单细胞论文记录(part14)--CoSTA: unsupervised convolutional neural network learning for ST analysis

学习笔记，仅供参考，有错必纠
Authors：Yang Xu, Rachel Patton McCord
Journal：BMC Bioinformatics
Year：2021
Keywords: Spatial transcriptomics, Gene clustering, Convolutional neural network

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CoSTA: unsupervised convolutional neural network learning for spatial transcriptomics analysis

Abstract

Background: 空间转录组学技术的兴起，使人们对基因调控(gene regulation)如何在空间背景下发生有了新的认识. 确定哪些基因以类似的空间模式表达，可以揭示一个组织中不同类型细胞的基因调控关系. 然而，目前许多分析方法没有充分利用数据的空间组织，而是将pixels作为独立的特征. 在此，我们提出了CoSTA：一种通过卷积神经网络（ConvNet）聚类学习基因表达矩阵之间空间相似性的新方法.

Results: 通过分析模拟的和以前发表的空间转录组学数据，我们证明CoSTA以强调更广泛的空间模式而不是pixel-level相关的方式学习基因之间的空间关系