(beam width=5)生成候选分子。 判别器创新设计: 分子图特征提取:3层图卷积网络(GCN)共享GNN模块权重,输出分子对特征 $\mathbf{d}_{\text{pair}} \in \mathbb{R}^{256}$。 君臣权重合规检测: 对抗损失:最终判别器输出为: 其中 $\sigma$ 为sigmoid函数,$\mathbf{d}$ 为传统判别特征。 2.3 实验验证设计 2.3.1 数据集构建与预处理 中药成分数据集: 来源:标书数据库+TCMD中药化学数据库(23,033种化合物) 规模:200种中药活性成分 分子描述符: 一维:分子量、log P(油水分配系数) 二维:氢键供/受体数、拓扑极性表面积 三维:分子能垒、范德华体积 注:log P计算采用XLOGP3方法,与ETCM数据库一致 纳米乳配方数据集: 正样本(n=12):文献验证的高效配方(如盐酸小檗碱NE3、水飞蓟素NE6) 特征:粒径(48.2-257nm)、PDI(0.15-0.25)、载药量(0.83-3.90mg/g) 数据增强:通过微流控芯片生成50组补充数据 表3 数据集组成与来源 数据类型 样本量 特征维度 来源 中药成分 200 32 (分子描述符) TCMD数据库 纳米乳配方 15 8 (粒径/PDI/Zeta等) 文献+标书实验 证型-标志物 6类 10 (细胞因子/蛋白) ETCM数据库 2.3.2 对比方法与评价指标 传统方法选择依据: 1、单纯形格子设计(Simplex Lattice Design): 原理:在伪三元相图中优化油相/表面活性剂/水相比例 参数:采用Design Expert 8.06软件,约束条件为粒径<100nm、PDI<0.3 局限性:需6轮正交实验(平均耗时42天),且难以处理多组分协同 2、随机森林回归(Random Forest Regression): 输入:与GNN相同的分子描述符 参数:n_estimators=200, max_depth=10 对比意义:评估图结构特征的价值 评价指标体系: 1、配伍合规性: 君臣权重偏离度:$\delta = |W_{JCZS}-2.5|$ (目标值2.5) 2、生成效率: 配方生成速度(分子/分钟) 实验验证周期(小时/轮次) 总结:本实验设计采用五折交叉验证,以p<0.05为显著性阈值,所有计算在NVIDIA V100 GPU上实现。通过将传统君臣佐使理论转化为可计算的数学模型,结合深度学习与规则约束,本实验设计为中药纳米乳设计提供了标准化、高通量的研究范式。后续实验将验证其在复杂复方体系中的适用性。 我想得到3.1 模型性能验证 表1展示了本研究所提出的君臣佐使引导深度生成模型(JCZS-DGM)与传统机器学习方法的性能对比。实验采用五折交叉验证(n = 30),所有数据以均值±标准差表示: 评价指标 JCZS-DGM 随机森林 提升率 统计显著性 载药量预测MAE (mg/mL) 0.23 ± 0.05 0.51 ± 0.12 54.9% ↓ p < 0.001*** 君臣分类准确率 (%) 96.20 ± 1.35 82.70 ± 3.21 16.3% ↑ p = 0.002** 生成速度 (分子/分钟) 31.4 ± 2.1 22.0 ± 3.5 42.7% ↑ p < 0.001*** 注:p < 0.01,*:p < 0.001(双样本t检验) 在载药量预测方面,JCZS-DGM模型的平均绝对误差(MAE)显著低于随机森林模型(0.23 ± 0.05 vs. 0.51 ± 0.12 mg/mL; p < 0.001)。这一提升主要归因于图神经网络对分子空间拓扑特征的有效提取。典型案例分析显示,对于具有复杂状结构的黄芩苷,JCZS-DGM的预测误差(0.19 mg/mL)显著低于随机森林(0.68 mg/mL),表明三维结构信息对载药量预测至关重要。 在君臣佐使分类任务中,JCZS-DGM达到96.20 ± 1.35%的准确率(p = 0.002)。误差分析表明,7个误判案例均发生在佐使药与臣药之间(佐使药→臣药),其中5例涉及具有强透皮促渗作用的佐使药(如冰片)。这表明传统君臣佐使分类标准在功能边界上存在模糊性,未来研究需结合药效动力学参数进一步优化分类准则。 现在有.smi文件,应该怎么做
08-27
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