双标图解释中的常见错误

参考资料：农作物品种试验数据管理与分析

1、PC1得分代表基因型主效应

        AEA轴（平均环境轴）与PC1相比可以更好地代表基因型在所有环境中的主效应，但仍需要有较大的G/(G+E)比例（比如，大于20%）。PC1得分并不一定与基因型主效相关。

2、GGE双标图可以展示基因型间的相关性

        有一些双标图分析的文献称其双标图展示了基因型间的相关性；这种说法不正确。当奇异值完全分配到环境得分上时，GGE双标图确实可以展示环境间的相关性。当采用聚焦基因型的奇异值分配时，GGE双标图中基因型间的距离近似于其相应的欧氏距离，并因此体现其对环境响应的相似性。

3、GGE双标图展示基因型——环境的相关性

        GGE双标图展示基因型——环境的“互作”，但不展示“相关”。

4、双标图中未标注数据中心化和定标方法

        一个双标图的意义首先决定于其采用的模型。在对双标图进行解释之前必须先核查双标图所采用的模型，并在图中展示出来。比如定标方法、中心化方法、奇异值分配方法。

5、双标图不按比例绘制

        双标图只有按比例绘制，才有可能得到正确的解释。也就是说，两个坐标上的物理单位必须相同。如果通过改变双标图原有形状来满足页面布局的需求，就会导致基因型间、环境间，以及基因型—环境间的关系失真。

6、基于多年平均地基因型与试点两向表的GGL双标图

        基于任意的两向表都可以生成双标图，但双标图的意义取决于所展示的数据表的意义。一些研究人员在分析多年品种试验数据时，常会采用多年平均地基因型与试点两向表绘制GGL(G+GL)双标图。这种双标图比以年份和试点组合为环境的GGE双标图更容易解释。但是，如果GL变异小于GY和GLY的变异，那么基因型与试点两向表及其GGL双标图可能并没有意义。

7、基于PC1和PC2以外的主成分构建的双标图

        “双标图”一词的本意就是指基于PC1和PC2的双标图。由于数据中最主要的信息都集中在PC1和PC2上，这些双标图（如PC1和PC3双标图、PC2和PC3双标图）所展示的模式与基于PC1和PC2双标图相比是微不足道的。

8、GE双标图可以与GGE双标图做类似的解释

        GGE双标图和GE双标图在功能上有根本差别。二者在基因型评价和品种试验数据分析方面的差异无论如何强调也不为过：

        GGE双标图中的模式可以称为“GGE模式”，这种模式包括：①环境在对基因型的鉴别和排序方面的相似性或相异性；②基因型在单个环境和全部环境中表现得相似性或相异性；③基因型对环境的响应，或简称为基因型—环境响应（GER）。

        要注意这里的GER与前面的GE不同，GER决定于G+GE。“谁赢在哪里”模式是GER中最明显和最有用的内容。

        GE双标图模式包括：①环境与基因型互作的相似性或相异性；②基因型—环境互作的相似性或相异性；③特定基因型与特定环境的特殊互作效应。实际上，上述3点可以概括为同一个概念，那就是GE，而没有其他。

        所以，认识GGE模式与GE模式的差异很重要。GGE模式是品种生态区划分、试验环境评价和基因型评价的基础。