病理图片处理代码HistoQC使用记录

HistoQC源代码地址：https://github.com/choosehappy/HistoQC

部署

按照官方的需求配置环境，然后直接使用即可：
首先，转到HistoQC的目录下

python -m histoqc -c v2.1 -n 3 "*.svs"

这里的"*.svs"改为存储病理图片的路径，可以使用绝对路径或者相对路径。如果报错：OSError: /lib/x86_64-linux-gnu/libgobject-2.0.so.0: undefined symbol: ffi_type_uint32, version LIBFFI_BASE_7.0，就在执行这条命令之前先执行下面的命令：

export LD_PRELOAD=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.7

为了防止意外，最好先检查服务器的/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libffi.so.7路径是否存在。
这样就完成了病理图像的处理工作，结果会保存在一个名字类似为histoqc_output_YYMMDD-hhmmss的文件夹中
如果想使用UI界面可视化，则执行：

python -m histoqc.config --show light > mylight.ini

python -m histoqc.ui ./histoqc_output_YYMMDD-hhmmss/results.tsv

这儿的histoqc_output_YYMMDD-hhmmss/results.tsv最好使用绝对路径，因为我使用相对路径时，经常报错找不到文件。
执行完毕后，可以在 Web 浏览器中导航http://<hostname>:5000至以查看结果。

这儿会看到很多结果（例如，mask），有一些结果我也不清楚具体有什么作用，了解的朋友大家可以一起讨论。