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原创 如何修改 tomogram (.mrc文件) 的 Pixel Size

1. IsoNet2输出的.mrc文件丢失像素大小(Pixel Size)信息,是一个常见问题。这通常不影响IsoNet2本身的计算,但后续在其它软件(如Chimera、IMOD)中可视化或测量时,会导致比例尺错误。-del 参数代表修改 X Y Z 像素大小(Pixel Size),替换为你实际的像素大小,单位是埃(Å)。

2026-07-16 21:48:08 210

原创 ChimeraX 命令操作

平铺并且调整map之间的间距:tile #1,2,3 spacingFactor 1.5。平铺并按3列排列:tile #1,2,3 columns 3。平铺所有map:tile # 或者 tile all。平铺不连续编号:tile #1,3,5。平铺连续编号:tile #1-5。取消平铺操作:~tile。

2026-06-15 17:36:32 489

原创 Linux 后台运行不挂断

2>&1 表示将命令的标准错误输出重定向到标准输出1中一起输出 (ps:标准输出1指的是>outlog.log文件)> outlog.log 表示将终端输出保存到outlog.log文件中。"2>"表示将命令的`标准错误`输出重定向到指定的文件中。">"符号用于将命令的`标准输出`重定向到指定的文件中。

2026-01-12 17:02:23 116

原创 Slabify-et 安装使用(https://github.com/CellArchLab/slabify-et)

Slabify是一款基于Python的命令行工具,专用于在细胞冷冻电子断层扫描(cryo-ET)三维数据中自动分割薄层切片(lamella slab)。:通过迭代拟合两个平面确定薄层边界程序将反复优化断层顶部与底部的平面拟合,最终确定薄层的上下边界。:单平面拟合后扩展厚度在断层中心拟合单一平面,随后沿Z轴方向扩展指定厚度(通过 --thickness 参数设置)。该模式在"复杂场景"中通常表现更优。:交互式平面拟合。

2025-12-25 18:23:50 915

原创 Linux 打开 图片, pdf, svg, doc

xdg-open x.pngxdg-open x.svgxdg-open x.pdfxdg-open x.doc

2025-12-12 17:17:35 138

原创 CryoEM-Resize, low-pass maps and generate density map from atomic mode by ChimeraX

CryoEM-Resize, low-pass maps and generate density map from atomic mode by ChimeraX

2024-08-03 17:04:53 255

空空如也

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