Linux环境变量设置

因为生信要下载许多软件，在不使用conda的情况下，如果下载一个软件建立一个环境变量，会环境变量的管理会非常的乱，所以可以建立一个文件夹，将所使用的生信软件软链接到这个文件夹，此时只用将这个文件夹设置为环境变量即可。

下面我将用fastqc来举例子

fastqc软件所在目录 /home/username/biosoft/FastQc/fastqc

创建一个文件myBIn

mkdir /home/username/biosoft/myBin

并进入这个目录

cd /home/username/biosoft/myBin/

将fastqc软链接到这个目录

ln -s /home/username/biosoft/FastQc/fastqc .

查看是否软连接成功

ls

编写环境变量

vi ~/.bashrc

在.bashrc文件中写入

export PATH="/home/username/biosoft/myBin:$PATH"

执行.bashrc文件

source ~/.bashrc

执行fastqc,如果成功执行，则环境变量设置好了

来自Jimmy老师的课程