majia_1990-优快云博客

原创 Schedule

2015年9月 finish the implementation of string method in Lammps build membrane protein in Gromacs familiar with and understand the basin constraint dimer/GAD finish implementation of TAMD in Gromacs2015年

2015-08-30 11:58:37 462

原创 PLUMED 学习( 1 )

SimpleMD这篇文章里，我们解析 simplemd 的源代码，以试图理解plumed如何工作的。作为练习加入leapfrog 迭代格式。文件位置为plumed2/src/cltools/SimpleMD.cpp整体的类的依赖关系可从下面代码片段看出，namespace PLMD{ namespace cltools{ class SimpleMD:public PLMD:CLTool{

2015-08-30 11:55:16 1769

原创有用链接合集

优化测试集 http://www.math.ntu.edu.tw/~wwang/cola_lab/test_problems/multiple_opt/multiopt_prob/稀疏矩阵集 http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/matrices/

2015-03-25 00:17:40 751

原创 Lammps 源代码解析

所有的头文件都以下面的编译预处理命令开始, 例如 fix_setforce.h#ifdef FIX_CLASS FixStyle(setforce,FixSetForce) #else其中 FixStyle 宏定义在lammps.cpp 的help函数里，相关代码片段如下:pos = 80; fprintf(screen,"* Fix styles\n"); #define FIX_CLASS #

2015-03-24 23:19:06 3428 1

原创 Mac OS 下编译安装Lammps

Homebrew里面有直接可安装的Lammps，但是使用的都是默认参数。为了使用新的特性，这里选择使用gcc49 和MPICH3编译安装之。 Macport安装gcc49 并设置其为默认编译器 http://blog.youkuaiyun.com/majia_1990/article/details/43372287 编译安装MPICH3.1.3 a. 下载 http://www.mpich.o

2015-02-06 17:22:01 4688 2

原创编码问题合集

vim 下 set ff能够查看文件编码方式，dos或者unix。主要针对换行符。所以可以使用在vim下使用 set ff=unix讲windows文件变成unix编码习惯的文件.

2015-02-01 21:05:34 359

翻译 Mac OS 安装Ambertools14

为了安装ambertools14，需要编译器gcc和MPI mpich。但是mac系统里面默认的 apple版的gcc无法用来编译ambertools14. 所以最好使用最新版本GNU版本的gcc。按照官方教程，使用软件包管理软件Macport来进行这两个软件的安装。 (1). 首先 www.macports.org/ 下载pkg文件，直接安装，完毕后安装。 (

2015-02-01 16:22:34 2380

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