论文解读:SumGNN: Multi-typed Drug Interaction Prediction via Efficient Knowledge Graph Summarization(Bi)

这篇博客介绍了SumGNN,一种新颖的图神经网络模型,专为多类型药物相互作用(DDI)预测设计。它结合了局部子图提取、知识汇总和多通道融合,利用外部生物医学知识图谱有效增强预测能力。实验在DrugBank、TWOSIDES和HetioNet数据集上展示了显著提升的性能。

Part1 Introduction
以前的大多数工作都集中在二元 DDI 预测上,而多类型 DDI 药理作用预测更有意义但任务更艰巨
SumGNN: knowledge summarization graph neural network:
提出了一种新方法SumGNN,可以有效地使用KG 来帮助预测药物相互作用
在这里插入图片描述
Part2 Methods
Problem Settings:
(1)Drug Interaction Graph:
𝐺_𝐷𝐷𝐼 = {(u,r,v)|u∈ D,r∈𝑅_𝐷,v∈D)},
(2)External Biomedical Knowledge Graph:
𝐺_𝐾𝐺 = {(h,r,t)|h,t∈E,r∈R}
最终是要将 𝐺_𝐷𝐷𝐼 中的药物实体聚合到 𝐺_𝐾𝐺
Multi-relational DDI Prediction:
药物相互作用 (DDI) 预测是输出给定一对药物的药理作用。 从数学上讲,就是学习从药物对(u,v)∈(D×D)到药理作用r∈ 𝑅_𝐷的映射F:D×D→ 𝑅_𝐷
A.The Local Subgraph Extraction Module
首先为 u和v 提取 k-hop 相邻节点:
在这里插入图片描述
然后,根据这些节点的交集获得封闭子图:
在这里插入图片描述

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