【Schrödinger】新手教程和一些基础功能的总结

薛定谔软件一些常用功能实例

薛定谔不识别任何中文字符的文件、路径。所以系统账户名称、项目文件和项目路径都不可以有中文！！！

解决方法见文末

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第一步 Protein Preparation

import and process ：用于前期的蛋白质准备工作：生成带preprosessed的后坠的文件

refine：optimize[生成带有hbond-opt后缀文件]、remove waters（去除水分子）[生成remove waters后缀文件]、minimize（最小结合能优化）[生成带minimized后缀文件]

SiteMap

sitemap软件会预测蛋白质表面可能的结合位点

在没有蛋白质对应的配体时用于生成受体蛋白的结合位点

生成一个sitemap_one_out文件

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第二步 Receptor Grid Generation

用于生成对接盒子

两种模式：molecule是指选中的分子就是结合位点。生成对接盒子的时候配体就会去掉

show markers：显现对接盒子

site选项卡：可以设置对接盒子的位置和大小

可以在一个蛋白上放很多对接盒子

在run完成之后会生成一个glide-grid_1文件夹，其中有一个压缩包就是生成的盒子文件

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第三步 LigPrep

用于配体的优化，其中Use structure from中Workspace和Project Table 都是在 ENTRY LIST上选中只是方式不同

在run完成之后会出现ligprep_1-out文件夹会将四个配体合并到一个文件夹中配体就是生成的ligprep_1-out.maegz文件。

第四步 Ligand Docking

（1）普通对接

在对接之前要先选中带minimized后缀文件

用于分子对接，在table中可以查看Docking score ，值约接近正数代表配体分子与受体有较强的结合力。

会生成glide-dock_SP_1_pv1

（2）诱导契合对接

        诱导契合对接是一种分子对接方法，模拟蛋白质与配体结合时发生的构象变化。传统刚性对接假设受体和配体结构固定，而诱导契合模型允许受体或配体在结合过程中发生柔性调整，更接近真实生物环境。该方法通过优化结合位点的局部构象，预测更准确的结合模式和亲和力，广泛应用于药物设计和蛋白质-配体相互作用研究。

2D Sketecher

展示对接的2d结构

在下载薛定谔软件后系统账户名称是中文，但是不想重新装系统的解决方法：

若是系统账户是中文名称在软件运行过程中会报如下错误

解决方法是在控制面板用户中新建一个本地administrator 用户，使用那个账户即可顺利运行。这种方法就是使用起来有点繁琐需要切换用户但是也是一种初学阶段比较顺利的解决办法。