R语言及其相关模块安装

最新推荐文章于 2024-12-12 07:44:14 发布

moyu5021

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分类专栏：笔记文章标签： linux

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R is a free software environment for statistical computing and graphics. It compiles and runs on a wide variety of UNIX platforms, Windows and MacOS.
R是一个统计计算和图形的免费的软件环境。它可以在各种UNIX平台、Windows和MacOS上编译和运行。
主页： https://www.r-project.org/
下载地址： http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/

一.安装R

安装时都采用了–prefix指定安装目录的参数，所以无论用root还是普通用户，都是可以操作的，包括下文中的使用也是。
（1）在Cetntos 7的系统上安装，7的系统相对比较新，依赖比较少

# wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.5.3.tar.gz
# tar xvf R-3.5.3.tar.gz
# cd R-3.5.3
# ./configure --prefix=/data/public/R/3.5.3 --enable-R-shlib --with-readline --with-cairo --with-libtiff --with-libpng --with-jpeglib LDFLAGS=-L/data/public/jpeg-9c/lib CPPFLAGS=-I/data/public/jpeg-9c/include
# make
# make install

（2）在Centos 6的系统上安装，6的系统依赖相对多一些

# wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.3.2.tar.gz
# tar xvf R-3.3.2.tar.gz -C R-3.3.2-src
# cd R-3.3.2-src
# export PATH=/Share/home/user01/usr/curl-7.35.0/bin:$PATH
# ./configure --prefix=/Share/home/user01/usr/R_3.3.2  \
LDFLAGS="-L/Share/home/user01/usr/zlib-1.2.8/lib -L/Share/home/user01/usr/xz-5.2.2/lib -L/Share/home/user01/usr/pcre-8.37/lib -L/Share/home/user01/curl-7.35.0/lib"   \
CPPFLAGS="-I/Share/home/user01/usr/zlib-1.2.8/include -I/Share/home/user01/usr/xz-5.2.2/include -I/Share/home/user01/usr/pcre-8.37/include -I/Share/home/user01/usr/curl-7.35.0/include" --enable-R-shlib 
# make
# make install

（3）安装注意事项

1.For R >= 3.1.0  we suggest (by default) C++11 support to build the package from sources。
（建议采用gcc 4.7.4以上版本安装，否则会报缺少ICU4C的包）
2.--enable-R-shlib        build the shared/dynamic library 'libR' [no] 
建议安装时增加此参数，会生成libR.so库，否则没有
3.正常的报错一般提示中都比较明显，这里提及一个xz的依赖
checking whether bzip2 support suffices... no
checking for lzma_version_number in -llzma... no  
解决方法：这个提示是缺少lzma(xz软件包)，安装上后，如安装命令中所示加载上即可。

（4）安装后，使用前加载环境变量

# export PATH=/data/public/R/3.5.3/bin:$PATH
# export LD_LIBRARY_PATH=/data/public/R/3.5.3/lib:$ LD_LIBRARY_PATH

二.安装R的模块

模块下载地址： https://cran.r-project.org/web/packages/

（1）模块基本安装方法
A.命令行安装（离线安装，服务器不需要连外网）

# R CMD INSTALL packages-name.tar.gz2

B.在R终端里安装（要求可以连接外网，敲完R回车后会要求选择镜像，选择中国地区离服务器近一点的就好）

# R
> install.packages('packagename')

（2）安装模块到指定目录
A.命令行安装，-l 参数指定安装目录

# R CMD INSTALL -l /home/user01/R_lib glmnet_2.0-16.tar.gz

B.在R终端里安装

# R
> install.packages("glmnet",lib="/home/user01/lib")
//指定目录安装后，使用模块前需要先加载这个lib目录

> .libPaths('/home/user01/lib');
> library('glmnet')
  Loading required package: Matrix
  Loading required package: foreach
  Loaded glmnet 2.0-16

（3）卸载模块

# R CMD REMOVE glmnet

（4）安装模块时遇到的问题
A.安装spp模块，出现报错configure: error: cannot find Boost headers version >= 1.41.0

安装命令：R CMD INSTALL spp_1.13.tar.gz
解决方法：没有安装boost，源码编译安装boost后，再安装spp则可正常安装
# export BOOST_ROOT=/Share/home/zhangqf/usr/boost_1.62.0
# R CMD INSTALL spp-1.14.tar.gz
附：spp安装说明：https://github.com/hms-dbmi/spp

B.安装模块uataq

$ R
> install.packages('devtools')
> devtools::install_github('benfasoli/uataq')
> library(‘uataq’)

C.安装模块rjags

1）rjags依赖于软件：R模块coda；JAGS软件。
  （JAGS需要匹配rjags同版本，大版本即可）JAGS依赖于blas,lapack；建议最好yum装，lapack和lapack-devel；JAGS源码安装。
2）安装rjags
# R CMD INSTALL rjags_3-4.tar.gz --with-jags-include=/data/public/JAGS-3.4.0/include/JAGS --with-jags-lib=/data/public/JAGS-3.4.0/lib
# R
> library('rjags')
  Loading required package: coda
  linking to JAGS 3.4.0
  module basemod loaded
  module bugs loaded

D.安装模块jpeg

//jpeg模块依赖于jpeg软件，先加载环境变量
# export JPEG_LIBS=-L/data/public/jpeg-9c/lib
# export JPEG_CFLAGS=-I/data/public/jpeg-9c/include
# R CMD INSTALL jpeg_0.1-6.tar.gz
# R
> library(jpeg)

E.安装模块ncdf

//依赖软件netcdf
# R CMD INSTALL --configure-args="--with-nc-config=/data/public/netcdf-4.4/bin/nc-config" ncdf4_1.13.tar.gz

F.安装模块cmprsk时报错：ERROR: failed to lock directory ‘/data/public/R/3.5.3/lib64/R/library’ for modifying

# R CMD INSTALL --no-lock cmprsk_2.2-7.tar.gz 
//或者R终端里
# R 
> install.packages("cmprsk", dependencies=TRUE, INSTALL_opts = c('--no-lock'))

G.安装TCGAWorkflow时报错：
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, …) :
unable to load shared object ‘/Share/home/lanxun/Tools/R-3.4.1/lib64/R/library/png/libs/png.so’: `maximal number of DLLs reached…

解决办法：在命令行$里指定R_MAX_NUM_DLLS值的大小：
export R_MAX_NUM_DLLS=614（建议值）；或者在~/.Rprofile中指定

H.安装stringi时报错：ERROR: failed to lock directory ‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1’ for modifying
Try removing ‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/00LOCK-stringi

解决方法：删除R library目录下的00LOCK-stringi目录，重新安装即可

三.R命令的相关使用

1.安装软件

$ R
> install.packages('devtools')

2.加载模块

# R
> library('rjags')
  Loading required package: coda
  linking to JAGS 3.4.0
  module basemod loaded
  module bugs loaded

3.查看R支持的格式

# ./R
> capabilities()
       jpeg         png         tiff          tcltk         X11        aqua 
       TRUE        TRUE         TRUE           TRUE        TRUE       FALSE 
      http/ftp   sockets      libxml           fifo       cledit       iconv 
       TRUE        TRUE         TRUE           TRUE        TRUE        TRUE 
        NLS     profmem       cairo             ICU        long.double   libcurl 
       TRUE       FALSE        TRUE            TRUE        TRUE          TRUE