【图神经网络】蛋白质设计proteinsolver跑源码记录

proteinsolver

论文

  proteinsolver以包含蛋白质结构的pdb文件为输入，它能够以这个蛋白质的空间结构为模板，设计出一系列满足该空间结构的其他的蛋白质序列。proteinsolver采用类似于数独问题的方法，即把蛋白质设计转化为CSP问题，用图神经网络进行计算。
  论文链接：Fast and Flexible Protein Design Using Deep Graph Neural Networks

源码

  proteinsolver（框架是pytorch）

使用

  就是照着人家的README文件里面的操作搞。

本地运行

  一开始在Windows下面弄，创建Anaconda环境的时候就遇到不明不白的问题。转了半天说有些包不兼容，怎么弄都不行。

  后来发现是操作系统的问题。打开虚拟机（操作系统是Ubuntu20.04，64位）就行了，但也不能直接复制粘贴，pytorch得进到环