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RSS订阅原创 Linux基础：文本查看、操作、统计命令
cat : Concatenate 查看文本文件的内容，输出到屏幕。more/less: 逐页查看，空格翻页，回车换行，按q退出。head / tail -n ：查看文件的前/后 n行。-c 统计每个字符串连续出现的行数。-A 打印所有内容，包括特殊字符。-d 指定分隔符，默认 \t。-V 按照字符串中含有数值时。-n 按照数值大小进行排序。-b 仅打印非空白行行号。-k 指定按哪一列排序。-n 打印出所有行号。转载自生信入门马拉松，卖萌哥老师。| : linux 中的管道符。
2024-10-17 22:51:15
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原创 Pymol绘制点突变笔记
9. 导出图片：先保存突变，clear突变后保存野生型。1. 按照参考文件2，使用uniprot蛋白编码在。3. 点击右下角SEQ按钮，选择需要突变的位点。4. 对选中的位点使用sticks展示。strain代表空间位阻，选择最小的。2. 使用pymol打开pdb文件。7. 右下角选择需要突变的氨基酸。本篇笔记供个人使用，请谨慎参考。8. 点击需要突变的氨基酸。
2024-10-16 13:07:09
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原创 Linux文件夹与文件管理命令
例如：ln -s /home/t_linux/samtools-1.14.tar.bz2 ~ 将samtools链接到家目录。mv: move 移动 "mv myfile mydir"或者重命名"mv myfile mytestfile"-x 从已有tar归档文件中提取文件（解压缩）ls -h 将目录容量转换为人类易读格式。ls -a 列出隐藏的文件(配置文件）ls -l 列出目录的详细信息。ls -S 以文件大小排序。ls -t 以时间排序。-f 输出结果到文件。ls -r 倒序排序。
2024-10-15 23:01:58
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原创 数据挖掘笔记-R语言基础-day6
字符删除：str_remove()/str_remove_all()须先保存RMarkdown文件，后运行代码导出Md格式文件。使用R语言自带的Save as MD，文件容易乱。使用str_split函数拆分x，生成向量。字符串长度：str_length()字符串拆分：str_split()按位置提取字符：str_sub()字符检测：str_detect()挑出表达矩阵里方差最大的3个基因。对x的每一行/列进行FUN函数。MARGIN=1为行，2为列。挑出30个数里最大的。##两个数据框的连接。
2024-09-18 21:33:27
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原创 数据挖掘笔记-R语言基础-day5
代码可运行但是不出图：画板可能被占用，多次运行dev.off() 到null device为止。ggplot2的特殊语法 ：列名不带引号，函数之间写加号。2. 属性设置，size点的大小，alpha透明度，点的形状。使用配色R包自定义映射颜色，需要提前加载paletteer包。只有既有边框又有实心的，才需要color和fill两个参数。2.2 映射：按照数据框的某一列来定义图的某个属性。设置：把图形设置为一个颜色，与数据内容无关。映射： 根据数据的某一列内容分配颜色。从生信技能树数据挖掘班搬运。
2024-09-17 16:20:46
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原创 数据挖掘笔记-R语言基础-day3-4
data.frame 每列只允许一种数据类型。“解决报错的思维：对比成功的代码、数据与报错的代码、数据之间的区别；R包安装成功的唯一标准：library()没有error。对列名进行修改时，把列名看成一个向量。“R语言里的修改，都要赋值，没有赋值就没有发生过”矩阵matrix和数据框data.frame区别。matrix 只允许一种数据类型。函数的原理是代数，把参数代入大括号里的代码。读懂error后面的字”数据框按照逻辑值取子集。
2024-09-16 15:08:31
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原创 数据挖掘笔记-R语言基础-day1-2
数据框约等于“表格”，每一列只能有一种数据类型。等位运算，两个向量，元素与元素之间一对一的计算。“有用的代码存在脚本里，临时使用的代码直接在控制带输入”“实现同一个目的有多种方法，只学其中最好的一两种就够了”数据框单独拿出的一列是向量，视为一个整体。“R语言里的修改，都要赋值，没有赋值就没有发生过”一个向量只能有一种数据类型。变量的赋值 "
2024-09-16 14:16:25
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原创 0 Linux 云服务器R studio server搭建 conda安装
在服务器安装好R和R studio sever后在浏览器输入ip:8787。使用R studio安装R包时报错，根据提示在服务器终端安装如下的依赖包。R studio server需要普通用户登陆，需要在服务器上新建用户。如果页面一直进不去，可能是端口问题。需要在云平台开放8787端口。R studio可正常运行。
2024-08-22 18:24:02
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原创 2. R语言整理TARGET数据
本例使用Linux gdc-client下载TCGA数据。这导致每个样本的文件夹中都多出一个“logs”文件夹。而R studio server 只能使用普通账户。的所有者和所属者都修改为 "username"因此在上述代码中增加了grepl函数进行过滤。由于数据下载到服务器时使用的是root账户。修改ALL文件夹下所有文件的所有者。将metadata文件导入工作目录。代码运行完成获得matrix矩阵。使用R studio整理数据。
2024-08-22 17:46:13
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空空如也
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