Linux 软件安装时--prefix选项的作…

prefix

编辑本段linux下源码安装软件的一个选项

  linux安装 软件采用源码安装灵活自由,适用于不同的平台,维护也十分方便。
  源码的安装一般由3个步骤组成:
  配置(configure)
  编译(make)
  安装(make install)
  具体的安装方法一般作者都会给出文档,这里说明配置(configure)的prefix选项
  以安装supersparrow-0.0.0为例,我们打算把他安装到目录 /usr/local/supersparrow,于是在supersparrow-0.0.0目录执行带选项的 脚本
  ./configure –prefix=/usr/local/supersparrow
  执行成功后再编译、安装(make,make install);安装完成将自动生成目录supersparrow,而且该软件任何的文档都被复制到这个目录。为什么要指定这个安装目录?是为了以后的维护方便,假如没有用这个选项,安装过程结束后,该软件所需的软件被复制到不同的系统目录下,很难弄清楚到底复制了那些文档、都复制到哪里去了—基本上是一塌糊涂。
  用了—prefix选项的另一个好处是 卸载软件或移植软件。当某个安装的软件不再需要时,只须简单的删除该安装目录,就能够把软件卸载得干干净净;移植软件只需拷贝整个目录到另外一个机器即可(相同的 操作系统)。
  一个小选项有这么方便的作用,建议在实际工作中多多使用。
<%@ page language="java" contentType="text/html; charset=UTF-8" pageEncoding="UTF-8" %> <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN"> <html lang="zh-CN" class="bootstrap-admin-vertical-centered"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>图书馆管理系统</title> <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8"> <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1"> <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8"> <link rel="stylesheet" href="static/css/bootstrap.min.css"> <link rel="stylesheet" href="static/css/bootstrap-theme.min.css"> <link rel="stylesheet" href="static/css/bootstrap-admin-theme.css"> <link rel="stylesheet" href="static/css/bootstrap-admin-theme.css"> <script src="static/js/bootstrap.min.js"></script> <script src="static/jQuery/jquery-3.1.1.min.js"></script> <script src="static/ajax-lib/ajaxutils.js"></script> <script src="static/js/login.js"></script> </head> <style type="text/css"> .alert{ margin: 0 auto 20px; text-align: center; } </style> <script src="static/js/jquery.min.js"></script> <script src="static/js/bootstrap.min.js"></script> <body class="bootstrap-admin-without-padding"> 池州学院 230312242 杨洪博 课设 <div style="background-image: url('image/2.png'); background-size: cover; background-repeat: no-repeat; background-position: center;"></div> <div class="col-lg-12"> <div class="alert alert-info"> <a class="close" data-dismiss="alert" href="#">×</a> 欢迎登录图书馆管理系统 </div> <form class="bootstrap-admin-login-form" method="post" action="/books/LoginServlet"> <% String state = (String)session.getAttribute("state"); session.removeAttribute("state"); if(state!=null){ %> <label class="control-label" for="username">密码错误</label> <%}%> <div class="form-group"> <label class="control-label" for="username">账 号</label> <input type="text" class="form-control" id="username" name="username" required="required" placeholder="学号"/> <label class="control-label" for="username" style="display:none;"></label> </div> <div class="form-group"> <label class="control-label" for="password">密 码</label> <input type="password" class="form-control" id="password" name="password" required="required" placeholder="密码"/> <label class="control-label" for="username" style="display:none;"></label> </div> <label class="control-label" for="password">没有账号请<a href="/books/register.jsp" style="color:blue;">注册</a></label> <br> <input type="submit" class="btn btn-lg btn-primary" value="登    录"/> </form> </div> </div> </div> <div class="modal fade" id="modal_info" tabindex="-1" role="dialog" aria-labelledby="addModalLabel"> <div class="modal-dialog" role="document"> <div class="modal-content"> <div class="modal-header"> <button type="button" class="close" data-dismiss="modal" aria-label="Close"><span aria-hidden="true">×</span></button> <h4 class="modal-title" id="infoModalLabel">提示</h4> </div> <div class="modal-body"> <div class="row"> <div class="col-lg-12" id="div_info"></div> </div> </div> <div class="modal-footer"> <button type="button" class="btn btn-default" id="btn_info_close" data-dismiss="modal">关闭</button> </div> </div> </div> </div> </body> </html>文件路径没问题 但图片显示不出来
最新发布
06-22
<think>好的,我现在需要详细解释用户提供的这个Shell命令。首先,我要逐部分解析代码,理解每个部分的用,然后组织成用户容易理解的中文解释。 用户给出的代码是:for i in *.fa; do k=`echo $i | sed 's/.fa//g'` && prokka $i --prefix $k -outdir $k --cpus 12; done 首先,这个代码是一个Bash脚本的循环结构。让我先拆解各个部分。 第一部分是循环的开头:for i in *.fa; do ... done。这里,循环遍历当前目录下所有以.fa结尾的文件,每个文件依次赋值给变量i。这一步我应该解释循环的用以及变量i的含义。 接下来,循环体内部的第一部分是处理变量k的部分:k=`echo $i | sed 's/.fa//g'`。这里使用了命令替换,反引号里的命令会执行,并将结果赋值给k。echo $i输出当前的文件名,然后通过sed命令替换掉.fa扩展名。例如,如果文件是sample.fa,处理后的k就是sample。需要注意的是,这里的sed命令用的是's/.fa//g',全局替换所有.fa的出现,但如果文件名中有多个.fa的情况可能有问题,但通常用户可能只是想去掉末尾的扩展名。这部分可能需要指出潜在的问题,比如如果文件名中有多个.fa的情况,但用户可能只是简单的处理。 然后,&&连接下一个命令,执行prokka工具:prokka $i --prefix $k -outdir $k --cpus 12。这里调用了prokka,参数解释需要详细说明。$i是输入文件,--prefix设置输出文件的前缀为k,-outdir指定输出目录为k,--cpus 12使用12个CPU核心。需要解释每个参数的用,以及整个命令的效果,比如为每个.fa文件运行prokka注释,并将结果放在对应的目录中。 综合起来,整个脚本的用是对当前目录下每个.fa文件运行prokka,生成对应的输出目录,使用12个CPU核心。需要分步骤说明,确保用户理解每个部分的功能,同指出可能的注意事项,比如确保prokka已安装,sed命令处理文件名是否正确,以及是否可能覆盖已有目录等。 另外,需要检查是否有语法错误或潜在问题。例如,sed 's/.fa//g'会替换所有.fa的出现,而不仅仅是末尾。比如如果有一个文件名为abc.fa.txt.fa,处理后的结果可能不符合预期。但通常情况下,用户可能只是处理以.fa结尾的文件,所以可能没问题。但可能需要建议使用更精确的sed命令,比如's/\.fa$//'来只替换末尾的.fa,避免中间出现的情况。不过用户给出的代码是这样,需要指出这一点,让用户知道潜在的问题。 最后,总结整个代码的功能,并给出可能的改进建议,确保用户能正确使用和理解。</think>让我们逐步拆解并解释这段Shell代码: 1. **循环结构** `for i in *.fa; do ... done` - 用:遍历当前目录下所有以`.fa`结尾的文件 - 变量`i`:依次代表每个`.fa`文件的全名(如`genome1.fa`) 2. **文件名处理** `k=`echo $i | sed 's/.fa//g`` - 用`sed`替换命令删除文件名中的`.fa`后缀 - 示例:文件`genome1.fa` ➔ 处理后`k=genome1` - ⚠️潜在问题:如果文件名中有多个`.fa`(如`test.fa.v2.fa`),会全部删除。建议改用更精确的`sed 's/\.fa$//'`仅删除末尾后缀 3. **PROKKA注释命令** `prokka $i --prefix $k -outdir $k --cpus 12` - `$i`:输入文件(原始FASTA文件) - `--prefix $k`:输出文件前缀使用处理后的文件名(如`genome1`) - `-outdir $k`:为每个文件创建独立输出目录(如`genome1/`目录) - `--cpus 12`:使用12个CPU核心加速 4. **完整流程** ① 遍历所有`.fa`文件 ② 对每个文件:   a. 删除后缀得到基名   b. 创建同名输出目录   c. 用PROKKA进行基因组注释 ③ 自动并行化:多个文件处理会自动排队执行 5. **使用前提** -安装PROKKA且配置了环境变量 - 需要写权限(自动创建目录) - 服务器需有足够CPU资源(`--cpus 12`可根据实际情况调整) 6. **典型输出结构** ``` ├── genome1.fa ├── genome1/ ← 自动创建的目录 │ ├── genome1.gff ← 注释结果 │ ├── genome1.faa ← 蛋白序列 │ └── ...其他输出文件 ├── genome2.fa └── genome2/ ← 另一个独立目录 ``` 7. **改进建议** ```bash # 更安全的版本(防止文件名含空格) for i in *.fa; do base=$(basename "$i" .fa) # 专业方法去除后缀 prokka "$i" --prefix "$base" -outdir "$base" --cpus 12 done ``` 这个脚本适合需要批量处理多个基因组文件的场景,通过自动化显著提升注释效率。
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