序列的获得方式:
a,别人文章中列出的基因ID
b,由PF号隐马搜索,PF号可在网站下载
http://pfam.xfam.org/
隐马搜索,的命令如下
nohup hmmserch --domtblout outputfile -E 1e-10 *.hmm *.pro
outputfile 是输出文件
-E 1e-10 是参数
*.hmm 是你所使用的PF文件
*.pro 是你比对的蛋白库
次命令可以将蛋白库中比对上次PF结构的蛋白输出为outputfile
序列的获得方式:
a,别人文章中列出的基因ID
b,由PF号隐马搜索,PF号可在网站下载
http://pfam.xfam.org/
nohup hmmserch --domtblout outputfile -E 1e-10 *.hmm *.pro
outputfile 是输出文件
-E 1e-10 是参数
*.hmm 是你所使用的PF文件
*.pro 是你比对的蛋白库
次命令可以将蛋白库中比对上次PF结构的蛋白输出为outputfile