luobiubiu的博客

CompareM 是一个支持执行大规模比较基因组分析的软件工具包。它为一组基因组（例如，氨基酸同一性）和单个基因组（例如，密码子使用情况）提供统计数据。为了能够处理数千个基因组，计算密集型任务提供了并行化实现。常见的工作流程以单一方法提供，以便用户容易采用，并为有经验的用户提供了更细粒度的接口，以利用特定功能。CompareM 是开源的，根据 GNU 通用公共许可证（版本 3）发布。

计算KEGG通路时，我们会得到每个节点的一个/多个/全部的KO号，这种情况下应该怎么计算每个途径的完整性呢？

通过NCBI查找关注物种，获得其所有组装基因组来自的生物样品ID（biosample），在bacth entrez网页上传ID list之后，可下载所有相关数据的全部meta data。由此，可以获得关注物种的基因组列表，基因组来自的项目，菌株生存温度，生长条件，样品分离来源，以及其他来源。

dbCAN是一个基于HMM和BLAST的在线工具，用于预测基因组中的碳水化合物酶基因，支持纤维素酶、木质素酶等。run_dbcan 是用于自动注释 CAZyme 的 dbCAN3 注释工具的独立版本。run_dbcan 工具结合了 HMMER、Diamond 和 dbCAN_sub 来注释 CAZyme 家族，并整合了 Cazyme 基因簇（CGC）和底物预测。

metabolic能够对任何给定的基因组数据集预测代谢和生物地球化学功能性状图谱。这些基因组数据集可以是宏基因组组装基因组 （MAG）、单细胞扩增基因组 （SAG） 或分离的菌株测序基因组。METABOLIC 有两个主要实现，即 METABOLIC-G 和 METABOLIC-C。METABOLIC-G.pl 允许生成输入基因组的代谢谱和生物地球化学循环图，并且不需要输入测序读数。

win+R，输入cmd，输入“java -vsersion”, 如果安装会出现下面的回馈。目前楼主安装的版本v3.10，对应的java版本是java17。（1）. 通过windows搜索框控制面板,进入程序。（2）. 查看自己是否安装java。直接按照教程执行可成功安装和配置。

linux文件下载kreport文件，直接上传至pavian，发现能出图。但是用excel仅打开之后无操作直接保存，文件大小发生变化，这时再上传经excel保存过的文件时，pavian不出图。因此，问题出现在：用excel手工删除其他域的数据，再保存后，pavian无法识别；猜测是文件问题，但是重新跑一次kraken并没有出错。将处理后的文件下载至本地，直接上传pavian就成功啦~时间有限，随手记，不注重格式，只提供有效解决方法！## pavian绘制的图真的好看耶~！在linux直接处理文件。

是一个用于创建基于的树的工具。它巧妙地融合了 Mash 算法的高效性和邻接法的精确性，适用于快速计算大基因组之间的近似距离。：你可以从获取源代码并安装。这将生成一个 Newick 格式的树文件tree.dnd。如果你需要计算置信度值，可以使用或。：如果你想获得更精确的树，可以使用最小丰度查找器（）来忽略那些可能是读取错误的非常独特的 k-mer。：Mashtree 可以使用 jackknifing 方法添加置信度值。

16S rRNA v3v4区双端测序数据的基本处理通常是qiime2导入数据，进行数据质量评估，质量过滤，merge，降噪，去嵌合。在处理过程中，发现双端数据仅有不到50%的数据可以合并，尽管稀释曲线显示平稳，但是丢失大量数据仍旧可惜。因此使用软件先对双端数据进行合并，之后对合并数据按照单端数据导入qiime2进行后续分析。

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pfamscan#安装hmmerconda install hmmer#下载pfam数据库，这里文件下载到哪里都可，记住库地址就行wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam33.1/Pfam-A.hmm.gzgzip -d Pfam-A.hmm.gz得到 PFAM 数据库的 HMM 文件。 HMM 文件是文本文件，需要将其变成二进制格式，以加快运算速度，同时进行压缩，并建立成索引数据库。hmmpress Pfam-A

1.数据输入（1）Roary 的输入端需要 gff 格式的数据文件。由于 NCBI 下载的 gff 是不含核酸序列的 gff 格式文件，无法直接用来分析。Prokka 生成的 gff 格式文件包含核酸序列，所以可以下载 NCBI 上的 fna 文件然后用 prokka 注释后再用 roary 分析。（2）所有参与计算的gff放进一个文件夹2.参数设置（1）roary 用 blastp 对 gff 文件中的序列进行 orthologs 分析，获得 pangenome 和 coregenome 结果，还

简介：Krona采用多图层饼图，交互式探索层级数据。软件同时支持Linux命令行脚本和图片界面下Excel插件+模板，方便所有用户使用。结果为html网页文件，可用浏览器方便交互式查看。linux安装应该是最新的安装方法，不知道为什么conda找不到资源#安装wget https://github.com/marbl/Krona/releases/download/v2.8/KronaTools-2.8.tar #或者下载到本地，再上传至服务器 tar vxf KronaTools-2.8.ta