项目场景:
使用SAMtools/BCFtools做下游分析,BCFtools是一个用来识别变异和处理VCF和BCF文件的集成工具包,通常它会被集成在SAMtools里面。
问题描述
使用:conda install bcftools
下载BCFtools出现报错,它的大概意思是下载包失败,然后连接失败,俗一点说应该就是说你的网络连接不对。
Collecting package metadata (current_repodata.json): failed
CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64/current_repodata.json>
Elapsed: -
An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.
HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.
If your current network has https://www.anaconda.com blocked, please file
a support request with your network engineering team.
解决方案:
一;使用下列代码,查看conda镜像文件
vim ~/.condarc
清华源(tuna)的不能用https ,因为https是加密的,要改成不加密的。再将default删除即可。
二;如果这个时候下载出现下列报错:
UnavailableInvalidChannel: The channel is not accessible or is invalid.
channel name: anaconda/cloud/cond-forge
channel url: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/cond-forge
error code: 404
可以将国内源删除:
conda config --remove-key channels
然后用default下载即可(感觉这个方法与上面的方法相矛盾,大家可以根据自己的报错来选择)