shiny报错Warning: Error in CoveragePlot: formal argument “links“ matched by multiple actual arguments

你的 Shiny 应用在 CoverageBrowser() 运行时，报错：

Warning: Error in CoveragePlot: formal argument "links" matched by multiple actual arguments

这个错误表示 links 参数被多次传递，导致 R 无法解析。

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可能的原因

1. CoveragePlot() 或 CoverageBrowser() 可能已经默认包含 links 参数，但你又手动传递了一次：

   CoverageBrowser(obj, region = 'HOXB5', links = FALSE)
   

   如果 CoverageBrowser() 内部已经传递了 links，那么手动传递会导致冲突。

2. Signac 版本更新，CoveragePlot() 的参数变更

   • 在新版本 Signac 中，CoveragePlot() 可能已经改变了 links 参数的默认值或传递方式。
   • 你可以运行：

     args(CoveragePlot)
     

     检查 links 参数是否仍然支持。

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解决方案

方法 1：移除 links 参数

如果 links 不是必须的，可以 直接删除：

CoverageBrowser(obj, region = 'HOXB5')

这样可以避免参数冲突。

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方法 2：检查 Signac 版本

运行：

packageVersion("Signac")

• 如果你的 Signac 版本较旧，可能 CoveragePlot() 的 links 参数有问题。
• 可以更新 Signac：

  remotes::install_github("timoast/signac")
  

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方法 3：明确传递参数

如果 links 仍然需要使用，可以 确保它只被传递一次：

CoverageBrowser(obj = obj, region = "HOXB5", links = FALSE)

这样可以 避免 R 误认为 links 传递了多次。

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方法 4：检查 CoverageBrowser() 源码

如果你怀疑 CoverageBrowser() 内部重复传递了 links，可以查看它的源码：

getAnywhere(CoverageBrowser)

看看它是否已经传递了 links，如果有，则不需要在外部传递。

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总结

解决方案	适用情况
移除 links 参数	适用于 links 不是必需参数
检查 Signac 版本	适用于 Signac 版本较旧的问题
手动指定参数	适用于避免重复匹配
查看源码	适用于调试 CoverageBrowser() 内部逻辑

你可以试试 方法 1 或 3