wps 目录这两个字与目录列表间隔很远,怎么也调节不了的解决方法

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解决方法

第二步:
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<think>我们已知用户场景:在超算上运行WRF,只有两个作业脚本(wps.slurm和wrf.slurm),没有显式的WPS目录。但用户想要更新土地利用数据。 关键点:即使没有看到WPS目录WPS的三个程序(geogrid, ungrib, metgrid)仍然是运行WRF前必须的步骤。因此,我们推断: 1. wps.slurm脚本很可能就是用来运行WPS三个步骤的(包括geogrid)。 2. 更新土地利用数据需要修改geogrid的输入数据,并重新运行geogrid。 因此,我们需要: 步骤1:获取当前的地理数据目录WPS_GEOG)位置。 步骤2:准备新的土地利用数据并放入WPS_GEOG目录。 步骤3:修改namelist.wps中关于土地利用的配置。 步骤4:重新运行geogrid(通过提交wps.slurm作业,但注意可能只需要运行geogrid,而不需要重新运行ungrib和metgrid,因为气象数据可能没变)。 步骤5:然后运行wrf.slurm。 但是,用户只有两个slurm脚本,没有看到WPS目录,所以我们需要通过分析wps.slurm脚本来确定WPS的安装位置和当前工作目录。 操作流程: 1. **检查wps.slurm脚本内容**: 使用`cat`命令查看wps.slurm脚本,找到其中运行WPS程序(geogrid.exe, ungrib.exe, metgrid.exe)的路径,以及可能加载的模块和环境变量设置。 同时,注意脚本中是否设置了`WPS_GEOG`环境变量,或者namelist.wps文件的位置。 例如,执行: ```bash cat wps.slurm ``` 假设我们在脚本中看到类似这样的内容: ```bash #!/bin/bash #SBATCH ... ... cd /path/to/WPS ./geogrid.exe ./ungrib.exe ./metgrid.exe ``` 那么,我们就知道WPS程序位于`/path/to/WPS`。 2. **准备新的土地利用数据**: 从官方或自定义来源获取土地利用数据(如MODIS 21类数据),并上传到超算。注意数据格式必须是WRF可读的(通常是二进制格式,并带有索引文件)。 3. **将新数据链接或复制到地理数据目录**: 在WPS目录下,通常有一个`geog`子目录,这就是地理数据目录(也可能在别处,通过环境变量`WPS_GEOG`指定)。我们需要将新数据放在这个目录下。 例如,如果新数据目录名为`modis_landuse_21class_30s`,则将其放入地理数据目录: ```bash # 假设地理数据目录为 /path/to/WPS_GEOG cp -r modis_landuse_21class_30s /path/to/WPS_GEOG/ ``` 注意:如果wps.slurm脚本中设置了`WPS_GEOG`环境变量,那么应该使用该变量指定的路径。 4. **修改namelist.wps**: 进入WPS目录(从wps.slurm脚本中得知的路径),编辑namelist.wps文件,修改土地利用相关的参数: - 设置`geog_data_res`为新的土地利用数据目录名(加上分辨率,例如:`'modis_landuse_21class_30s+30s'`)。 - 设置`landuse_data`为新数据对应的分类方案(例如:`'MODIFIED_IGBP_MODIS_NOAH'`)。 示例: ```plaintext &geogrid ... geog_data_res = 'modis_landuse_21class_30s+30s', 'default+30s', # 第一个域用新数据,其他域用默认(根据实际情况调整) landuse_data = 'MODIFIED_IGBP_MODIS_NOAH', ... / ``` 5. **重新运行geogrid**: 由于只需要更新静态地理数据,我们可能只需要运行geogrid.exe。但wps.slurm脚本可能默认会运行三个程序(geogrid, ungrib, metgrid)。为了避免重复运行ungrib和metgrid(如果气象输入数据没有变化),我们可以: 选项1:修改wps.slurm脚本,注释掉运行ungrib和metgrid的命令,只运行geogrid.exe。 选项2:单独提交一个只运行geogrid的作业。 例如,创建一个新的slurm脚本`geogrid_only.slurm`,内容如下(根据wps.slurm修改): ```bash #!/bin/bash # 复制wps.slurm中的SBATCH指令部分 #SBATCH --job-name=geogrid_update #SBATCH ... # 其他参数wps.slurm相同 # 加载必要的模块 module purge module load ... # 根据wps.slurm中的模块加载 # 进入WPS目录 cd /path/to/WPS # 只运行geogrid ./geogrid.exe ``` 然后提交: ```bash sbatch geogrid_only.slurm ``` 注意:运行前确保namelist.wps已经修改。 6. **运行metgrid(可选)**: 如果静态数据更新后需要重新插值气象数据,那么还需要运行metgrid(但通常如果气象数据没有更新,且域设置没有变化,可以跳过)。但注意,如果重新运行了geogrid,那么metgrid需要重新运行,因为metgrid依赖于geogrid输出的geo_em文件。 因此,在更新地理数据后,我们可能需要重新运行整个WPS(geogrid和metgrid,ungrib不需要因为气象数据没变)。所以,我们可以修改wps.slurm,注释掉ungrib(如果气象数据没有更新),然后运行geogrid和metgrid。 或者,在运行完geogrid_only.slurm后,再运行一个metgrid_only.slurm。 7. **运行WRF**: 完成WPS步骤后,提交wrf.slurm作业: ```bash sbatch wrf.slurm ``` 8. **验证更新**: 运行完成后,可以使用NCL或Python等工具,对比新旧模拟结果中土地利用类型的变化,或者直接检查WRF输入文件(wrfinput_d01)中的`LU_INDEX`变量。 注意:如果用户之前已经运行过WPS并生成了metgrid输出(即WRF的输入文件),那么更新地理数据后,必须重新运行geogrid和metgrid,否则WRF将使用旧的地理数据。 由于用户是第一次使用超算,建议逐步操作,并检查每一步的日志文件(geogrid.log, metgrid.log等)。 下面是一个完整的操作流程示例(假设从查看wps.slurm开始):</think>### 在超算上更新WRF土地利用数据的完整操作流程(基于wps.slurm和wrf.slurm) #### 关键前提 1. 超算已安装WRF/WPS,但未直接暴露目录结构 2. 仅有两个作业脚本:`wps.slurm`(处理地理数据)和`wrf.slurm`(运行主模型) 3. 土地利用数据更新需通过修改WPS处理流程实现 #### 完整操作流程 ##### 1. **准备新土地利用数据** ```bash # 从官方源下载数据(示例) wget https://www2.mmm.ucar.edu/wrf/src/wps_files/modis_landuse_20class_30s.tar.gz # 解压并上传到超算 tar -xzvf modis_landuse_20class_30s.tar.gz scp -r modis_landuse_20class_30s username@hpc:/your/workdir/geog_new/ ``` ##### 2. **修改wps.slurm脚本** 编辑`wps.slurm`,在运行`geogrid.exe`前添加数据链接步骤: ```bash #!/bin/bash #SBATCH --job-name=wps_update #SBATCH --nodes=1 #SBATCH --ntasks-per-node=1 #SBATCH --time=00:30:00 # ==== 添加以下内容 ==== # 设置地理数据路径 export WPS_GEOG=/path/to/geog_data # 链接新土地利用数据 ln -sf /your/workdir/geog_new/modis_landuse_20class_30s $WPS_GEOG/modis_updated # ==== 原脚本内容 ==== ./geogrid.exe ./ungrib.exe ./metgrid.exe ``` ##### 3. **创建namelist.wps更新文件** 新建`namelist.update`文件指定新数据: ```bash &geogrid geog_data_res = 'modis_updated+default', landuse_data = 'MODIFIED_IGBP_MODIS_NOAH' / ``` ##### 4. **提交WPS处理作业** ```bash # 合并namelist配置 cat namelist.wps namelist.update > namelist.combined # 提交作业(携带新配置) sbatch --export=ALL,NAMELIST_WPS=namelist.combined wps.slurm ``` ##### 5. **验证地理数据处理** 检查作业日志: ```bash # 查看geogrid输出 tail -f slurm-*.out # 验证新数据是否应用(关键段) grep "LANDUSEF" geo_em.d01.nc | head ``` ##### 6. **运行WRF主模型** ```bash # 正常提交WRF作业 sbatch wrf.slurm # 或携带更新后的输入文件 sbatch --export=ALL,WPS_OUTPUT=updated_met_em* wrf.slurm ``` ##### 7. **结果验证** 检查WRF输出中的土地利用段: ```ncl ; 使用NCL验证 f = addfile("wrfout_d01_2020-01-01_00:00:00.nc","r") print(f->LU_INDEX(0,:,:)) ; 查看初始土地利用 ``` #### 关键注意事项 1. **路径一致性**: ```bash # 在wrf.slurm中确保读取更新后的文件 ln -sf ${WPS_OUTPUT}/met_em* ./ ``` 2. **资源分配优化**: ```bash # 在wrf.slurm中根据超算配置调整 #SBATCH --nodes=4 #SBATCH --ntasks-per-node=32 #SBATCH --cpus-per-task=2 ``` 3. **错误处理**: ```bash # 检查常见错误代码 grep -i "error" rsl.error.* ``` #### 工作流示意图 ```mermaid graph TD A[准备新土地利用数据] --> B[修改wps.slurm] B --> C[创建namelist更新] C --> D[提交WPS作业] D --> E{验证geogrid输出} E -- 成功 --> F[提交WRF作业] E -- 失败 --> G[检查数据路径] F --> H[分析模拟结果] ``` 通过此流程,您可以在不直接访问WPS目录的情况下,利用现有作业脚本完成土地利用更新。重点在于通过环境变量传递配置变更和确保数据路径一致性[^2]。
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