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RSS订阅原创 影响全基因组选择预测精度的因素
我们进行基因组选择育种时，常规采用的是五折交叉验证方法，即随机选取群体的80%作为训练群体，剩下的20%作为预测群体，进行GS，计算预测群体的真实育种值与全基因组估计育种值间的相关系数，即GS预测精度。但不管是使用哪种模型，影响预测准确度的因素是有很多的，以rr-BLUP模型为例，探讨模型中影响预测精度的的因素。影响预测精度的因素可能还与遗传力高低、测序深度、质控深度、显著位点等因素有关，感兴趣的可以去试试。随后趋于平稳，表明当训练群体达到70%时在可以获得较满意的精度。观察到预测准确度的急剧增加，
2023-11-08 14:09:45
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原创 全基因组关联分析（GWAS）流程
每个地点的每份材料求一个均值，然后可用单个点的数据求blup值，也可以用三个点整合数据求blup值，用blup值当作材料的表型值进行后续分析，总之一个材料对应一个值，看自己试验需求，如果用blup值定位结果不好也可以尝试算blue值试一试。在选用GWAS模型时也是一样，可以跑一个模型也可以跑多个模型，可以用一个模型写也可以用两个模型或者更多的模型看有没有模型上共定位的位点，总之也是看哪个结果好就用哪种方法，根据自己认为好的结果再进行后续分析、验证之类的。
2023-06-04 18:23:54
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空空如也
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