TensorFlow错误：fatal error: tensorflow/core/framework/op.h: 没有那个文件或目录（PointCNN遇到的错误）

最新推荐文章于 2023-09-19 19:39:39 发布
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本文分享了在使用Virtualenv安装TensorFlow环境下运行PointCNN时遇到的编译错误及解决方案。作者发现错误原因是编译脚本中指定的TensorFlow头文件路径不正确，并给出了正确的路径配置方法。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

跑了PointCNN，基于TensorFlow，遇到了错误，编译的时候找不到头文件。

我是Virtualenv方式安装的Tensorflow，但是编译文件tf_sampling_compile.sh里面的路径是这么写的：

TF_PATH=/usr/local/lib/python$PYTHON_VERSION/dist-packages/tensorflow/include

但是我的TensorFlow没有装在usr下面，而是在这：

TF_PATH=/home/fboy/tensorflow/lib/python$PYTHON_VERSION/site-packages/tensorflow/include

把编译的路径改一下就好了。谷歌看了以下，虽然问题不是特别一样但是给我了启发，遇到问题还是用谷歌吧。

https://stackoverflow.com/questions/39735461/installing-plyfile-to-anaconda3

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nested exception is javax.persistence.Persis enceException: [PersistenceUnit: default] Unable to build Hibernate SessionFact ry; nested exception is org.hibernate.exception.JDBCConnectionException: Unable to open JDBC Connection for DDL execution at org.springframework.beans.factory.support.AbstractAutowireCap bleBeanFactory.initializeBean(AbstractAutowireCapableBeanFactory.java:1799) at org.springframework.beans.factory.support.AbstractAutowireCap bleBeanFactory.doCreateBean(AbstractAutowireCapableBeanFactory.java:594) at org.springframework.beans.factory.support.AbstractAutowireCap bleBeanFactory.createBean(AbstractAutowireCapableBeanFactory.java:516) at org.springframework.beans.factory.support.AbstractBeanFactory lambda$doGetBean$0(AbstractBeanFactory.java:324) at org.springframework.beans.factory.support.DefaultSingletonBea Registry.getSingleton(DefaultSingletonBeanRegistry.java:234) at org.springframework.beans.factory.support.AbstractBeanFactory doGetBean(AbstractBeanFactory.java:322) at org.springframework.beans.factory.support.AbstractBeanFactory getBean(AbstractBeanFactory.java:202) at org.springframework.context.support.AbstractApplicationContex .getBean(AbstractApplicationContext.java:1109) at org.springframework.context.support.AbstractApplicationContex .finishBeanFactoryInitialization(AbstractApplicationContext.java:869) at org.springframework.context.support.AbstractApplicationContex .refresh(AbstractApplicationContext.java:551) at org.springframework.boot.web.servlet.context.ServletWebServer pplicationContext.refresh(ServletWebServerApplicationContext.java:143) at org.springframework.boot.SpringApplication.refresh(SpringAppl cation.java:755) at org.springframework.boot.SpringApplication.refresh(SpringAppl cation.java:747) at org.springframework.boot.SpringApplication.refreshContext(Spr ngApplication.java:402) at org.springframework.boot.SpringApplication.run(SpringApplicat on.java:312) at org.springframework.boot.web.servlet.support.SpringBootServle Initializer.run(SpringBootServletInitializer.java:173) at org.springframework.boot.web.servlet.support.SpringBootServle Initializer.createRootApplicationContext(SpringBootServletInitializer.java:153) at org.springframework.boot.web.servlet.support.SpringBootServle Initializer.onStartup(SpringBootServletInitializer.java:95) at org.springframework.web.SpringServletContainerInitializer.onS artup(SpringServletContainerInitializer.java:172) at org.apache.catalina.core.StandardContext.startInternal(Standa dContext.java:5128) at org.apache.catalina.util.LifecycleBase.start(LifecycleBase.ja a:183) ... 38 more Caused by: javax.persistence.PersistenceException: [PersistenceUnit: def ult] Unable to build Hibernate SessionFactory; nested exception is org.hibernat .exception.JDBCConnectionException: Unable to open JDBC Connection for DDL exec tion at org.springframework.orm.jpa.AbstractEntityManagerFactoryBean. uildNativeEntityManagerFactory(AbstractEntityManagerFactoryBean.java:403) at org.springframework.orm.jpa.AbstractEntityManagerFactoryBean. fterPropertiesSet(AbstractEntityManagerFactoryBean.java:378) at org.springframework.orm.jpa.LocalContainerEntityManagerFactor Bean.afterPropertiesSet(LocalContainerEntityManagerFactoryBean.java:341) at org.springframework.beans.factory.support.AbstractAutowireCap bleBeanFactory.invokeInitMethods(AbstractAutowireCapableBeanFactory.java:1858) at org.springframework.beans.factory.support.AbstractAutowireCap bleBeanFactory.initializeBean(AbstractAutowireCapableBeanFactory.java:1795) ... 58 more Caused by: org.hibernate.exception.JDBCConnectionException: Unable to op n JDBC Connection for DDL execution at org.hibernate.exception.internal.SQLStateConversionDelegate.c nvert(SQLStateConversionDelegate.java:112) at org.hibernate.exception.internal.StandardSQLExceptionConverte .convert(StandardSQLExceptionConverter.java:42) at org.hibernate.engine.jdbc.spi.SqlExceptionHelper.convert(SqlE ceptionHelper.java:113) at org.hibernate.engine.jdbc.spi.SqlExceptionHelper.convert(SqlE ceptionHelper.java:99) at org.hibernate.resource.transaction.backend.jdbc.internal.DdlT ansactionIsolatorNonJtaImpl.getIsolatedConnection(DdlTransactionIsolatorNonJtaI pl.java:69) at org.hibernate.tool.schema.internal.exec.ImprovedExtractionCon extImpl.getJdbcConnection(ImprovedExtractionContextImpl.java:60) at org.hibernate.tool.schema.internal.exec.ImprovedExtractionCon extImpl.getJdbcDatabaseMetaData(ImprovedExtractionContextImpl.java:67) at org.hibernate.tool.schema.extract.internal.InformationExtract rJdbcDatabaseMetaDataImpl.getTables(InformationExtractorJdbcDatabaseMetaDataImp .java:333) at org.hibernate.tool.schema.extract.internal.DatabaseInformatio Impl.getTablesInformation(DatabaseInformationImpl.java:120) at org.hibernate.tool.schema.internal.GroupedSchemaMigratorImpl. erformTablesMigration(GroupedSchemaMigratorImpl.java:65) at org.hibernate.tool.schema.internal.AbstractSchemaMigrator.per ormMigration(AbstractSchemaMigrator.java:207) at org.hibernate.tool.schema.internal.AbstractSchemaMigrator.doM gration(AbstractSchemaMigrator.java:114) at org.hibernate.tool.schema.spi.SchemaManagementToolCoordinator performDatabaseAction(SchemaManagementToolCoordinator.java:184) at org.hibernate.tool.schema.spi.SchemaManagementToolCoordinator process(SchemaManagementToolCoordinator.java:73) at org.hibernate.internal.SessionFactoryImpl.<init>(SessionFacto yImpl.java:318) at org.hibernate.boot.internal.SessionFactoryBuilderImpl.build(S ssionFactoryBuilderImpl.java:468) at org.hibernate.jpa.boot.internal.EntityManagerFactoryBuilderIm l.build(EntityManagerFactoryBuilderImpl.java:1259) at org.springframework.orm.jpa.vendor.SpringHibernateJpaPersiste ceProvider.createContainerEntityManagerFactory(SpringHibernateJpaPersistencePro ider.java:58) at org.springframework.orm.jpa.LocalContainerEntityManagerFactor Bean.createNativeEntityManagerFactory(LocalContainerEntityManagerFactoryBean.ja a:365) at org.springframework.orm.jpa.AbstractEntityManagerFactoryBean. uildNativeEntityManagerFactory(AbstractEntityManagerFactoryBean.java:391) ... 62 more Caused by: com.mysql.cj.jdbc.exceptions.CommunicationsException: Communi ations link failure he last packet sent successfully to the server was 0 milliseconds ago. The driv r has not received any packets from the server. at com.mysql.cj.jdbc.exceptions.SQLError.createCommunicationsExc ption(SQLError.java:175) at com.mysql.cj.jdbc.exceptions.SQLExceptionsMapping.translateEx eption(SQLExceptionsMapping.java:64) at com.mysql.cj.jdbc.ConnectionImpl.createNewIO(ConnectionImpl.j va:825) at com.mysql.cj.jdbc.ConnectionImpl.<init>(ConnectionImpl.java:4 6) at com.mysql.cj.jdbc.ConnectionImpl.getInstance(ConnectionImpl.j va:239) at com.mysql.cj.jdbc.NonRegisteringDriver.connect(NonRegistering river.java:188) at com.zaxxer.hikari.util.DriverDataSource.getConnection(DriverD taSource.java:138) at com.zaxxer.hikari.pool.PoolBase.newConnection(PoolBase.java:3 8) at com.zaxxer.hikari.pool.PoolBase.newPoolEntry(PoolBase.java:20 ) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.createPoolEntry(HikariPool. ava:477) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.checkFailFast(HikariPool.ja a:560) at com.zaxxer.hikari.pool.HikariPool.<init>(HikariPool.java:115) at com.zaxxer.hikari.HikariDataSource.getConnection(HikariDataSo rce.java:112) at org.hibernate.engine.jdbc.connections.internal.DatasourceConn ctionProviderImpl.getConnection(DatasourceConnectionProviderImpl.java:122) at org.hibernate.engine.jdbc.env.internal.JdbcEnvironmentInitiat r$ConnectionProviderJdbcConnectionAccess.obtainConnection(JdbcEnvironmentInitia or.java:180) at org.hibernate.resource.transaction.backend.jdbc.internal.DdlT ansactionIsolatorNonJtaImpl.getIsolatedConnection(DdlTransactionIsolatorNonJtaI pl.java:43) ... 77 more Caused by: com.mysql.cj.exceptions.CJCommunicationsException: Communicat ons link failure he last packet sent successfully to the server was 0 milliseconds ago. The driv r has not received any packets from the server. at java.base/jdk.internal.reflect.NativeConstructorAccessorImpl. ewInstance0(Native Method) at java.base/jdk.internal.reflect.NativeConstructorAccessorImpl. ewInstance(NativeConstructorAccessorImpl.java:62) at java.base/jdk.internal.reflect.DelegatingConstructorAccessorI pl.newInstance(DelegatingConstructorAccessorImpl.java:45) at java.base/java.lang.reflect.Constructor.newInstance(Construct r.java:490) at com.mysql.cj.exceptions.ExceptionFactory.createException(Exce tionFactory.java:62) at com.mysql.cj.exceptions.ExceptionFactory.createException(Exce tionFactory.java:105) at com.mysql.cj.exceptions.ExceptionFactory.createException(Exce tionFactory.java:150) at com.mysql.cj.exceptions.ExceptionFactory.createCommunications xception(ExceptionFactory.java:166) at com.mysql.cj.protocol.a.NativeProtocol.negotiateSSLConnection NativeProtocol.java:379) at com.mysql.cj.protocol.a.NativeAuthenticationProvider.connect( ativeAuthenticationProvider.java:206) at com.mysql.cj.protocol.a.NativeProtocol.connect(NativeProtocol java:1430) at com.mysql.cj.NativeSession.connect(NativeSession.java:134) at com.mysql.cj.jdbc.ConnectionImpl.connectOneTryOnly(Connection mpl.java:945) at com.mysql.cj.jdbc.ConnectionImpl.createNewIO(ConnectionImpl.j va:815) ... 90 more Caused by: javax.net.ssl.SSLHandshakeException: NotBefore: Fri Jun 27 18 58:12 CST 2025 at java.base/sun.security.ssl.Alert.createSSLException(Alert.jav :128) at java.base/sun.security.ssl.TransportContext.fatal(TransportCo text.java:321) at java.base/sun.security.ssl.TransportContext.fatal(TransportCo text.java:264) at java.base/sun.security.ssl.TransportContext.fatal(TransportCo text.java:259) at java.base/sun.security.ssl.CertificateMessage$T13CertificateC nsumer.checkServerCerts(CertificateMessage.java:1329) at java.base/sun.security.ssl.CertificateMessage$T13CertificateC nsumer.onConsumeCertificate(CertificateMessage.java:1204) at java.base/sun.security.ssl.CertificateMessage$T13CertificateC nsumer.consume(CertificateMessage.java:1151) at java.base/sun.security.ssl.SSLHandshake.consume(SSLHandshake. ava:392) at java.base/sun.security.ssl.HandshakeContext.dispatch(Handshak Context.java:444) at java.base/sun.security.ssl.HandshakeContext.dispatch(Handshak Context.java:421) at java.base/sun.security.ssl.TransportContext.dispatch(Transpor Context.java:178) at java.base/sun.security.ssl.SSLTransport.decode(SSLTransport.j va:164) at java.base/sun.security.ssl.SSLSocketImpl.decode(SSLSocketImpl java:1152) at java.base/sun.security.ssl.SSLSocketImpl.readHandshakeRecord( SLSocketImpl.java:1063) at java.base/sun.security.ssl.SSLSocketImpl.startHandshake(SSLSo ketImpl.java:402) at com.mysql.cj.protocol.ExportControlled.performTlsHandshake(Ex ortControlled.java:347) at com.mysql.cj.protocol.StandardSocketFactory.performTlsHandsha e(StandardSocketFactory.java:191) at com.mysql.cj.protocol.a.NativeSocketConnection.performTlsHand hake(NativeSocketConnection.java:101) at com.mysql.cj.protocol.a.NativeProtocol.negotiateSSLConnection NativeProtocol.java:370) ... 95 more Caused by: java.security.cert.CertificateNotYetValidException: NotBefore Fri Jun 27 18:58:12 CST 2025 at java.base/sun.security.x509.CertificateValidity.valid(Certifi ateValidity.java:270) at java.base/sun.security.x509.X509CertImpl.checkValidity(X509Ce tImpl.java:687) at java.base/sun.security.x509.X509CertImpl.checkValidity(X509Ce tImpl.java:660) at com.mysql.cj.protocol.ExportControlled$X509TrustManagerWrappe .checkServerTrusted(ExportControlled.java:392) at java.base/sun.security.ssl.AbstractTrustManagerWrapper.checkS rverTrusted(SSLContextImpl.java:1509) at java.base/sun.security.ssl.CertificateMessage$T13CertificateC nsumer.checkServerCerts(CertificateMessage.java:1313) ... 109 more 3-Jun-2012 02:43:37.673 淇℃伅 [main] org.apache.catalina.startup.HostConfig.de loyWAR web搴旂敤绋嬪簭瀛樻。鏂囦欢[D:\apache-tomcat-9.0.37\webapps\KuCun2.war] 鐨勯儴缃插凡鍦╗34,866]ms鍐呭畬鎴? 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07-18
<think>我们面对的是一个Tomcat启动时的错误日志。从日志中可以看出，主要问题是部署一个名为`KuCun2`的Web应用时失败，具体原因是无法建立数据库连接，进而导致Hibernate SessionFactory创建失败，最终导致应用启动失败。 错误链如下： 1. 最根本的异常是`javax.net.ssl.SSLHandshakeException`，原因是一个证书的生效日期是2025年（NotBefore: Fri Jun 27 18:58:12 CST 2025），而当前时间（日志显示为2012年）还没有到这个日期，所以证书尚未生效。 2. 这个SSL握手异常导致了`com.mysql.cj.exceptions.CJCommunicationsException`，进而导致`com.mysql.cj.jdbc.exceptions.CommunicationsException`，最终表现为JDBC连接无法打开。 此外，日志中还显示： ``` Caused by: java.security.cert.CertificateNotYetValidException: NotBefore: Fri Jun 27 18:58:12 CST 2025 ``` 所以，问题的核心是：MySQL连接尝试使用SSL，但是提供的证书尚未生效（因为系统时间在证书生效之前）。 解决方案： 1. 检查系统时间：日志中的时间戳显示为“3-Jun-2012”，这明显是一个过去的时间（当前是2023年或之后）。因此，首先需要修正系统时间，确保服务器的时间是准确的。 2. 如果修正系统时间后问题仍然存在，或者暂时无法修正系统时间，可以考虑暂时禁用SSL连接（如果数据库连接不要求SSL）。 禁用SSL的方法： 在JDBC连接字符串中添加参数：`useSSL=false`。例如： ``` jdbc:mysql://localhost:3306/dbname?useSSL=false ``` 但是注意，根据MySQL版本不同，可能还需要考虑其他参数（如`allowPublicKeyRetrieval`等），具体根据情况而定。 另外，从日志中可以看出，这个应用是使用Spring Boot构建的，数据库连接池使用的是Hikari。因此，我们需要检查应用的配置文件（如application.properties或application.yml）中关于数据库连接的配置。 例如，在application.properties中修改： ```properties spring.datasource.url=jdbc:mysql://localhost:3306/your_database?useSSL=false ``` 如果问题是由于证书信任问题，也可以考虑设置`trustCertificateKeyStoreUrl`和`trustCertificateKeyStorePassword`，但在这个案例中，根本原因是证书尚未生效，所以禁用SSL或修正系统时间是更直接的方法。 步骤总结： 1. 修正服务器系统时间，设置为当前正确时间。 2. 如果修正时间后仍然有问题，或者无法修正时间（比如测试环境），则在数据库连接字符串中禁用SSL。 如果应用已经部署到Tomcat，那么修改应用配置文件后需要重新打包并部署。 但是，请注意：禁用SSL会降低连接的安全性，因此只建议在测试或内部网络中使用。生产环境中应确保证书的有效性，并保持系统时间正确。 下面我们给出一个修改Spring Boot应用配置文件的例子： 假设原配置文件（application.properties）中数据库连接配置如下： ```properties spring.datasource.url=jdbc:mysql://localhost:3306/ku_cun spring.datasource.username=root spring.datasource.password=123456 spring.datasource.driver-class-name=com.mysql.cj.jdbc.Driver ``` 修改后： ```properties spring.datasource.url=jdbc:mysql://localhost:3306/ku_cun?useSSL=false # 其他不变 ``` 或者，如果使用YAML格式（application.yml）： ```yaml spring: datasource: url: jdbc:mysql://localhost:3306/ku_cun?useSSL=false username: root password: 123456 driver-class-name: com.mysql.cj.jdbc.Driver ``` 修改后重新打包应用，并重新部署到Tomcat。 另外，请注意Tomcat的日志中出现了中文字符乱码，这可能是由于系统编码或Tomcat日志编码设置问题，但这不是导致启动失败的原因，可以暂时忽略。 如果问题仍然存在，请检查： - 数据库服务是否正常运行 - 数据库连接URL、用户名、密码是否正确 - 网络是否可达 但是根据错误信息，我们已经定位到是SSL证书时间问题，所以按照上述步骤应该可以解决。 由于我们无法直接修改代码，这里不提供代码修改，而是提供配置文件的修改示例。 但是，如果问题是由于系统时间错误引起的，那么修改系统时间是最根本的解决方案。在Linux服务器上，可以使用`ntpdate`命令同步时间；在Windows服务器上，可以在设置中调整时间。 下面给出一个在Linux上同步时间的命令示例（需要root权限）： ```bash ntpdate ntp.ubuntu.com ``` 或者使用`timedatectl`（适用于systemd的系统）： ```bash timedatectl set-ntp true timedatectl set-timezone Asia/Shanghai # 设置时区 timedatectl set-time "2023-05-30 10:00:00" # 如果需要手动设置时间，但通常我们使用NTP同步 ``` 在Windows上，可以通过设置->日期和时间->自动设置时间，来同步时间。 综上所述，请先尝试修正系统时间，如果不行再尝试修改数据库连接字符串。 由于我们无法直接操作服务器，所以只能提供这些建议。 最后，请注意日志中还有其他应用部署成功的记录，说明Tomcat本身启动正常，问题只出在`KuCun2`这个应用上。 如果问题解决，应该可以看到应用成功启动的日志。 下面，我们提出一些相关问题：</think>根据提供的错误日志，这是一个典型的Spring Boot应用部署到Tomcat时出现的数据库连接问题。核心问题是**SSL证书未生效导致JDBC连接失败**。以下是详细分析和解决方案： ### 问题分析 1. **根本原因**：MySQL连接使用了SSL证书，但证书生效日期为`Fri Jun 27 18:58:12 CST 2025`，而服务器当前时间为`2012年`（日志中时间戳为`3-Jun-2012`），导致证书验证失败。 ```java Caused by: java.security.cert.CertificateNotYetValidException: NotBefore: Fri Jun 27 18:58:12 CST 2025 ``` 2. **错误链**： - 证书未生效 → SSL握手失败 → MySQL连接失败 → Hibernate初始化失败 → Spring启动失败 3. **关键错误**： ```java javax.persistence.PersistenceException: [PersistenceUnit: default] Unable to build Hibernate SessionFactory; nested exception is org.hibernate.exception.JDBCConnectionException: Unable to open JDBC Connection for DDL execution ``` ### 解决方案 #### 方法1：修正服务器时间（推荐） 服务器时间（2012年）与证书要求时间（2025年）不匹配，需同步正确时间： ```bash # Linux系统时间同步 sudo timedatectl set-ntp true sudo timedatectl set-timezone Asia/Shanghai sudo systemctl restart systemd-timesyncd # Windows系统 # 1. 控制面板 -> 日期和时间 -> 自动设置时间 # 2. 以管理员身份运行命令提示符： w32tm /resync ``` #### 方法2：禁用MySQL SSL连接 在JDBC连接字符串中添加`useSSL=false`参数： ```properties # application.properties 修改示例 spring.datasource.url=jdbc:mysql://localhost:3306/your_db?useSSL=false&serverTimezone=UTC ``` #### 方法3：信任无效证书（不推荐） 在连接字符串中跳过证书验证（仅限测试环境）： ```properties spring.datasource.url=jdbc:mysql://localhost:3306/your_db?useSSL=true&allowPublicKeyRetrieval=true&disableSslHostnameVerification=true ``` ### 完整配置示例 ```properties # application.properties spring.datasource.url=jdbc:mysql://localhost:3306/ku_cun?useSSL=false&serverTimezone=UTC spring.datasource.username=your_username spring.datasource.password=your_password spring.datasource.driver-class-name=com.mysql.cj.jdbc.Driver # 关闭Hibernate自动DDL（可选） spring.jpa.hibernate.ddl-auto=none ``` ### 验证步骤 1. 重启Tomcat服务 2. 检查日志中是否出现： ```log org.apache.catalina.startup.HostConfig.deployDirectory 部署成功 ``` 3. 访问应用健康检查端点：`http://localhost:8080/actuator/health` --- ### 错误日志关键点解释 | 错误摘要 | 说明 | |----------|------| | `CertificateNotYetValidException` | 服务器时间早于证书生效时间 | | `Unable to open JDBC Connection` | 数据库连接失败 | | `Communications link failure` | 网络层连接异常 | | `LifecycleException` | Tomcat容器启动组件失败 |
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