分子进化之一,序列的获得

序列的获得方式:

a,别人文章中列出的基因ID

b,由PF号隐马搜索,PF号可在网站下载

http://pfam.xfam.org/

隐马搜索,的命令如下

nohup hmmserch --domtblout  outputfile -E 1e-10 *.hmm *.pro
outputfile 是输出文件

-E 1e-10 是参数

*.hmm 是你所使用的PF文件

*.pro 是你比对的蛋白库

次命令可以将蛋白库中比对上次PF结构的蛋白输出为outputfile

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